BioRead

Содержите чтения последовательности и их качественные данные

расширьте все на странице

Описание

BioRead объект содержит считанные данные секвенирования, включая заголовки последовательности, последовательности нуклеотида и качественные баллы.

Создайте объект BioRead из NGS (секвенирование следующего поколения) данные, хранимые в FASTQ-или SAM-отформатированном файле. Каждый элемент в объекте имеет последовательность, заголовок и качественный счет, сопоставленный с ним. Используйте свойства объектов и функции, чтобы исследовать, получить доступ, отфильтровать, и управлять всеми данными или подмножеством данных. Если у вас есть данные с чтениями, которые уже сопоставлены со ссылочной последовательностью, и необходимо получить доступ к записям выравнивания, использовать BioMap вместо этого.

Создание

Синтаксис

bioreadObj = BioRead
bioreadObj = BioRead(File)
bioreadObj = BioRead(S)
bioreadObj = BioRead(Seqs)
bioreadObj = BioRead(Seqs,Quals)
bioreadObj = BioRead(Seqs,Quals,Headers)
bioreadObj = BioRead(___,Name,Value)

Описание

пример

bioreadObj = BioRead создает пустой BioRead объект bioreadObj.

пример

bioreadObj = BioRead(File) создает BioRead объект от File, FASTQ-или SAM-отформатированный файл. Данные остаются в исходном файле после того, как объект создается, и вы имеете доступ к данным через свойства объектов, но не можете изменить свойства, кроме Name свойство.

пример

bioreadObj = BioRead(S) создает BioRead объект от S, MATLAB® структура, содержа поля Header, Sequence, и Quality. Данные из S остается в памяти, и можно изменить свойства объекта.

пример

bioreadObj = BioRead(Seqs) создает BioRead объект от Seqs, массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий последовательности нуклеотида.

пример

bioreadObj = BioRead(Seqs,Quals) создает BioRead объект от Seqs и устанавливает Quality свойство объекта к Quals, массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий представление ASCII качественной музыки на основу к каждому чтению.

пример

bioreadObj = BioRead(Seqs,Quals,Headers) также устанавливает Header свойство объекта к Headers, массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий текст заголовка для каждого чтения.

пример

bioreadObj = BioRead(___,Name,Value) задает опции с помощью одного или нескольких аргументов пары "имя-значение" в дополнение к входным параметрам в предыдущих синтаксисах. Например, br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true) задает, чтобы загрузить данные в памяти вместо того, чтобы оставить его в исходном файле.

Входные параметры

развернуть все

Имя FASTQ-или SAM-отформатированного файла в виде вектора символов или строки.

BioRead данные о доступах к объекту с помощью вспомогательного индексного файла. Индексный файл должен иметь то же имя как исходный файл, но с .idx расширением. Если индексный файл не находится в той же папке как исходный файл, BioRead функция создает индексный файл в той папке.

Примечание

Поскольку данные остаются в исходном файле, не удаляйте исходный файл и вспомогательный индексный файл.

Пример: 'ex1.sam'

Типы данных: char

Информация о последовательности в виде структуры. S должен содержать поля Header, Sequence, и Quality. Например, fastqread и samread функции возвращают такую структуру.

Примеры

Типы данных: struct

Последовательности нуклеотида в виде массива ячеек из символьных векторов или вектора строки.

Типы данных: cell

Информация о качестве последовательности в виде массива ячеек из символьных векторов.

Типы данных: cell

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true) задает, чтобы загрузить данные в памяти вместо того, чтобы оставить его в исходном файле.

Булев индикатор, чтобы сохранить данные в памяти в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'InMemory' и true или false.

Когда вы создаете BioRead объект из файла, объект не загружает данные в памяти, но оставляет его в исходном файле и получает доступ к нему с помощью индексного файла, чтобы сделать процесс большей памятью эффективный. Вы не можете изменить свойства объектов, если вы не загружаете данные в памяти.

Если первый вход не является файлом, этот аргумент пары "имя-значение" проигнорирован, и данные автоматически помещаются в память.

Пример: 'InMemory',true

Типы данных: логический

Путь к папке индексного файла, где индексный файл существует или создается в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'IndexDir' и вектор символов или строка.

Пример: 'IndexDir','C:\data\'

Типы данных: char

Свойства

развернуть все

Информация о заголовке чтений в виде массива ячеек из символьных векторов. Каждый вектор символов представляет текст заголовка для каждого чтения. Существует непосредственное отношение между номером и порядком векторов символов (элементы) в Header и Sequence свойства, если Header массив пустой ячейки.

Типы данных: cell

Имя объекта в виде вектора символов или строки.

Пример: 'seqdata'

Типы данных: char

Количество чтений в объекте в виде положительного целого числа.

Пример: 20000

Типы данных: double

Качественная музыка на основу ко всем чтениям в виде массива ячеек из символьных векторов. Каждым элементом является представление ASCII качественной музыки на основу к каждому чтению. Непосредственное отношение существует между номером и порядком элементов в Quality и Sequence, если Quality массив пустой ячейки.

Пример: {'<<:<<<','<<<7<:'}

Типы данных: cell

Последовательности нуклеотида (чтения) в виде массива ячеек из символьных векторов.

Пример: {'TATCTG','ATCTAC'}

Типы данных: cell

Функции объекта

combineОбъедините два объекта
getПолучите свойство объекта
getHeaderПолучите заголовки последовательности из объекта
getQualityПолучите информацию о качестве последовательности из объекта
getSequenceПолучите последовательности из объекта
getSubsequenceПолучите частичные последовательности из объекта
getSubsetПолучите подмножество элементов от объекта
setУстановите свойство объекта
setHeaderОбновите информацию о заголовке чтений
setQualityОбновите информацию о качестве
setSequenceОбновите последовательности чтения
setSubsequenceОбновите частичные последовательности
setSubsetОбновите элементы объекта
writeЗапишите содержимое объекта BioRead или BioMap зарегистрировать

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Создайте объект BioRead из секвенирования считанных данных, сохраненных в FASTQ-отформатированном файле.

br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq')
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: [50x1 File indexed property]
    Sequence: [50x1 File indexed property]
      Header: [50x1 File indexed property]
       NSeqs: 50
        Name: ''

По умолчанию, при создании объекта BioRead из файла, функция также создает индексный файл, если вы уже не существуете. Этот пример использует существующий индексный файл, созданный и сохраненный в:

fullfile(matlabroot,'toolbox','bioinfo','bioinfodata','SRR005164_1_50.fastq.idx')

Данные остаются в исходном файле и доступах к объекту данные с помощью индексного файла, делая процесс большей памятью эффективный. Но вы не можете отредактировать свойства объектов, кроме Name свойство.

Чтобы отредактировать свойства, установите 'InMemory' к true .

brEdit = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true);
brEdit.Header(1) = {'SR1'};
brEdit.Header(1)
ans = 1x1 cell array
    {'SR1'}

Если вы создаете объект из массива структур MATLAB или массива ячеек последовательностей нуклеотида, данные о последовательности всегда сохранены в памяти по умолчанию и InMemory опция проигнорирована.

Например, сгенерируйте переменные MATLAB, содержащие синтетические последовательности и качественные баллы.

seqs = {randseq(10);randseq(15);randseq(20)};
quals = {repmat('!',1,10); repmat('%',1,15);repmat('&',1,20)};
headers = {'H1';'H2';'H3'};

Создайте структуру с помощью этих переменных.

structData = struct('Header',headers,'Sequence',seqs,'Quality',quals);

Создайте объект BioRead из структуры.

brStruct = BioRead(structData);

Можно отредактировать свойства объекта, потому что данные остаются в памяти.

brStruct.Header(1) = {'H1.1'};
brStruct.Header(1)
ans = 1x1 cell array
    {'H1.1'}

Смотрите также

| | | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Введен в R2010a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте