seqqcplot

Создайте графики контроля качества для качественных данных и последовательности

свернуть все на странице

Синтаксис

seqqcplot(dataSource)
seqqcplot(dataSource,type)
seqqcplot(dataSource,type,encoding)
seqqcplot(___,Name,Value)
H = seqqcplot(___)

Описание

пример

seqqcplot(dataSource) генерирует фигуру с графиками контроля качества (QC) последовательности и качественных данных из dataSource. Фигура содержит следующие типы графиков Qc.

  • Диаграмма для среднего качества выигрывает в каждом положении последовательности

  • Столбиковая диаграмма для последовательности основывает состав в каждом положении последовательности

  • Гистограмма среднего качества последовательности выигрывает распределение

  • Гистограмма распространения контента GC

  • Гистограмма распределения длины последовательности

На рисунке можно кликнуть по определенному графику открыть его в отдельном окне.

пример

seqqcplot(dataSource,type) генерирует график Qc, заданный type.

пример

seqqcplot(dataSource,type,encoding) также задает формат кодировки основного качества во входном файле.

пример

seqqcplot(___,Name,Value) использование любой из входных параметров в предыдущих синтаксисах и дополнительных опциях задано одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

пример

H = seqqcplot(___) возвращается фигура обрабатывают H из выходной фигуры.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Постройте графики контроля качества для статистики последовательности и качественных данных из файла FASTQ.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq');

Figure SRR005164_1_50.fastq contains 5 axes objects and another object of type annotationpane. Axes object 1 with title Quality Boxplot contains 1658 objects of type rectangle, line. Axes object 2 with title Base Composition contains 5 objects of type bar. These objects represent A, C, G, T, Other. Axes object 3 with title Quality Distribution contains an object of type bar. Axes object 4 with title GC Distribution contains an object of type bar. Axes object 5 with title Length Distribution contains an object of type bar.

Постройте только диаграмму счета среднего качества к каждому положению последовательности.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','QualityBoxplot');

Figure contains an axes object. The axes object with title Quality Boxplot contains 1658 objects of type rectangle, line.

Отобразите качественные данные на графике последовательностей с минимальным средним качеством 25.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','MeanQuality',25);

Figure SRR005164_1_50.fastq contains 5 axes objects and another object of type annotationpane. Axes object 1 with title Quality Boxplot contains 1657 objects of type rectangle, line. Axes object 2 with title Base Composition contains 5 objects of type bar. These objects represent A, C, G, T, Other. Axes object 3 with title Quality Distribution contains an object of type bar. Axes object 4 with title GC Distribution contains an object of type bar. Axes object 5 with title Length Distribution contains an object of type bar.

Отобразите данные на графике последовательностей, имеющих минимальное среднее качество 25 и минимальную длину последовательности 100.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','MeanQuality',25,'MinLength',100);

Figure SRR005164_1_50.fastq contains 5 axes objects and another object of type annotationpane. Axes object 1 with title Quality Boxplot contains 1660 objects of type rectangle, line. Axes object 2 with title Base Composition contains 5 objects of type bar. These objects represent A, C, G, T, Other. Axes object 3 with title Quality Distribution contains an object of type bar. Axes object 4 with title GC Distribution contains an object of type bar. Axes object 5 with title Length Distribution contains an object of type bar.

Произведите графики Qc для качественных данных, соответствующих подпоследовательностям от основного положения 10 - 100.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','BasePositions',[10 100]);

Figure SRR005164_1_50.fastq contains 5 axes objects and another object of type annotationpane. Axes object 1 with title Quality Boxplot contains 543 objects of type rectangle, line. Axes object 2 with title Base Composition contains 5 objects of type bar. These objects represent A, C, G, T, Other. Axes object 3 with title Quality Distribution contains an object of type bar. Axes object 4 with title GC Distribution contains an object of type bar. Axes object 5 with title Length Distribution contains an object of type bar.

Входные параметры

свернуть все

Последовательность и информация о качестве в виде BioMap объект, BioRead объект, вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, представляющий имена FASTQ, СЭМА или файлов BAM.

seqqcplot использует качественные данные о чтении, вместо качества выравнивания, если вы задаете SAM или файлы BAM, BioRead или BioMap объект.

Пример: 'SRR005164_1_50.fastq'

Имя Qc строит, чтобы сгенерировать в виде одного из следующего:

Имя графика QcОписание
'QualityBoxplot'Диаграмма для среднего качества выигрывает в каждом положении последовательности.
'CompositionLine'Линейный график для последовательности основывает состав в каждом положении последовательности.
'CompositionBar'Столбиковая диаграмма для последовательности основывает состав в каждом положении последовательности.
'QualityDistribution'Гистограмма среднего качества последовательности выигрывает распределение.
'GCDistribution'Гистограмма распространения контента GC.
'LengthDistribution'Гистограмма распределения длины последовательности.
'Summary'Итоговая фигура, содержащая все доступные графики Qc, кроме 'CompositionLine' график. Рисунок также показывает значения пар "имя-значение", которые использовались, чтобы сгенерировать графики. Если пары "имя-значение" не были заданы, это показывает соответствующие значения по умолчанию вместо этого.

По умолчанию все доступные графики Qc построены как подграфики на рисунке. Чтобы открыть определенный подграфик в отдельном окне рисунка, кликните по подграфику.

Пример: 'QualityBoxplot'

Формат кодировки основного качества в виде одного из следующего:

  • 'Sanger'

  • 'Solexa'

  • 'Illumina13'

  • 'Illumina15'

  • 'Illumina18'

  • 'Illumina19'

Пример: 'Sanger'

Аргументы name-value

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'MeanQuality',5

Минимальный порог в среднем основывает качество через каждую последовательность в виде числового скаляра. Функция считает только последовательности со счетом среднего качества равными или больше, чем порог. Пороговое значение интерпретировано согласно заданному формату кодировки. Значением по умолчанию является -Inf, то есть, любая последовательность рассматривается.

Пример: 'MeanQuality',5

Минимальный порог на длине последовательности в виде неотрицательного числового скаляра. Функция считает только последовательности с длиной равными или больше, чем порог.

Пример: 'MinLength',100

Основная область значений положения для подпоследовательностей в виде двухэлементного вектора. Функция рассматривает только подпоследовательности в указанном диапазоне положения. Значением по умолчанию является [1 Inf], то есть, целая длина каждой последовательности рассматривается.

Пример: 'BasePositions',[5 50]

Выходные аргументы

свернуть все

Обработайте к выходной фигуре, возвращенной как указатель фигуры.

Смотрите также

| | |

Введенный в R2017a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте