nt2aa

Преобразуйте последовательность нуклеотида в последовательность аминокислот

Синтаксис

SeqAA = nt2aa(SeqNT) SeqAA = nt2aa(..., 'Frame', FrameValue, ...) SeqAA = nt2aa(..., 'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) SeqAA = nt2aa(..., 'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...) SeqAA = nt2aa(..., 'ACGTOnly', ACGTOnlyValue, ...)

Входные параметры

`SeqNT`	Одно из следующего: Вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды, задающие последовательность нуклеотида. Для допустимых алфавитных кодов см. таблицу Mapping Nucleotide Letter Codes to Integers. Вектор-строка из целых чисел, задающих последовательность нуклеотида. Для допустимых целых чисел см. таблицу Mapping Nucleotide Integers to Letter Codes. MATLAB^® структура, содержащая `Sequence` поле, которое содержит последовательность нуклеотида, такой, как возвращено `fastaread`, `fastqread`, `emblread`, `getembl`, `genbankread`, или `getgenbank` Примечание Дефисы допустимы, только если кодон, которому это принадлежит, представляет разрыв, то есть, кодон содержит все дефисы. Пример: `ACT---TGA` Совет Не используйте последовательность с дефисами, если вы задаете `'all'` для `FrameValue`.
`FrameValue`	Целое число, вектор символов или строка, задающая рамку считывания в последовательности нуклеотида. Выбором является `1`, 2, 3, или `'all'`. Значением по умолчанию является `1`. Если `FrameValue` `'all'`, затем `SeqAA` массив ячеек 3 на 1.
`GeneticCodeValue`	Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является `1` или `'Standard'`. Совет Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени.
`AlternativeStartCodonsValue`	Управляет переводом альтернативных кодонов. Выбором является `true` (значение по умолчанию) или `false`.
`ACGTOnlyValue`	Управляет поведением неоднозначных символов нуклеотида (`RYKMSWBDHV`, и `N`) и неизвестные символы. `ACGTOnlyValue` может быть `true` (значение по умолчанию) или `false`. Если `true`, затем функциональные ошибки, если какой-либо из этих символов присутствует. Если `false`, затем функция пытается разрешить неоднозначности. Если это не может, это возвратить `X` для затронутого кодона.

Выходные аргументы

SeqAA Последовательность аминокислот задана вектором символов однобуквенных кодов.

Описание

SeqAA = nt2aa(SeqNT) преобразует последовательность нуклеотида, заданную SeqNT, к последовательности аминокислот, возвращенной в SeqAA, использование стандартного генетического кода.

SeqAA = nt2aa (SeqNTPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы nt2aa с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

SeqAA = nt2aa(..., 'Frame', FrameValue, ...) преобразует последовательность нуклеотида для определенной рамки считывания к последовательности аминокислот. Выбором является 1, 2, 3, или 'all'. Значением по умолчанию является 1. Если FrameValue 'all', затем выход SeqAA массив ячеек 3 на 1.

SeqAA = nt2aa(..., 'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) задает генетический код, чтобы использовать при преобразовании последовательности нуклеотида в последовательность аминокислот. GeneticCodeValue может быть целое число, вектор символов или строка, задающая номер кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является 1 или 'Standard'. Аминокислоту к отображению кодона нуклеотида для Стандартного генетического кода показывают в таблице Standard Genetic Code.

Совет

Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени.

SeqAA = nt2aa(..., 'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...) управляет переводом альтернативных кодонов запуска. По умолчанию, AlternativeStartCodonsValue установлен в true, и если первый кодон последовательности является известным альтернативным кодоном запуска, кодон переводится в метионин.

Если эта опция установлена в false, затем альтернативный кодон запуска в начале последовательности переводится в свою соответствующую аминокислоту в генетическом коде, который вы задаете, который не может обязательно быть метионином. Например, в человеческом митохондриальном генетическом коде, AUA и AUU как известно, альтернативные кодоны запуска. Для получения дополнительной информации об альтернативных кодонах запуска посетите https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi? mode=t#SG1.

Для получения дополнительной информации об альтернативных кодонах запуска, см.:

www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=t#SG1

Генетический код

Номер кода	Кодовое название
1	`Standard`
2	`Vertebrate Mitochondrial`
3	`Yeast Mitochondrial`
4	`Mold`, `Protozoan`, `Coelenterate Mitochondrial`, и `Mycoplasma/Spiroplasma`
5	`Invertebrate Mitochondrial`
6	`Ciliate`, `Dasycladacean`, и `Hexamita Nuclear`
9	`Echinoderm Mitochondrial`
10	`Euplotid Nuclear`
11	`Bacterial` и `Plant Plastid`
12	`Alternative Yeast Nuclear`
13	`Ascidian Mitochondrial`
14	`Flatworm Mitochondrial`
15	`Blepharisma Nuclear`
16	`Chlorophycean Mitochondrial`
21	`Trematode Mitochondrial`
22	`Scenedesmus Obliquus Mitochondrial`
23	`Thraustochytrium Mitochondrial`

