Считайте данные микромассивов из файла Результатов ImaGene
imagenedata = imageneread(File)
imagenedata = imageneread(...,
'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...)
File | ImaGene® Результаты отформатировали файл. Введите вектор символов или строку, задающую имя файла, или путь и имя файла. |
CleanColNamesValue | Управляет преобразованием любого ColumnNames содержа пробелы или символы, которые не могут использоваться в качестве MATLAB® имена переменных, к допустимым именам переменной MATLAB. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
imagenedata = imageneread(File)File и создает imagenedata, структура MATLAB, содержащая следующие поля.
| Поле |
|---|
HeaderAA |
Data |
Blocks |
Rows |
Columns |
Fields |
IDs |
ColumnNames |
Indices |
Shape |
imagenedata = imageneread (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)imageneread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
управляет преобразованием любого imagenedata = imageneread(...,
'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...)ColumnNames содержа пробелы или символы, которые не могут использоваться в качестве имен переменной MATLAB к допустимым именам переменной MATLAB. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
Поле Indices из структуры содержит индексы, которые можно использовать для графического вывода карт тепла данных с функциональным image или imagesc.
Для получения дополнительной информации о формате ImaGene и данных в качестве примера, см. документацию ImaGene.
В следующем примере, файл cy3.txt не обеспечивается.
Читайте в демонстрационном файле Результатов ImaGene. Обратите внимание на то, что файл в качестве примера, cy3.txt, не предоставлен программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™.
cy3Data = imageneread('cy3.txt');Постройте среднее значение сигнала.
maimage(cy3Data,'Signal Mean');
Читайте в демонстрационном файле Результатов ImaGene. Обратите внимание на то, что файл в качестве примера, cy5.txt, не предоставлен программное обеспечение Bioinformatics Toolbox.
cy5Data = imageneread('cy5.txt');Создайте loglog график медианы сигнала из двух файлов Результатов ImaGene.
sigMedianCol = find(strcmp('Signal Median',cy3Data.ColumnNames));
cy3Median = cy3Data.Data(:,sigMedianCol);
cy5Median = cy5Data.Data(:,sigMedianCol);
maloglog(cy3Median,cy5Median,'title','Signal Median');gprread | ilmnbsread | maboxplot | maimage | sptread