Exponenta Banner

ilmnbsread

Считайте данные об экспрессии гена, экспортированные из программного обеспечения Illumina BeadStudio

Синтаксис

IlmnStruct = ilmnbsread(File)
IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'Columns', ColumnsValue, ...)
IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'HeaderOnly', HeaderOnlyValue, ...)
IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...)

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла с разделением табуляцией или разделенного от запятой файла данных выражения, экспортированы из Illumina® Программное обеспечение BeadStudio™. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке.

ColumnsValueМассив ячеек, который задает имена столбцов, чтобы читать. Значением по умолчанию являются все имена столбцов.
HeaderOnlyValueУправляет населением только Header, ColumnNames, и TextColumnNames поля в IlmnStruct. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
CleanColNamesValueУправляет преобразованием любого ColumnNames содержа пробелы или символы, которые не могут использоваться в качестве имен переменной MATLAB к допустимым именам переменной MATLAB. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

IlmnStruct

Структура MATLAB, содержащая данные, экспортирована из программного обеспечения Illumina BeadStudio.

Описание

IlmnStruct = ilmnbsread(File) чтения File, разграниченный вкладкой или разделенный от запятой файл данных выражения, экспортируемый из программного обеспечения Illumina BeadStudio, и, создает IlmnStruct, структура MATLAB, содержащая следующие поля.

Поле Описание
HeaderВектор символов, содержащий описание данных.
TargetIDМассив ячеек, содержащий уникальные идентификаторы для целей на микромассиве экспрессии гена Illumina.
ColumnNames

Массив ячеек, содержащий имена столбцов, которые содержат числовые данные в файле с разделением табуляцией, экспортируемом из программного обеспечения Illumina BeadStudio.

Data

Матрица, содержащая числовые микроданные массива для каждой цели на микромассиве экспрессии гена Illumina.

Примечание

ColumnNames и Data имейте одинаковое число столбцов.

TextColumnNames

Массив ячеек, содержащий имена столбцов, которые содержат нечисловые данные в файле с разделением табуляцией, экспортируемом из программного обеспечения Illumina BeadStudio. Это поле может быть пустым.

TextData

Массив ячеек, содержащий нечисловые микроданные массива (такие как аннотации) для каждой цели на микромассиве экспрессии гена Illumina. Это поле может быть пустым.

Примечание

TextColumnNames и TextData имейте одинаковое число столбцов.

IlmnStruct = ilmnbsread (FilePropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы ilmnbsread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'Columns', ColumnsValue, ...) считывает данные только из столбцов, заданных ColumnsValue, массив ячеек имен столбцов. Поведение по умолчанию должно считать данные из всех столбцов.

IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'HeaderOnly', HeaderOnlyValue, ...) управляет населением только Header, ColumnNames, и TextColumnNames поля в IlmnStruct. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...) управляет преобразованием любого ColumnNames содержа пробелы или символы, которые не могут использоваться в качестве имен переменной MATLAB к допустимым именам переменной MATLAB. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Совет

Используйте 'CleanColNames' свойство, если вы планируете использовать ColumnNames поле как имена переменных.

Примеры

Примечание

Файл экспрессии гена, TumorAdjacent-probe-raw.txt используемый в следующем примере не предоставлен программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™.

Считайте содержимое файла с разделением табуляцией, экспортируемого из программного обеспечения Illumina BeadStudio в структуру MATLAB.

ilmnStruct = ilmnbsread('TumorAdjacent-probe-raw.txt')

ilmnStruct = 

             Header: [1x1 struct]
           TargetID: {22184x1 cell}
        ColumnNames: {1x37 cell}
               Data: [22184x37 double]
    TextColumnNames: {1x23 cell}
           TextData: {22184x23 cell}

Смотрите также

| | | | | | | | | |

Введенный в R2008a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка