Пакет: bioma.data
Суперклассы:
Содержите метаданные из эксперимента микромассивов
Класс MetaData спроектирован, чтобы содержать метаданные (значения переменных и описания) из эксперимента микромассивов. Это предоставляет удобный способ связанным с хранилищем метаданным в одной структуре данных (объект). Это также позволяет вам справиться и подмножество данные.
Метаданные являются набором имен переменных, например, связанных с выборками или микрофункциями массива, наряду с описаниями и значениями для переменных. MetaData объектно-ориентированная память метаданные в двух массивах набора данных.
Массив набора данных значений — массив набора данных, содержащий измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию. В этом массиве набора данных столбцы соответствуют переменным, и строки соответствуют или выборкам или функциям. Номер и имена столбцов в этом массиве набора данных должны совпадать с номером и именами строк в массиве набора данных Descriptions. Если этот массив набора данных содержит демонстрационные метаданные, то номер и имена строк (выборки) должны совпадать с номером и именами столбцов в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet. Если этот массив набора данных содержит метаданные функции, то номер и имена строк (функции) должны совпадать с номером и именами строк в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet.
Массив набора данных Descriptions — массив набора данных, содержащий список имен переменных и их описания. В этом массиве набора данных каждая строка соответствует переменной. Имена строки являются именами переменных и столбцом, названным VariableDescription, содержит описание переменной. Номер и имена строк в массиве набора данных Descriptions должны совпадать с номером и именами столбцов в массиве набора данных Values.
Класс MetaData включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают и заменяют переменные метаданных, и их значения и описания. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать метаданные.
MDobj = bioma.data.MetaData(VarValues)
MDobj = bioma.data.MetaData(VarValues, VarDescriptions)VarDescriptions массив набора данных, строки которого соответствуют переменным. Имена строки являются именами переменных и другим столбцом, названным VariableDescription, содержит описание каждой переменной.
MDobj = bioma.data.MetaData(VarValues, VarDesc)VarDesc массив ячеек из символьных векторов, содержащий описания переменных.
MDobj = bioma.data.MetaData(...,
'PropertyName', PropertyValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'Path', PathValue)FileValue хранится.
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'Delimiter', DelimiterValue)FileValue. Значением по умолчанию является '\t'.
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'RowNames', RowNamesValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'ColumnNames', ColumnNamesValue)ColumnNamesValue массив ячеек из символьных векторов, задающий имена заголовка столбца. Значение по умолчанию должно считать все столбцы данных из таблицы, приняв, что первая строка содержит заголовки столбцов.
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'VarDescChar', VarDescCharValue)VarDescCharValue читаться как описания и использоваться, чтобы создать VarDescriptions массив набора данных. По умолчанию, bioma.data.MetaData не считывает информации описания переменной и не создает массив набора данных Descriptions. Эти снабженные префиксом линии должны появиться наверху файла перед таблицей значений метаданных.
MDobj = bioma.data.MetaData(...'Name', NameValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'Description', DescriptionValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'SampleNames', SampleNamesValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'VariableNames', VariableNamesValue)
|
Массив набора данных, строки которого соответствуют выборке (наблюдение) имена и чьи столбцы соответствуют переменным. Массив набора данных содержит измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию. Номер и имена столбцов в |
|
Массив набора данных, строки которого соответствуют переменным. Имена строки являются именами переменных и столбцом, названным |
|
Массив ячеек из символьных векторов, содержащий описания переменных. Число элементов в |
|
Вектор символов, задающий текстовый файл, содержащий таблицу метаданных. Метки строки таблицы должны быть демонстрационными или показать имена, и ее заголовки столбцов должны быть именами переменных. Текстовый файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке (если вы не используете |
|
Вектор символов, задающий папку или путь и папку, где |
|
Вектор символов, задающий символ разделителя, чтобы использовать в качестве разделителя столбцов для
|
|
Имена строки (выборка или имена функции) для объекта MetaData, заданного одним из следующего:
Если вы задаете Значение по умолчанию: |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающий заголовок столбца, называет, чтобы указать который столбцы данных читать из таблицы. Значение по умолчанию должно считать все столбцы данных из таблицы, приняв, что первая строка содержит заголовки столбцов. Если таблица не имеет заголовков столбцов, задайте |
|
Вектор символов, задающий символ, чтобы снабдить префиксом строки в таблице, которые должны читаться как описания и использоваться, чтобы создать |
|
Вектор символов, задающий имя для объекта MetaData. |
|
Вектор символов, задающий описание для объекта MetaData. |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающий выборку, называет для объекта MetaData. Число элементов в массиве ячеек должно равняться количеству отсчетов в объекте MetaData. Этот вход перезаписывает демонстрационные имена из входного файла. Значением по умолчанию являются демонстрационные имена (имена строки) из входного файла. |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена переменных для объекта MetaData. Число элементов в массиве ячеек должно равняться количеству переменных в объекте MetaData. Этот вход перезаписывает имена переменных из входного файла. Значением по умолчанию являются имена переменных (имена столбцов) из входного файла. |
|
Описание объекта MetaData. Вектор символов, задающий описание объекта MetaData. Значением по умолчанию является | ||
|
Строка и столбец помечает для объекта MetaData. Двухэлементный массив ячеек, содержащий метки определения векторов символов строк и столбцов соответственно в объекте MetaData. Значением по умолчанию является | ||
|
Имя объекта MetaData. Вектор символов, задающий имя объекта MetaData. Значением по умолчанию является | ||
|
Количество отсчетов (наблюдения) в эксперименте Положительное целое число, задающее количество отсчетов в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству строк в Атрибуты:
| ||
|
Количество переменных в эксперименте Положительное целое число, задающее количество переменных в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству столбцов в Атрибуты:
|
| объединение | Объедините два объекта MetaData |
| isempty | Определите, пуст ли объект MetaData |
| sampleNames | Получите или определите демонстрационные имена в объекте MetaData |
| размер | Возвратите размер объекта MetaData |
| varValuesTable | Создайте 2D графическую таблицу GUI значений переменных в объекте MetaData |
| variableDesc | Получите или установите описания переменной для выборок в объекте MetaData |
| имена переменных | Получите или установите имена переменных для выборок в объекте MetaData |
| variableValues | Получите или установите значения переменных для выборок в объекте MetaData |
Объект ExpressionSet содержит два объекта MetaData, один для демонстрационной информации и один для получения информации о микрофункции массива. Объект MetaData содержит два массива набора данных. Один массив набора данных содержит измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию. Другой массив набора данных содержит список имен переменных и их описания.
Чтобы узнать об атрибутах классов, см. Атрибуты класса.
Значение. Чтобы изучить, как это влияет на ваше использование класса, смотрите Копирование Объектов.
Объекты MetaData поддерживают 2D круглую скобку () индексация и точка. при индексации, чтобы извлечь, присвойте и удалите данные.
Объекты MetaData не поддерживают:
Изогнутая фигурная скобка {} индексация
Линейная индексация
Создайте объект MetaData, содержащий демонстрационную переменную информацию из текстового файла:
% Import bioma.data package to make constructor function
% available
import bioma.data.*
% Construct MetaData object from .txt file
MDObj2 = MetaData('File', 'mouseSampleData.txt', 'VarDescChar', '#');
% Display information about the MetaData object
MDObj2
% Supply a description for the MetaData object
MDObj2.Description = 'This MetaData Object contains sample variable info.'bioma.data.MIAME | bioma.ExpressionSet | bioma.data.ExptData | bioma.data.MetaData | getgeodata