Стандартный генетический код

Имя аминокислоты	Код аминокислоты	Кодон нуклеотида
Аланин	`A`	`GCT GCC GCA GCG`
Аргинин	`R`	`CGT CGC CGA CGG AGA AGG`
Аспарагин	`N`	`AAT AAC`
Кислота аспарагиновой кислоты (Аспартат)	`D`	`GAT GAC`
Цистеин	`C`	`TGT TGC`
Glutamine	`Q`	`CAA CAG`
Глутаминовая кислота (Глутамат)	`E`	`GAA GAG`
Глицин	`G`	`GGT GGC GGA GGG`
Гистидин	`H`	`CAT CAC`
Изолейцин	`I`	`ATT ATC ATA`
Лейцин	`L`	`TTA TTG CTT CTC CTA CTG`
Лизин	`K`	`AAA AAG`
Метионин	`M`	`ATG`
Фенилаланин	`F`	`TTT TTC`
Пролин	`P`	`CCT CCC CCA CCG`
Серин	`S`	`TCT TCC TCA TCG AGT AGC`
Треонин	`T`	`ACT ACC ACA ACG`
Триптофан	`W`	`TGG`
Тирозин	`Y`	`TAT, TAC`
Valine	`V`	`GTT GTC GTA GTG`
Аспарагин или кислота Аспарагиновой кислоты (Аспартат)	`B`	Случайный кодон от `D` и `N`
Glutamine или Glutamic acid (Глутамат)	`Z`	Случайный кодон от `E` и `Q`
Неизвестная аминокислота (любая аминокислота)	`X`	Случайный кодон
Остановка перевода	`*`	`TAA TAG TGA`
Разрыв неопределенной длины	`-`	`---`
Неизвестный символ (любой символ или символ не в таблице)	`?`	`???`

SeqAA = nt2aa(..., 'ACGTOnly', ACGTOnlyValue, ...) управляет поведением неоднозначных символов нуклеотида (RYKMSWBDHV, и N) и неизвестные символы. ACGTOnlyValue может быть true (значение по умолчанию) или false. Если true, затем функциональные ошибки, если какой-либо из этих символов присутствует. Если false, затем функция пытается разрешить неоднозначности. Если это не может, это возвратить X для затронутого кодона.

Примеры

Пример 41. Преобразование гена ND1

Используйте getgenbank функция, чтобы получить геномную информацию для человеческой митохондрии от GenBank^® база данных и хранилище это в структуре MATLAB.

mitochondria = getgenbank('NC_012920')

mitochondria = 

                LocusName: 'NC_012920'
      LocusSequenceLength: '16569'
     LocusNumberofStrands: ''
            LocusTopology: 'circular'
        LocusMoleculeType: 'DNA'
     LocusGenBankDivision: 'PRI'
    LocusModificationDate: '05-MAR-2010'
               Definition: 'Homo sapiens mitochondrion, complete genome.'
                Accession: 'NC_012920 AC_000021'
                  Version: 'NC_012920.1'
                       GI: '251831106'
                  Project: []
                   DBLink: 'Project:30353'
                 Keywords: []
                  Segment: []
                   Source: 'mitochondrion Homo sapiens (human)'
           SourceOrganism: [4x65 char]
                Reference: {1x7 cell}
                  Comment: [24x67 char]
                 Features: [933x74 char]
                      CDS: [1x13 struct]
                 Sequence: [1x16569 char]
                SearchURL: [1x70 char]
              RetrieveURL: [1x104 char]

Определите название и местоположение первого гена в человеческой митохондрии.
```
mitochondria.CDS(1).gene
```
```
ans =

ND1
```
```
mitochondria.CDS(1).location
```
```
ans =

3307..4262
```
Извлеките последовательность для гена ND1 от последовательности нуклеотида.
```
ND1gene = mitochondria.Sequence(3307:4262);
```
Преобразуйте ген ND1 на человеческом геноме митохондрий к последовательности аминокислот с помощью Позвоночного Митохондриального генетического кода.
```
protein1 = nt2aa(ND1gene,'GeneticCode', 2);
```
Используйте getgenpept функция, чтобы получить ту же последовательность аминокислот из базы данных GenPept.
```
protein2 = getgenpept('YP_003024026', 'SequenceOnly', true);
```
Используйте isequal функция, чтобы сравнить эти две последовательности аминокислот.
```
isequal (protein1, protein2)

ans =

     1
```

Пример 42. Преобразование гена ND2

Используйте getgenbank функция, чтобы получить последовательность нуклеотида для человеческой митохондрии от базы данных GenBank.
```
mitochondria = getgenbank('NC_012920');
```
Определите название и местоположение второго гена в человеческой митохондрии.
```
mitochondria.CDS(2).gene
```
```
ans =

ND2
```
```
mitochondria.CDS(2).location
```
```
ans =

4470..5511
```
Извлеките последовательность для гена ND2 от последовательности нуклеотида.
```
ND2gene = mitochondria.Sequence(4470:5511);
```
Преобразуйте ген ND2 на человеческом геноме митохондрий к последовательности аминокислот с помощью Позвоночного Митохондриального генетического кода.
```
protein1 = nt2aa(ND2gene,'GeneticCode', 2);
```
Примечание
В ND2gene последовательность нуклеотида, первым кодоном является ATT, который переводится в M, в то время как последующий ATT кодоны переводятся в I. Если вы устанавливаете 'AlternativeStartCodons' к false, затем первый ATT кодон переводится в I, соответствующая аминокислота в Позвоночном Митохондриальном генетическом коде.
Используйте getgenpept функция, чтобы получить ту же последовательность аминокислот из базы данных GenPept.
```
protein2 = getgenpept('YP_003024027', 'SequenceOnly', true);
```
Используйте isequal функция, чтобы сравнить эти две последовательности аминокислот.
```
isequal (protein1, protein2)

ans =

     1
```

Пример 43. Преобразование последовательности с неоднозначными символами

Если у вас есть последовательность с неоднозначными или неизвестными символами нуклеотида, можно установить 'ACGTOnly' свойство к false иметь nt2aa функционируйте пытаются разрешить их:

nt2aa('agttgccgacgcgcncar','ACGTOnly', false)

ans =

SCRRAQ

Представлено до R2006a

Документация

nt2aa

Синтаксис

Входные параметры

Выходные аргументы

Описание

Примеры

Смотрите также

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка