getCommand

Переведите свойства объектов в исходный синтаксис опций

Описание

пример

S = getCommand(optionsObject) возвращает строку S представление модифицированных свойств в optionsObject переведенный в исходный синтаксис (снабженный префиксом одним или двумя тире). По умолчанию функция переводит только модифицированные свойства.

Примечание

Если вы устанавливаете IncludeAll к true, программное обеспечение переводит все доступные свойства со значениями по умолчанию для незаданных свойств. Единственное исключение - это, когда значением по умолчанию свойства является NaNInf, [], '', или "", затем программное обеспечение не переводит соответствующее свойство.

Примеры

свернуть все

Создайте CufflinksOptions объект.

Примечание

getCommand также работает над другими объектами опций. Для полного списка объектов см. optionsObject.

opt = CufflinksOptions;

Измените свойства объектов. В данном примере задайте минимальное среднее покрытие для 3' обрезки конца и измените seed для генератора случайных чисел Запонок.

opt.TrimCoverageThreshold = 5;
opt.Seed = 1;

Получите опции, переведенные в исходный синтаксис.

s = getCommand(opt)
ans =

    "--seed -2.3 --trim-3-avgcov-thresh 5"

Входные параметры

свернуть все

Выходные аргументы

свернуть все

Опции в исходном синтаксисе, возвращенном как строка.

Ссылки

[1] Trapnell, C., Б. Уильямс, Г. Пертеа, А. Мортэзэви, Г. Кван, Дж. ван Бэрен, С. Залцберг, B. Пустошь и Л. Пэчтер. 2010. Блок расшифровки стенограммы и квантификация RNA-Seq показывают неаннотируемые расшифровки стенограммы и изоформу, переключающуюся во время клеточной дифференцировки. Биотехнология природы. 28:511–515.

[2] Литий, Хэн и Ричард Дербин. “Быстрое и Точное Короткое Выравнивание Чтения с Преобразованием Нор-Wheeler”. Биоинформатика 25, № 14 (15 июля 2009): 1754–60. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.

[3] Литий, Хэн и Ричард Дербин. “Быстрое и Точное Долго считанное Выравнивание с Преобразованием Нор-Wheeler”. Биоинформатика 26, № 5 (1 марта 2010): 589–95. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698.

Введенный в R2019a