showmask

Покажите наложение маски в заданном пороге включения

Описание

пример

showmask(b,mask) отображает маску, mask, как наложение на блокированном изображении, отображенном в bigimageshow объект, b. Наложение показывает блоки что blockedImage apply возразите функциональным процессам с заданной маской. mask 2D блокированный объект изображения тот же размер как отображенное изображение. Если mask имеет несколько уровней разрешения, bigimageshow использует самый прекрасный уровень.

  • bigimageshow блоки отображений маски, которые превышают минимальный процент ненулевых пикселей (по умолчанию, 50%) с зеленым оттенком. Эти блоки рассматриваются необходимыми областями и были бы выбраны для обработки apply объектная функция blockedImage объект.

  • bigimageshow блоки отображений маски ниже минимального процента ненулевых пикселей с красным оттенком. Эти блоки рассматриваются фоном и не были бы обработаны apply объектная функция.

showmask(b,mask,level) накладывает маску на bigimageshow объект, b, на заданном уровне разрешения блокированных данных изображения.

showmask(___,Name,Value) изменяет внешний вид блоков маски при помощи аргументов пары "имя-значение".

Примеры

свернуть все

Создайте блокированное изображение из демонстрационного изображения tumor_091R.tif. Это демонстрационное изображение является учебным изображением лимфатического узла, содержащего ткань опухоли от набора данных CAMELYON16. Изображение было изменено, чтобы иметь три крупных уровня разрешения и было настроено, чтобы осуществить сопоставимое соотношение сторон и указать функции на каждом уровне.

bim = blockedImage('tumor_091R.tif');

Отобразите целое блокированное изображение на самом прекрасном уровне разрешения, включая сетку контуров блока.

bshow = bigimageshow(bim,'ResolutionLevel','fine', ...
    'GridVisible','on','GridLevel',1);

Создайте маску самого грубого уровня разрешения.

Сначала создайте изображение одно разрешения самого грубого уровня разрешения. По умолчанию, gather функция получает данные из самого грубого уровня разрешения.

imcoarse = gather(bim);

Преобразуйте крупное изображение в шкалу полутонов.

graycoarse = rgb2gray(imcoarse);

Binarize полутоновое изображение. В двоичном изображении предмет интереса является черным, и фон является белым.

bwcoarse = imbinarize(graycoarse);

Возьмите дополнение двоичного изображения. Получившаяся маска следует соглашению, в котором предмет интереса является белым, и фон является черным.

mask = imcomplement(bwcoarse);

Создайте блокированное изображение, содержащее маску.

Используйте ту же пространственную ссылку в качестве исходного блокированного изображения. Определите самый грубый уровень разрешения и получите пространственную информацию о ссылке блокированного изображения в первых двух размерностях на том уровне.

coarsestLevel = bim.NumLevels;
originalWorldStartCoarsest = bim.WorldStart(coarsestLevel,1:2);
originalWorldEndCoarsest = bim.WorldEnd(coarsestLevel,1:2);

Создайте блокированное изображение для маски.

bmask = blockedImage(mask,'WorldStart',originalWorldStartCoarsest, ...
   'WorldEnd',originalWorldEndCoarsest);

Отобразите рисунок маски.

figure
bigimageshow(bmask)

Наложите маску на отображении исходного блокированного изображения с помощью showmask функция. Чтобы подсветить все блоки, которые содержат по крайней мере один ненулевой пиксель маски, задайте порог включения 0.

showmask(bshow,bmask,'InclusionThreshold',0)

Входные параметры

свернуть все

bigimageshow объект, отображающий блокированные данные изображения в виде a bigimageshow объект. CData свойство bigimageshow объект задает блокированные данные изображения, которые отображаются.

Маска в виде одно разрешения blockedImage объект с ClassUnderlying значение свойства logical. Пространственные степени маски должны совпасть с блокированными данными изображения на уровне отображаемого разрешения.

Уровень разрешения, на котором можно отобразить bocked данные изображения в виде положительного целого числа.

Аргументы name-value

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: showmask(b,mask,'InclusionThreshold',0.4)

Прозрачность маски в виде скалярного значения в области значений [0, 1]. Значение 1 означает, что маска абсолютно непрозрачна и значение 0 означает, что маска абсолютно прозрачна.

Размер блока используется с apply функция в виде вектора 1 на 2 положительных целых чисел формы [numrows numcols]. Значение по умолчанию равно BlockSize свойство blockedimageобъект в b.

Порог включения в виде номера в области значений [0, 1]. Порог включения указывает на минимальную часть ненулевых пикселей в блоке маски, требуемом рассматривать блок маски как необходимую область.

  • Когда порогом включения является 0, showmask функционируйте отображает блок маски, когда по крайней мере один пиксель в блоке маски является ненулевым.

  • Когда порогом включения является 1, showmask функционируйте отображает блок маски только, когда все пиксели в блоке маски являются ненулевыми.

Советы

  • Когда вы вызываете showmask впервые, bigimageshow вычисляет отношение ненулевых, чтобы обнулить пиксели маски для каждого блока на самом прекрасном уровне отображенного blockedImage. Это вычисление занимает время, чтобы завершиться, таким образом, может быть некоторая задержка, отображающая маску. Когда вы выполняете последующие вызовы к showmask, функциональные повторные использования вычисленные значения включения и обновления отображенная маска более быстро.

Введенный в R2019b