Exponenta Banner

GFFAnnotation class

Суперклассы:

Содержите аннотации Общего формата функции (GFF)

Описание

GFFAnnotation класс содержит аннотации для одной или нескольких ссылочных последовательностей, соответствуя формату файла GFF.

Вы создаете a GFFAnnotation объект от GFF-или отформатированного GTF файла. Каждый элемент в объекте представляет аннотацию. Используйте свойства объектов и методы, чтобы отфильтровать аннотации функцией, ссылочной последовательностью или ссылочным положением последовательности. Используйте методы объекта извлечь данные для подмножества аннотаций в массив структур.

Конструкция

Annotobj = GFFAnnotation(File) построения AnnotobjA GFFAnnotation объект, от File, GFF-или отформатированный GTF файл.

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая GFF-или отформатированный GTF файл.

Свойства

FieldNames

Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена доступных полей данных для каждой аннотации в GFFAnnotation объект. Это свойство доступно только для чтения.

NumEntries

Целочисленное количество определения аннотаций в GFFAnnotation объект. Это свойство доступно только для чтения.

Методы

getDataСоздайте структуру, содержащую подмножество данных из GFFAnnotation
getFeatureNamesПолучите имена уникальной функции из GFFAnnotation объект
getIndexВозвратите массив индекса аннотаций от GFFAnnotation объект
getRangeПолучите область значений аннотаций от GFFAnnotation объект
getReferenceNamesПолучите ссылочные имена из GFFAnnotation объект
getSubsetПолучите подмножество элементов от GFFAnnotation объект

Индексация

GFFAnnotation объекты поддерживают точку. индексация, чтобы извлечь свойства.

Примеры

Создайте a GFFAnnotation объект из GFF-отформатированного файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™:

GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff')
GFFAnnotObj = 

  GFFAnnotation with properties:

    FieldNames: {'Reference'  'Start'  'Stop'  'Feature'  'Source'  'Score'  'Strand'  'Frame'  'Attributes'}
    NumEntries: 3331

Создайте a GFFAnnotation объект из отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox:

GFFAnnotObj = GFFAnnotation('hum37_2_1M.gtf')
GFFAnnotObj = 

  GFFAnnotation with properties:

    FieldNames: {'Reference'  'Start'  'Stop'  'Feature'  'Source'  'Score'  'Strand'  'Frame'  'Attributes'}
    NumEntries: 308

Смотрите также

Темы

Внешние веб-сайты

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка