Покажите тип в виде вектора символов или строки. Это используется, чтобы решить что функцию рассмотреть из файла GTF. Значением по умолчанию является 'exon'.

Припишите тип в виде вектора символов или строки. Это используется, чтобы решить, какой атрибут рассмотреть из файла GTF для группировки функций в метафункции и суммирование чтения считают.

Логическая переменная, указывающая, подвести ли итог на уровне метафункции в виде true или false.

Значением по умолчанию является true, значение функциональных функций групп в метафункции и отчеты чтение значит метафункции.

Имя файла, содержащего псевдонимы ссылочных имен в виде вектора символов или строки. Файл должен быть файлом с разделением табуляцией, где первый столбец соответствует ссылочным именам, используемым в файле GTF, и второй столбец соответствует ссылочным именам, используемым во входном файле (файлах). Имена являются чувствительными к регистру. Необходимо включать только ссылочные имена, которые отличаются в файле GTF и входном файле. Файл должен содержать только один термин псевдонима для любой ссылки, перечисленной во входном файле. По умолчанию ссылочные имена в файле GTF и те во входных файлах приняты, чтобы быть тем же самым.

Логическая переменная, указывающая, считать ли чтения как фрагменты в виде true или false. Чтения парного конца должны иметь тот же ID для поля QNAME во входном файле и взаимном порядке помощников выведен соответствующим битом в FLAG поле во входном файле. Чтения, которые не имеют никакого допустимого помощника или потому что помощник не сопоставлен или отфильтрован входными критериями, все еще считаются, если они удовлетворяют перекрывающимся критериям.

Значением по умолчанию является false, то есть, чтения считаются, когда одно конец читает, и их информация о соединении проигнорирована.

Скрутите специфику протокола секвенирования в виде 'unstranded' (значение по умолчанию), 'stranded', или 'reverse'.

При подсчете фрагментов (чтения парного конца), скрутка первого помощника рассматривается как скрутку целого фрагмента. Взаимный порядок помощников (первый или второй) выведен из соответствующего бита в FLAG поле входного файла.

Минимальное количество перекрытых основ, требуемых присваивать чтение функции в виде положительного целого числа. При подсчете фрагментов сумма перекрытий от каждого конца используется в качестве минимального количества перекрытых основ.

Минимальное качество отображения для данного чтения, которое будет рассмотрено для подсчета в виде неотрицательного целого числа. Это соответствует MAPQ поле во входном файле. При подсчете фрагментов по крайней мере один из помощников чтения должен удовлетворить этому критерию для того, чтобы быть рассмотренным для подсчета.

Логическая переменная, указывающая, считать ли чтения, перекрывающие несколько функций в виде true или false (значение по умолчанию).

Если true, чтение (или фрагмент) перекрывающий несколько функций считается многократно. Во время резюмирования на уровне метафункции чтение (или фрагмент) считается только однажды, если это перекрывается с несколькими функциями, принадлежащими той же метафункции, пока это не перекрывается с другим metafeaures.

Подсчет опции для чтений, имеющих несколько местоположений отображения во входном файле в виде 'primary' (значение по умолчанию), 'none', или 'all'.

Логическая переменная, указывающая, должен ли фрагмент иметь обоих помощников, сопоставленных в виде true или false. Помощник, сопоставляющий информацию, получен из FLAG поле во входном файле. Значением по умолчанию является false.

Логическая переменная, указывающая, должен ли фрагмент быть правильно соединен в виде true или false. Помощник, соединяющий информацию, получен из FLAG поле во входном файле. Значением по умолчанию является false.

Логическая переменная, указывающая, сообщить ли о функциях или метафункциях с нулем, значит каждый входной файл в выходной таблице в виде true или false.

Значением по умолчанию является false, то есть, только строки с ненулевыми количествами и столбцы с ненулевыми количествами включены в выходную таблицу.

Метод, чтобы использовать при присвоении данного чтения, чтобы метапоказать в виде 'partial'полныйMax , или 'hits'. Если 'Summarization' установлен в false, затем чтения присвоены функциям, вместо метафункций, на основе заданного метода.

В следующей таблице R относится к чтению или фрагменту, и M относится к метафункции.

Следующая принципиальная схема и таблица иллюстрируют результат этих методов в сочетании с 'CountMultiOverlap' аргумент пары "имя-значение". На рисунке чтение относится к последовательности короткого чтения из входного файла, и функция A и функция B относятся к функциям, перечисленным в файле GTF.

Каждые списки столбцов метода функция, что чтение присвоено на основе соответствующего метода. 'CountMultiOverlap' столбец указывает, установлена ли эта пара "имя-значение" в true или false и если это оказывает какое-либо влияние в результате каждого метода.

никакая функция не означает, что чтение не присвоено никакой функции. Если вы задали вторую выходную таблицу S, его Unassigned_noFeature строка постепенно увеличивается одной для такого вхождения. неоднозначный означает, что чтение не присвоено никакой функции, поскольку это удовлетворяет перекрывающимся критериям нескольких функций и Unassigned_ambiguous строка постепенно увеличивается одной для такого вхождения.

Логическая переменная, указывающая, вычислить ли параллельно в виде true или false.

Для того, чтобы выполнить расчет параллельно, у вас должен быть Parallel Computing Toolbox™. Если MATLAB^® параллельный пул не существует, каждый автоматически создается, когда опция автосоздания включена в ваших параллельных настройках. В противном случае расчет запускается в последовательном режиме.

Значением по умолчанию является false, то есть, последовательный режим.

Логическая переменная, указывающая, отобразить ли прогресс расчета в виде true или false.