seqdotplot
Создайте точечную диаграмму двух последовательностей
Синтаксис
seqdotplot(Seq1, Seq2)
seqdotplot(Seq1,Seq2, Window, Number)
Matches = seqdotplot(...)
[Matches, Matrix] = seqdotplot(...)
Аргументы
Seq1, Seq2 | Нуклеотид или последовательности аминокислот. Введите вектор символов или строку для каждой последовательности. Не вводите вектор из целых чисел. Можно также ввести структуру с полем Sequence. |
Window | Введите целое число для размера окна. |
Number | Введите целое число для количества символов в окне то соответствие. |
Описание
seqdotplot( строит фигуру, которая визуализирует соответствие между двумя последовательностями.Seq1, Seq2)
seqdotplot( последовательность графиков соответствует, когда существует, по крайней мереSeq1,Seq2, Window, Number), NumberWindow
При графическом выводе последовательностей нуклеотида начните с Window из 11 и Number из 7.
Matches = seqdotplot(...)
[ возвращает точечную диаграмму как разреженную матрицу.Matches, Matrix] = seqdotplot(...)
Примеры
Этот пример показывает общие черты между прионным белком (PrP) последовательности нуклеотида двух жвачных животных, муфлона и золотым такином.
moufflon = getgenbank('AB060288','Sequence',true);
takin = getgenbank('AB060290','Sequence',true);
seqdotplot(moufflon,takin,11,7)
Примечание
Для правильной интерпретации точечной диаграммы разрешение дисплея вашего монитора должно смочь содержать длины последовательности. Если разрешение не соответствует, seqdotplot изменяет размер изображения и возвращает предупреждение.
Matches = seqdotplot(moufflon,takin,11,7)
Matches =
5552
[Matches, Matrix] = seqdotplot(moufflon,takin,11,7)