Вычислите изотопное массовое распределение с высоким разрешением и функцию плотности
[MD, Info, DF]
= isotopicdist(SeqAA)
[MD, Info, DF]
= isotopicdist(Compound)
[MD, Info, DF]
= isotopicdist(Formula)
isotopicdist(..., 'NTerminal', NTerminalValue,
...)
isotopicdist(..., 'CTerminal', CTerminalValue,
...)
isotopicdist(..., 'Resolution', ResolutionValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTResolution', FFTResolutionValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTRange', FFTRangeValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTLocation', FFTLocationValue,
...)
isotopicdist(..., 'NoiseThreshold', NoiseThresholdValue,
...)
isotopicdist(..., 'ShowPlot', ShowPlotValue,
...)
[ анализирует последовательность пептида и возвращает матрицу, содержащую ожидаемое массовое распределение; структура, содержащая моноизотопическую массу, среднюю массу, самую богатую массу, номинальную массу и эмпирическую формулу; и матрица, содержащая ожидаемую функцию плотности. MD, Info, DF]
= isotopicdist(SeqAA)
[ анализирует составной объект, заданный числовым вектором или матрицей. MD, Info, DF]
= isotopicdist(Compound)
[ анализирует составной объект, заданный эмпирической химической формулой, представленной структурой MD, Info, DF]
= isotopicdist(Formula)Formula. Имена полей в Formula должен быть допустимые символы элемента и являются чувствительными к регистру. Соответствующие значения в Formula количество атомов для каждого элемента. Formula может также быть массив структур, который задает несколько формул. Имена полей могут быть в любом порядке в структуре. Однако, если существует несколько структур, порядок должен быть тем же самым в каждом.
isotopicdist (..., ' вызовы PropertyName', PropertyValue, ...)isotopicdist с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
isotopicdist(..., 'NTerminal', изменяет N-терминал пептида.NTerminalValue,
...)
isotopicdist(..., 'CTerminal', изменяет C-терминал пептида.CTerminalValue,
...)
isotopicdist(..., 'Resolution', задает аппроксимированное разрешение инструмента, данного как Гауссова ширина (в дальтонах) в полной ширине на половине высоты (FWHH).ResolutionValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTResolution', задает количество точек данных на дальтон, чтобы вычислить алгоритм быстрого преобразования Фурье (FFT).FFTResolutionValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTRange', указывает абсолютный диапазон (размер окна) в дальтонах для выходной функции плотности и Алгоритма бпф.FFTRangeValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTLocation', задает местоположение области значений БПФ (окно), заданное FFTLocationValue,
...)FFTRangeValue. Это задает это местоположение путем установки местоположения нижнего предела области значений относительно местоположения моноизотопического пика, который вычисляется isotopicdist.
isotopicdist(..., 'NoiseThreshold', удаляет точки в массовом распределении, которые меньше, чем NoiseThresholdValue,
...)1/ времена самая богатая масса.NoiseThresholdValue
isotopicdist(..., 'ShowPlot', управляет отображением графика массового распределения.ShowPlotValue,
...)
|
Последовательность пептида, заданная любым a:
Совет Можно использовать |
|
Составной объект, заданный любым a:
|
|
Химическая формула, заданная любым a:
Примечание Если |
|
Модификация для N-терминала пептида, заданного также:
|
|
Модификация для C-терминала пептида, заданного также:
|
|
Значение в дальтонах, задающих аппроксимированное разрешение инструмента, данного как Гауссова ширина в полной ширине половине высоты (FWHH). Значение по умолчанию: |
|
Значение, задающее количество точек данных на дальтон, использованный для расчета Алгоритм бпф. Значение по умолчанию: |
|
Значение, задающее абсолютную область значений (размер окна) в дальтонах для Алгоритма бпф и выходной функции плотности. По умолчанию это значение автоматически оценивается на основе веса молекулы. Фактическая область значений БПФ, используемая внутренне Совет Увеличьте Совет Сверхвысокое разрешение позволяет вам разрешать микроpeaks, который имеет ту же номинальную массу, но немного отличающиеся точные массы. Чтобы достигнуть сверхвысокого разрешения, увеличьте |
|
Часть, которая задает местоположение области значений БПФ (окно), заданное Совет Вы, возможно, должны переключить область значений БПФ налево в редких случаях, где составной объект содержит элемент, такой как Железо или Аргон, самый богатый изотоп которого не является самым легким. Значение по умолчанию: |
|
Значение, которое удаляет точки в массовом распределении, которые меньше, чем Значение по умолчанию: |
|
Управляет отображением графика изотопического массового распределения. Выбором является
|
|
Массовое распределение, представленное матрицей 2D столбца, в которой каждая строка соответствует изотопу. Первые списки столбцов изотопическая масса и вторые списки столбцов вероятность для той массы. |
|
Структура, содержащая массовую информацию для последовательности пептида или составного объекта в следующих полях:
|
|
Функция плотности, представленная матрицей 2D столбца, в которой каждая строка соответствует m/z значению. Первые списки столбцов масса и вторые списки столбцов относительная интенсивность сигнала в той массе. |
Вычислите и отобразите изотопическое массовое распределение последовательности пептида MATLAP с N-терминалом ацетила и C-терминалом амида:
MD = isotopicdist('MATLAP','nterm','Acetyl','cterm','Amide', ...
'showplot',true)
MD =
643.3363 0.6676
644.3388 0.2306
645.3378 0.0797
646.3386 0.0181
647.3396 0.0033
648.3409 0.0005
649.3423 0.0001
650.3439 0.0000
651.3455 0.0000
Вычислите и отобразите изотопическое массовое распределение Glutamine (C5H10N2O3):
MD = isotopicdist([5 10 2 3 0],'showplot',true) MD = 146.0691 0.9328 147.0715 0.0595 148.0733 0.0074 149.0755 0.0004 150.0774 0.0000
Отобразите изотопическое массовое распределение "averagine" модели, молекулярная формула которой представляет статистические случаи аминокислот от всех известных белков:
isotopicdist([4.9384 7.7583 1.3577 1.4773 0.0417])
[1] Роквуд, A. L. Ван Орден, S. L. и Смит, R. D. (1995). Быстрое вычисление изотопных распределений. Анальный. Chem. 67:15, 2699–2704.
[2] Роквуд, A. L. Ван Орден, S. L. и Смит, R. D. (1996). Сверхвысокие вычисления распределения изотопа разрешения. Быстрый Commun. Массовый спектр 10, 54-59.
[3] Сенко, M.W., Beu, S. C. и Маклэфферти, F. W. (1995). Автоматизированное присвоение состояний заряда от разрешенного изотопического peaks для умножает заряженные ионы. J. Soc. Массовый Spectrom. 6, 52–56.
[4] Сенко, M.W., Beu, S. C. и Маклэфферти, F. W. (1995). Определение моноизотопических масс и ионных популяций для больших биомолекул от разрешенных изотопических распределений. J. Soc. Массовый Spectrom. 6, 229–233.
cleave | getgenpept | genpeptread | int2aa | nt2aa | aminolookup | cleavelookup | molweight