Белок и анализ последовательности аминокислот
Вычислите и в интерактивном режиме исследуйте статистику последовательности аминокислот; вычислите свойства последовательности; найдите ферменты разламывания
Приложения
| Sequence Viewer | Визуализируйте и в интерактивном режиме исследуйте биологические последовательности |
Функции
aacount | Считайте аминокислоты в последовательности |
codonbias | Вычислите частоту кодона для каждой аминокислоты, закодированной для в последовательности нуклеотида |
codoncount | Считайте кодоны в последовательности нуклеотида |
nmercount | Считайте n-mers в нуклеотиде или последовательности аминокислот |
seqwordcount | Считайте количество случаев слова в последовательности |
aa2nt | Преобразуйте последовательность аминокислот в последовательность нуклеотида |
nt2aa | Преобразуйте последовательность нуклеотида в последовательность аминокислот |
aa2int | Преобразуйте последовательность аминокислот от буквы до целочисленного представления |
int2aa | Преобразуйте последовательность аминокислот от целого числа, чтобы обозначить буквами представление |
revgeneticcode | Возвратите отображение реверса (аминокислота к кодону нуклеотида) для генетического кода |
aminolookup | Найдите коды аминокислоты, целые числа, сокращения, имена и кодоны |
geneticcode | Возвратите кодон нуклеотида в отображение аминокислоты для генетического кода |
atomiccomp | Вычислите атомарный состав белка |
isoelectric | Оцените изоэлектрическую точку для последовательности аминокислот |
isotopicdist | Вычислите изотопное массовое распределение с высоким разрешением и функцию плотности |
molweight | Вычислите молекулярную массу последовательности аминокислот |
seqviewer | Визуализируйте и в интерактивном режиме исследуйте биологические последовательности |
seqdisp | Формат длинная последовательность выводится для легкого просмотра |
seqshoworfs | Отобразите открытые рамки считывания в последовательности |
proteinplot | Открытое окно Protein Plot, чтобы исследовать свойства последовательности аминокислот |
proteinpropplot | Постройте свойства последовательности аминокислот |
ramachandran | Постройте график Ramachandran для данных о Банке данных белка (PDB) |
seqconsensus | Вычислите последовательность согласия |
seqdotplot | Создайте точечную диаграмму двух последовательностей |
seqlogo | Отобразите логотип последовательности для нуклеотида или последовательностей аминокислот |
seqprofile | Вычислите профиль последовательности от набора умножают выровненные последовательности |
seqinsertgaps | Вставьте разрывы в нуклеотид или последовательность аминокислот |
cleave | Расколите последовательность аминокислот с ферментом |
cleavelookup | Найдите правило разламывания для фермента или составного объекта |
seq2regexp | Преобразуйте последовательность с неоднозначными символами к регулярному выражению |
featureparse | Проанализируйте функции от GenBank, GenPept или данных EMBL |
randseq | Сгенерируйте случайную последовательность от конечного алфавита |
seqmatch | Найдите соответствия для каждого вектора символов в библиотеке |
Темы
Исследуйте последовательность белка Используя приложение Sequence Viewer
Используйте Биологический Sequence Viewer, чтобы исследовать последовательности белка
Сравните последовательности Используя алгоритмы Sequence Alignment
Определение подобия между двумя последовательностями является общей задачей в вычислительной биологии.
Можно использовать набор методов анализа белка извлечь информацию из данных.
Утилиты последовательности и статистика
Можно управлять и анализировать последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических, и биологических характеристик данных.
