Суперклассы:
Содержите аннотации Общего формата функции (GFF)
GFFAnnotation класс содержит аннотации для одной или нескольких ссылочных последовательностей, соответствуя формату файла GFF.
Вы создаете a GFFAnnotation объект от GFF-или отформатированного GTF файла. Каждый элемент в объекте представляет аннотацию. Используйте свойства объектов и методы, чтобы отфильтровать аннотации функцией, ссылочной последовательностью или ссылочным положением последовательности. Используйте методы объекта извлечь данные для подмножества аннотаций в массив структур.
Annotobj =
GFFAnnotation(File)AnnotobjA GFFAnnotation объект, от File, GFF-или отформатированный GTF файл.
|
Вектор символов или строка, задающая GFF-или отформатированный GTF файл. |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена доступных полей данных для каждой аннотации в |
|
Целочисленное количество определения аннотаций в |
| getData | Создайте структуру, содержащую подмножество данных из GFFAnnotation |
| getFeatureNames | Получите имена уникальной функции из GFFAnnotation объект |
| getIndex | Возвратите массив индекса аннотаций от GFFAnnotation объект |
| getRange | Получите область значений аннотаций от GFFAnnotation объект |
| getReferenceNames | Получите ссылочные имена из GFFAnnotation объект |
| getSubset | Получите подмножество элементов от GFFAnnotation объект |
Значение. Чтобы узнать, как классы значений влияют на операции копирования, см. раздел "Копирование объектов".
GFFAnnotation объекты поддерживают точку. индексация, чтобы извлечь свойства.
Создайте a GFFAnnotation объект из GFF-отформатированного файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™:
GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff')GFFAnnotObj =
GFFAnnotation with properties:
FieldNames: {'Reference' 'Start' 'Stop' 'Feature' 'Source' 'Score' 'Strand' 'Frame' 'Attributes'}
NumEntries: 3331Создайте a GFFAnnotation объект из отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox:
GFFAnnotObj = GFFAnnotation('hum37_2_1M.gtf')GFFAnnotObj =
GFFAnnotation with properties:
FieldNames: {'Reference' 'Start' 'Stop' 'Feature' 'Source' 'Score' 'Strand' 'Frame' 'Attributes'}
NumEntries: 308