getEntryByIndex

Класс: BioIndexedFile

Получите записи из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile с помощью числового индекса

Синтаксис

Entries = getEntryByIndex(BioIFobj, Indices)

Описание

Entries = getEntryByIndex(BioIFobj, Indices) записи извлечений от исходного файла сопоставлены с BioIFobj, объект BioIndexedFile. Это извлекает и конкатенирует записи, заданные Indices, числовой вектор из положительных целых чисел. Это возвращает Entries, вектор символов конкатенированных записей. Значение каждого элемента в Indices должно быть меньше чем или равно количеству записей в исходном файле. Непосредственное отношение существует между номером и порядком элементов в Indices и выход Entries, даже если Indices повторил записи.

Входные параметры

BioIFobj

Объект BioIndexedFile класс.

Indices

Числовой вектор из положительных целых чисел. Значение каждого элемента должно быть меньше чем или равно количеству записей в исходном файле, сопоставленном с BioIFobj, объект BioIndexedFile.

Выходные аргументы

Entries

Вектор символов конкатенированных записей, извлеченных из исходного файла, сопоставлен с BioIFobj, объект BioIndexedFile.

Примеры

Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между терминами генной онтологии (GO) и названиями генов:

% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
                            'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')

Возвратите первые, третьи, и пятые записи в исходный файл:

% Access 1st, 3rd, and 5th entries
subset_entries = getEntryByIndex(gene2goObj, [1 3 5]);

Советы

Используйте этот метод, чтобы визуализировать и исследовать подмножество записей в исходном файле в целях валидации.