Документация

Загрузите gprotein.sbproj проект, который включает переменную m1, SimBiology^® объект модели.

sbioloadproject gprotein

Установите решатель симуляции на ode15s и набор время остановки 500 путем редактирования SolverType и StopTime свойства configset object сопоставленный с m1 модель.

csObj = getconfigset(m1);
csObj.SolverType = 'ode15s';
csObj.StopTime   = 500;

Задайте, чтобы регистрировать результаты симуляции всех разновидностей.

csObj.RuntimeOptions.StatesToLog = 'all';

Предположим сумма разновидностей L лиганда 0 в начале симуляции, но она увеличивается до конкретной суммы во время = 100. Использование sbioselect выбрать разновидности под названием L и набор его начальная сумма к 0. Использование addevent настраивать желаемое событие.

speciesObj = sbioselect(m1,'Type','species','Name','L');
speciesObj.InitialAmount = 0;
evt = addevent(m1,'time >= 100','L = 6.022E17');

Симулируйте модель.

[t,x,names] = sbiosimulate(m1);

Симулируйте результаты симуляции. Заметьте, что разновидности L составляют увеличения, когда событие инициировано во времени симуляции 100. Изменения в других разновидностях не обнаруживаются в графике из-за широкого спектра в суммах разновидностей.

plot(t,x);
legend(names)
xlabel('Time');
ylabel('Amount');

Чтобы видеть изменения других разновидностей, отобразите на графике без разновидностей L (5-е разновидности) данные.

figure
plot(t,x(:,[1:4 6:8]));
legend(names{[1:4 6:8]});
xlabel('Time');
ylabel('Amount');

Альтернатива хранению данных моделирования в отдельных выходных параметрах, таких как tX, и names как выше, можно сохранить их всех на сингле SimData object. Можно затем использовать selectbyname извлекать массивы, содержащие данные моделирования вашего интереса.

simdata     = sbiosimulate(m1);
sbioplot(simdata);

Расширьте Run 1, чтобы видеть имена разновидностей и параметра, которые построены.

simdata_noL = selectbyname(simdata, {'Ga','G','Gd','GaFrac','RL','R'});
sbioplot(simdata_noL);