Exponenta Banner

getQuality

Получите информацию о качестве последовательности из объекта

свернуть все на странице

Синтаксис

quality = getQuality(object)
subsetQuality = getQuality(object,subset)

Описание

пример

quality = getQuality(object) возвращает последовательность quality информация от BioRead или BioMap объект.

пример

subsetQuality = getQuality(object,subset) возвращает информацию о качестве последовательности subsetQuality поскольку только объектные элементы указаны subset.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Храните данные о чтении из SAM-отформатированного файла в объекте BioRead. 

br = BioRead('ex1.sam')
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: [1501x1 File indexed property]
    Sequence: [1501x1 File indexed property]
      Header: [1501x1 File indexed property]
       NSeqs: 1501
        Name: ''

Получите информацию о качестве последовательности.

seqQuals = getQuality(br);

Получите информацию о качестве последовательности из первых и третьих элементов в объекте.

seqQuals2 = getQuality(br,[1 3])
seqQuals2 = 2x1 cell
    {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}
    {'<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5' }

Используйте логический вектор, чтобы получить ту же информацию.

seqQuals3 = getQuality(br,[true false true])
seqQuals3 = 2x1 cell
    {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}
    {'<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5' }

Можно использовать заголовок, чтобы получить качество соответствующей последовательности с тем заголовком. Если несколько последовательностей имеют тот же заголовок, функция возвращает информацию о качестве всех тех последовательностей.

Получите качественную информацию последовательностей с заголовком B7_591:4:96:693:509.

seqQuals4 = getQuality(br,{'B7_591:4:96:693:509'})
seqQuals4 = 1x1 cell array
    {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}

Доступ к каждому свойству объекта с помощью записи через точку.

seqQuals = br.Quality;
seqQuals2   = br.Quality([1 3])
seqQuals2 = 2x1 cell
    {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}
    {'<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5' }

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий данные о чтении в виде BioRead или BioMap объект.

Пример: bioreadObj

Подмножество элементов в объекте в виде вектора из положительных целых чисел, логического вектора, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности.

Пример: [1 3]

Совет

Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек заголовков) для subset, повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

свернуть все

Информация о качестве последовательности, возвращенная как массив ячеек из символьных векторов. Каждый символ является закодированным ASCII значением логарифмической вероятности основы, являющейся неправильным.

Информация о качестве последовательности для подмножества элементов от объекта, возвращенного как массив ячеек из символьных векторов.

Смотрите также

|

Темы

Введен в R2010a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка