Опция установлена для bwamem
bwamemOpt = BWAMEMOptionsBWAMEMOptions объект со значениями свойств по умолчанию.
BWAMEMOptions требует Пакета поддержки BWA для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.
Примечание
BWAMEMOptions поддерживается на Mac и UNIX® платформы только.
bwamemOpt = BWAMEMOptions(Name,Value)bwamemOpt = BWAMEMOptions('BandWidth',90) устанавливает максимальную допустимую длину разрыва на 90.
bwamemOpt = BWAMEMOptions(S)S.
S — bwamem опцииbwamem опции в виде вектора символов или строки. S должен быть в bwa mem синтаксис опции (снабженный префиксом одним или двумя тире).
Пример: '-k14 -W20 -r10'
AlternativeHitsThreshold — Порог для определения, какие хиты получают тег XA в файле выхода SAMПорог для определения, какие хиты получают тег XA в файле выхода SAM в виде неотрицательного целочисленного n или двухэлементного числового векторного [n m], где n и m должны быть неотрицательными целыми числами.
Если чтение имеет меньше, чем хиты n со счетом, больше, чем 80% лучшего счета к тому чтению, все хиты получают тег XA в файле выхода SAM.
Когда вы также задаете m, программное обеспечение возвращается до хитов m, если список совпадений содержит хит к контигу ALT.
Типы данных: double
AppendReadCommentsToSAM — Отметьте, чтобы добавить FASTA или комментарии FASTQ к файлу выхода SAMfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы добавить FASTA или комментарии FASTQ к файлу выхода SAM в виде true или false. Комментарии появляются как текст после пробела в заголовке файла.
Типы данных: логический
BandWidth — Максимальная допустимая длина разрываМаксимальная допустимая длина разрыва в виде неотрицательного целого числа.
Типы данных: double
BasesPerBatch — Количество основ на пакет[] (значение по умолчанию) | положительное целое числоКоличество основ на пакет в виде положительного целого числа.
Если вы не задаете BasesPerBatch, программное обеспечение использует 1e7 * NumThreads по умолчанию. NumThreads количество параллельных потоков, доступных, когда вы запускаетесь bwamem.
Если вы задаете BasesPerBatch, использование программного обеспечения, что точный номер и не умножает номер на NumThreads. Это правило применяется независимо от того, устанавливаете ли вы явным образом NumThreads или нет.
Однако, если вы задаете NumThreads но не BasesPerBatch, программное обеспечение использует 1e7 * NumThreads.
Пакетный размер пропорционален количеству параллельных потоков в использовании. Используя различные количества потоков может произвести различные выходные параметры. Определение этой опции помогает с воспроизводимостью результатов.
Типы данных: double
ClipPenalty — Штраф за отсеченные выравниванияШтраф за отсеченные выравнивания в виде неотрицательного целого числа или двухэлементного числового вектора. Каждое чтение имеет лучший счет к выравниванию, которое охватывает продолжительность чтения. Программное обеспечение не отсекает выравнивания, которые не охватывают продолжительность чтения и не выигрывают выше, чем сумма ClipPenalty и лучший счет чтения во всю длину.
Задайте неотрицательное целое число, чтобы установить тот же штраф за оба 5' и 3' усечение.
Задайте двухэлементный числовой вектор, чтобы установить различные штрафы за 5' и 3' усечение.
Типы данных: double
DropChainFraction — Порог для отбрасывания цепей относительно самой длинной перекрывающейся цепи0 и 1Порог для отбрасывания цепей относительно самой длинной перекрывающейся цепи в виде скаляра между 0 и 1.
Программное обеспечение уронило цепи, которые короче, чем DropChainFraction * (longest overlapping chain length).
Типы данных: double
DropChainLength — Минимальное количество основМинимальное количество основ в seed, формирующих цепь в виде неотрицательного целого числа. Программное обеспечение уронило цепи короче, чем DropChainLength.
Типы данных: double
ExtraCommand — Дополнительные команды"" (значение по умолчанию) | вектор символов | строкаДополнительные команды в виде вектора символов или строки.
Команды должны быть в нативном синтаксисе (снабжены префиксом одним или двумя тире). Используйте эту опцию, чтобы применить недокументированные флаги и флаги без соответствующего MATLAB® свойства.
Когда программное обеспечение преобразует исходные флаги в свойства MATLAB, оно хранит любые нераспознанные флаги в этом свойстве.
Пример: '-y'
Типы данных: char | string
FastaHeaderToXR — Отметьте, чтобы включать заголовок FASTA в тег XRfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы включать заголовок FASTA в тег XR в виде true или false.
Типы данных: логический
GapExtensionPenalty — Разорвите дополнительный штрафРазорвите дополнительный штраф в виде неотрицательного целого числа или двухэлементного числового векторного [n m]. n является штрафом за расширение удаления. m является штрафом за расширение вставки.
Если вы задаете неотрицательное целое число, программное обеспечение использует его в качестве штрафа за расширение удаления или вставки.
Типы данных: double
GapOpenPenalty — Разорвите вводный штрафРазорвите вводный штраф в виде неотрицательного целого числа или двухэлементного числового векторного [n m]. n является штрафом за открытие удаления. m является штрафом за открытие вставки.
Если вы задаете неотрицательное целое число, программное обеспечение использует его в качестве штрафа за открытие удаления или вставки.
Типы данных: double
HeaderInsert — Текст, чтобы вставить в заголовок файла выхода SAM[0x0 string] (значение по умолчанию) | вектор символов | строкаТекст, чтобы вставить в заголовок файла выхода SAM в виде вектора символов или строки.
Используйте одно из следующего:
Вектор символов или строка, которая запускается с @ вставить точный текст в заголовок SAM
Вектор символов или строка, которая является именем файла, где каждая линия в файле должна запуститься с @
Типы данных: char | string
IncludeAll — Отметьте, чтобы использовать все свойства объектовfalse (значение по умолчанию) | верныйОтметьте, чтобы включать все свойства объектов с соответствующими значениями по умолчанию при преобразовании в исходный синтаксис опций в виде true или false. Можно преобразовать свойства в исходный синтаксис, снабженный префиксом одним или двумя тире (такими как '-d 100 -e 80') при помощи getCommand. Значение по умолчанию false средние значения это, когда вы вызываете getCommand(optionsObject), это преобразует только заданные свойства. Если значением является true, getCommand преобразует все доступные свойства, со значениями по умолчанию для незаданных свойств, к исходному синтаксису.
Примечание
Если вы устанавливаете IncludeAll к true, программное обеспечение переводит все доступные свойства со значениями по умолчанию для незаданных свойств. Единственное исключение - это, когда значением по умолчанию свойства является NaNInf, [], '', или "", затем программное обеспечение не переводит соответствующее свойство.
Пример: true
Типы данных: логический
InsertSizeStatistics — Вставьте параметры распределения размера[1x0 double] (значение по умолчанию) | четырехэлементный числовой массивВставьте параметры распределения размера в виде четырехэлементного числового массива [mean std max min].
mean является средним размером вставки.
std является стандартным отклонением.
max является максимальным размером вставки.
min является минимальным размером вставки.
Если вы задаете массив элементов n, где n меньше четыре, элементы задают первые параметры распределения n. По умолчанию программное обеспечение выводит незаданные параметры из данных.
Типы данных: double
MarkShortSplitsSecond — Отметьте, чтобы отметить короче хиты разделения как вторичныеfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы отметить короче хиты разделения как вторичные во флаге SAM в виде true или false.
Типы данных: логический
MarkSmallestCoordinatePrimary — Отметьте, чтобы отметить сегмент самыми маленькими координатами как первичныйfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы отметить сегмент самыми маленькими координатами как первичный, когда выравнивание будет разделено в виде true или false.
Типы данных: логический
MatchScore — Выиграйте за соответствие последовательностиВыиграйте за соответствие последовательности в виде неотрицательного целого числа.
Типы данных: double
MaxMemOccurrence — Максимальное количество случаев MEMМаксимальное количество MEM (максимальное точное совпадение) случаи для каждого чтения, прежде чем это будет отброшено в виде положительного целого числа.
Типы данных: double
MaxRoundsMateRescue — Максимальное количество раундов спасения помощникаМаксимальное количество раундов помощника спасает для каждого чтения в виде неотрицательного целого числа. Программное обеспечение использует алгоритм Смита-лодочника (SW) для спасения помощника.
Типы данных: double
MinSeedLength — Минимальная длина seedМинимальная длина seed в виде положительного целого числа. Программное обеспечение отбрасывает любые соответствия короче, чем минимальная длина seed.
Типы данных: double
MismatchPenalty — Штраф за несоответствие выравниванияШтраф за выравнивание не сочетается в виде неотрицательного целого числа.
Типы данных: double
NumThreads — Количество параллельных потоков, чтобы использоватьКоличество параллельных потоков, чтобы использовать в виде положительного целого числа. Потоки запущены на отдельных процессорах или ядрах. Увеличение числа потоков обычно значительно улучшает время выполнения, но увеличивает объем потребляемой памяти.
Типы данных: double
OutputAllAlignments — Отметьте, чтобы возвратить все найденные выравниванияfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы возвратить все найденные выравнивания включая непарный и чтения парного конца в виде true или false. Если значением является true, программное обеспечение возвращает все найденные выравнивания и отмечает их как вторичные выравнивания.
Типы данных: логический
OutputScoreThreshold — Выиграйте порог за возврат выравниванийВыиграйте порог за возврат выравниваний в виде положительного целого числа. Задайте минимальный счет, что выравниваниям, должно быть, придется быть в выходном файле.
Типы данных: double
ReadGroupLine — Текст, чтобы вставить в заголовок группы чтения[0x0 string] (значение по умолчанию) | вектор символов | строкаТекст, чтобы вставить в линию заголовка группы чтения (RG) в выходной файл в виде вектора символов или строки.
Типы данных: char | string
ReadType — Тип чтений, чтобы выровняться[0x0 string] (значение по умолчанию) | 'pacbio | 'ont2d | 'intractg'Тип чтений, чтобы выровняться в виде вектора символов или строки. Каждый тип чтения имеет различные значения параметров по умолчанию, чтобы использовать во время выравнивания. Можно перезаписать любые параметры. Допустимые опции:
'pacbio' — Чтения PacBio
'ont2d' — Оксфордская нанопора 2D чтения
'intractg' — Контиги внутриразновидностей
Значения параметров следующие.
|
Эквивалентным нативным синтаксисом является |
|
Эквивалентным нативным синтаксисом является |
|
Эквивалентным нативным синтаксисом является |
Типы данных: char | string
ReduceSupplementaryMAPQ — Отметьте, чтобы уменьшать качество отображения (MAPQ) счет дополнительных выравниванийtrue (значение по умолчанию) | falseОтметьте, чтобы уменьшать качество отображения (MAPQ) счет дополнительных выравниваний в виде true или false.
Типы данных: логический
SeedSplitRatio — Порог для пересеваПорог для пересева в виде неотрицательного целого числа. Задайте длину seed, в которой пересев происходит относительно минимальной длины seed MinSeedLength. А именно, если MEM (максимальное точное совпадение) более длинен, чем MinSeedLength * SeedSplitRatio, пересев происходит.
Типы данных: double
SkipMateRescue — Отметьте, чтобы пропустить спасение помощникаfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы пропустить спасение помощника в виде true или false. Спасение помощника использует алгоритм Смита-лодочника (SW), чтобы выровнять несопоставленные чтения с помощниками, которые правильно выравниваются.
Типы данных: логический
SkipPairing — Отметьте, чтобы пропустить соединение чтенияfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы пропустить чтение, соединяющееся в виде true или false. Если true, для чтений парного конца программное обеспечение использует алгоритм Смита-лодочника (SW), чтобы спасти недостающие хиты только и не пытается найти хиты, которые соответствуют соответствующей паре.
Типы данных: логический
SmartPairing — Отметьте, чтобы выполнить умное соединениеfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы выполнить умное соединение в виде true или false. Если значением является true, смежные чтения пар программного обеспечения, которые находятся в том же файле и имеют то же имя. Такие файлы FASTQ также известны как чередованные файлы.
Типы данных: логический
SoftClipSupplementary — Отметьте к мягкому клипу дополнительные выравниванияfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте к мягкому клипу дополнительные выравнивания в виде true или false. Если значением является true, программное обеспечение мягкие клипы и дополнительные выравнивания и первичное выравнивание.
Значением по умолчанию является false, что означает что программное обеспечение мягкие клипы первичное выравнивание и твердые клипы дополнительные выравнивания.
Типы данных: логический
TreatAltAsPrimary — Отметьте, чтобы обработать контиги ALT как часть первичного блокаfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы обработать контиги ALT как часть первичного блока в виде true или false.
Типы данных: логический
UnpairedReadPenalty — Штраф за отображение пар чтения как непарныеШтраф за отображение пар чтения как непарные в виде неотрицательного целого числа.
Счетом выравнивания к парной паре чтения является read1 выиграйте + read2 счет - вставляет штрафread1 выиграйте + read2 счет - UnpairedReadPenaltyUnpairedReadPenalty значение приводит к более агрессивному соединению чтения.
Типы данных: double
Verbosity — Уровень многословия информации распечатанУровень многословия информации, распечатанной к командной строке MATLAB, в то время как программное обеспечение запускается в виде неотрицательного целого числа. Допустимые опции:
0 — Для отключения всех выходных параметров к командной строке.
1 — Для сообщений ошибки печати.
2 — Для печати предупреждающих сообщений и сообщений об ошибке.
3 — Для печати всех сообщений.
4 — Для отладки целей только.
Типы данных: double
Version — Поддерживаемая версияЭто свойство доступно только для чтения.
Поддерживаемая версия исходного bwa программное обеспечение, возвращенное как строка.
Пример: "0.7.17"
Типы данных: string
ZDropOff — Сокращение для расширения Смита-лодочникаСокращение для расширения Смита-лодочника (SW) в виде неотрицательного целого числа. Программное обеспечение использует следующее выражение:
, где i и j являются текущими положениями запроса и ссылки, соответственно. Когда различие между лучшим счетом и текущим дополнительным счетом больше, чем это значение выражения, программное обеспечение отключает расширение SW.
Типы данных: double
getCommand | Переведите свойства объектов в исходный синтаксис опций |
getOptionsTable | Возвратите таблицу со всеми свойствами и эквивалентные опции в исходном синтаксисе |
Этот пример требует Пакета поддержки BWA для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, программное обеспечение обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.
Создайте набор индексных файлов для генома Дрозофилы. Этот пример использует ссылочную последовательность Dmel_chr4.fa, предоставленный тулбокс. 'Prefix' аргумент позволяет вам задать префикс выходных индексных файлов. Можно также включать информацию о пути к файлу. В данном примере задайте префикс как Dmel_chr4 и сохраните индексные файлы в текущем каталоге.
bwaindex('Dmel_chr4.fa','Prefix','./Dmel_chr4');
Как альтернатива определению аргументов пары "имя-значение", можно использовать BWAIndexOptions объект задать опции индексации.
indexOpt = BWAIndexOptions; indexOpt.Prefix = './Dmel_chr4'; indexOpt.Algorithm = 'bwtsw'; bwaindex('Dmel_chr4.fa',indexOpt);
Если индексные файлы готовы, сопоставляют последовательности чтения со ссылкой с помощью bwamem. Два парных конца читали, входным файлам уже предоставляют тулбокс. Используя аргументы пары "имя-значение", можно задать различные опции выравнивания, такие как количество параллельных потоков, чтобы использовать.
bwamem('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4.sam','NumThreads',4);
В качестве альтернативы можно использовать BWAMEMoptions задавать опции выравнивания.
alignOpt = BWAMEMOptions; alignOpt.NumThreads = 4; bwamem('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4.sam',alignOpt)
[1] Литий, Хэн и Ричард Дербин. “Быстрое и Точное Короткое Выравнивание Чтения с Преобразованием Нор-Wheeler”. Биоинформатика 25, № 14 (15 июля 2009): 1754–60. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.
[2] Литий, Хэн и Ричард Дербин. “Быстрое и Точное Долго считанное Выравнивание с Преобразованием Нор-Wheeler”. Биоинформатика 26, № 5 (1 марта 2010): 589–95. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698.
У вас есть модифицированная версия этого примера. Вы хотите открыть этот пример со своими редактированиями?
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.