Exponenta Banner

getData

Класс: GFFAnnotation

Создайте структуру, содержащую подмножество данных из GFFAnnotation

Синтаксис

AnnotStruct = getData(AnnotObj)
AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos)
AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset)
AnnotStruct = getData(___,Name,Value)

Описание

AnnotStruct = getData(AnnotObj) возвращает AnnotStruct, массив структур, содержащих данные из всех элементов в AnnotObj. Поля в структурах возврата совпадают с элементами в FieldNames свойство AnnotObj.

AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos) возвращает AnnotStruct, массив структур, содержащих данные из подмножества элементов в AnnotObj это находится в пределах каждого ссылочного диапазона последовательности, указанного StartPos и EndPos.

AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset) возвращает AnnotStruct, массив структур, содержащих подмножество данных из AnnotObj заданный Subset, вектор из целых чисел.

AnnotStruct = getData(___,Name,Value) возвращает AnnotStruct, массив структур, с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах и дополнительных опциях задан одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

Входные параметры

AnnotObj

Объект GFFAnnotation класс.

StartPos

Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в AnnotObj. Целочисленный StartPos должно быть меньше чем или равно EndPos.

EndPos

Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в AnnotObj. Целочисленный EndPos должен быть больше или быть равен StartPos.

Subset

Вектор из положительных целых чисел, меньше чем или равных количеству записей в объекте. Используйте векторный Subset получать любой элемент или подмножество данных из объекта.

Аргументы name-value

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Reference

Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в AnnotObj. Только аннотации, поле ссылки которых совпадает с одним из векторов символов или строк, включены в AnnotStruct.

Feature

Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в AnnotObj. Только аннотации, поле функции которых совпадает с одним из векторов символов или строк, включены в AnnotStruct.

Overlap

Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы быть включенной в AnnotStruct. Это значение может быть любым следующим:

  • Положительное целое число

  • 'full' — Аннотация должна полностью содержаться в области значений, которая будет включена.

  • 'start' — Положение запуска аннотации должно лечь в области значений, которая будет включена.

Значение по умолчанию: 1

Выходные аргументы

AnnotStruct

Массив структур, содержащих данные из элементов в AnnotObj. Поля в структурах возврата совпадают с элементами в FieldNames свойство AnnotObj. А именно, эти поля:

  • Reference

  • Start

  • Stop

  • Feature

  • Source

  • Score

  • Strand

  • Frame

  • Attributes

Примеры

Пример 17. Получите подмножества данных из объекта GFFAnnotation

Создайте a GFFAnnotation объект с помощью GFF-отформатированного файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.

GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');

Извлеките аннотации для положений 10 000 - 20 000 от ссылочной последовательности.

AnnotStruct1 = getData(GFFAnnotObj,10000,20000)

AnnotStruct1 = 

9x1 struct array with fields:
    Reference
    Start
    Stop
    Feature
    Source
    Score
    Strand
    Frame
    Attributes

Извлеките первые пять аннотаций из объекта.

AnnotStruct2 = getData(GFFAnnotObj,[1:5])

AnnotStruct2 = 

5x1 struct array with fields:
    Reference
    Start
    Stop
    Feature
    Source
    Score
    Strand
    Frame
    Attributes

Советы

Используя getData создает структуру, которая обеспечивает лучший доступ к данным об аннотации, чем объект.

  • Можно получить доступ ко всем значениям полей в структуре.

  • Можно извлечь, присвоить и удалить значения полей.

  • Можно использовать линейную индексацию, чтобы получить доступ к значениям полей определенных аннотаций. Например, можно получить доступ к значению запуска только пятой аннотации.

Смотрите также

| | | | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка