getEntryByKey

Класс: BioIndexedFile

Получите записи из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile с помощью алфавитно-цифрового ключа

Синтаксис

Entries = getEntryByKey(BioIFobj, Key)

Описание

Entries = getEntryByKey(BioIFobj, Key) записи извлечений от исходного файла сопоставлены с BioIFobj, объект BioIndexedFile. Это извлекает и конкатенирует записи, заданные Key, вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько алфавитно-цифровых ключей. Это возвращает Entries, вектор символов конкатенированных записей. Если ключи в исходном файле не уникальны, он возвращает все записи, которые совпадают с заданным ключом, всеми в положении ключа в Key cellArray. Если ключи в исходном файле уникальны, существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Key и выход Entries.

Входные параметры

BioIFobj

Объект BioIndexedFile класс.

Key

Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько ключей в исходном файле, сопоставлены с BioIFobj, объект BioIndexedFile.

Выходные аргументы

Entries

Вектор символов конкатенированных записей, извлеченных из исходного файла, сопоставлен с BioIFobj, объект BioIndexedFile.

Примеры

Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между терминами генной онтологии (GO) и названиями генов:

% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
                            'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')

Возвратите записи в исходный файл, которые заданы ключами AAC1 и AAD10:

% Access entries that have the keys AAC1 and AAD10
subset_entries = getEntryByKey(gene2goObj, {'AAC1' 'AAD10'});

Советы

Используйте этот метод, чтобы визуализировать и исследовать подмножество записей в исходном файле в целях валидации.