Импортирование данных — поддерживаемые файлы и типы данных

Поддерживаемые файлы и типы данных

Можно импортировать табличные данные к приложению SimBiology Model Analyzer или к MATLAB® Рабочая область. Поддерживаемыми типами файлов является Excel® файлы (.xls, .xlsx), текстовые файлы (.csv, .txt), и SAS® Файлы XPORT (.xpt). Можно также указать, что данные находятся в NONMEM® отформатированный файл. Процесс импорта интерпретирует столбцы согласно определениям NONMEM. Для получения дополнительной информации смотрите Поддержку Импорта NONMEM Отформатированные Файлы.

Примечание

Если ваш набор данных содержит информацию о дозах, которая является данными о вливании, набор данных должен содержать уровень и не длительность вливания.

Модульное преобразование

Независимо от того, ли включена модульная функциональность преобразования или прочь, дозирование в файле данных должно быть описано в суммах (или как amount/time для скорости введения). Unit Conversion по умолчанию выключено, таким образом, необходимо гарантировать, что модули для данных сопоставимы друг с другом. Если вы хотите включить модульное преобразование, смотрите Модульное Преобразование для Импортированных Данных.

Создайте файл данных с определениями SimBiology

Если вы создаете файл, содержащий данные о курсе времени, которые вы хотите импортировать в SimBiology для подбора кривой, создать файл данных со следующими столбцами:

  • Столбец группы — Задает текст, числовые, или категориальные значения. Например, можно использовать этот столбец, чтобы сгруппировать несколько индивидуумов в отдельные группы. Можно затем использовать эту группировку или категориальную информацию для иерархических подгонок. Этот столбец является дополнительным.

  • Столбец ID — Задает текст, числовые, или категориальные значения. Строки в файле, которые имеют то же значение столбца ID, для того же индивидуума. Этот столбец является дополнительным, если данные об измерении прибывают всего от одного индивидуума.

  • Столбец времени — Задает монотонно увеличивающие положительные значения в каждом ID, которые задают время дозы, измерений наблюдения и ковариационных измерений.

  • Нуль или больше столбцов дозирования — Создают один столбец дозирования для каждого дозируемого отсека. В каждом столбце задайте положительные значения, представляющие суммарные дозы, которые добавляются к разновидности. Использование NaN (не номер), чтобы указать, что никакая доза не была применена в требуемое время. Другими словами, задайте суммарную дозу как NaN когда наблюдение было зарегистрировано, но никакая доза не была применена.

  • Нуль или больше столбцов уровня — Задают положительные значения, нуль или NaN. Нуль задает бесконечный уровень и NaN указывает, что никакой уровень не применяется. Столбец уровня сопоставлен со столбцом дозирования и задает уровень, на котором введена доза. Например, если можно задать капельное внутривенное введение в Dose1 столбец, задайте его уровень в Rate1 столбец.

  • Нуль или больше столбцов наблюдения — Задают числовые значения или NaNNaN значения не задают то наблюдение, был зарегистрирован в требуемое время. Используйте NaN в течение многих времен, когда доза была применена, но никакое наблюдение не было зарегистрировано. Можно задать одно значение наблюдения в определенное время для каждого ID. То, когда вы имеете, реплицирует, задайте несколько значений наблюдения для того же момента времени путем добавления большего количества строк с той же временной стоимостью. Для примера смотрите строки 2 и 3 в снимке экрана ниже, где CentralConc имеет два измерения во время = 0.

  • Нуль или больше ковариационных столбцов — Задают текст, числовые, или категориальные значения или NaN. Каждое значение задает ковариационное значение в требуемое время. NaN значения указывают, что никакое ковариационное наблюдение не было зарегистрировано в требуемое время. SimBiology поддерживает только коварианты, которые не время, варьируясь. Например, смотрите Sex и столбцы Age в примере ниже. Для примера, который показывает, как использовать категории для подбора кривой, смотрите Оценку Специфичные для категории Параметры PK для Нескольких Индивидуумов.

Снимок экрана файла выборочных данных следует.

Image showing an excel sheet with columns that correspond to group, ID, time, measured data, covariate data, dose, and dose rate.

Можно загрузить демонстрационный файл Excel со следующего местоположения: matlabroot/examples/simbio/data/sample_data_simbiology.xlsx. matlabroot является корневым каталогом, где вы установили MATLAB. Можно также войти matlabroot в командной строке, чтобы видеть путь к файлу корневого каталога.

Поддержка импорта NONMEM отформатированные файлы

Можно указать, что данные находятся в отформатированном файле NONMEM. Следующая таблица подсвечивает интерпретацию этих данных в SimBiology® программное обеспечение.

Заголовок столбцаИнтерпретация
ID

Текст (вектор символов), числовые, или категориальные значения, которые идентифицируют запись или группу. Процесс импорта принимает, что непрерывные данные с тем же значением содержат данные от одного индивидуума. Если данные содержат ссылки, состоящие из нескольких несмежных участков, на то же значение, присвоения процесса импорта, второй ID столкнулся с индексируемым, оцененным выведенный из группы, с которой сначала сталкиваются. Например, если столбцы ID содержат [1 1 1 2 2 2 1 1 1], присвоенными идентификаторами является 1, 2, 1_1.

TIME

Монотонно увеличивающие положительные значения в каждой группе, указывая время наблюдения или дозы или текста (вектор символов). Файл данных может задать часы (2:30 как вектор символов) или десятичные значения (6.25). Процесс импорта присваивает значение 0 к первому TIME значение в файле данных. Процесс импорта присваивает последующие значения относительно первого значения.

Следующая таблица является примером того, как процесс импорта интерпретирует значения часов как десятичные значения.

Исходные значения часовИмпортированные значения
10:000
10:300.5
111
12:302.5

Если файл данных также содержит DATE столбец, процесс импорта использует его с TIME столбец в вычислении относительного TIME значения. Столбец не может содержать Inf.

DATE, DAT1, DAT2, or DAT3

Задает день наблюдения или дозы. Столбец может содержать месяц как номер (9) или вектор символов (Sep). Задайте дату в следующих форматах:

  • DATE — Столбец может задать month/day/year или month-day-year. Если вы задаете два числа, процесс импорта принимает, что они - месяц и день. Можно использовать любой / или - как диафрагма.

  • DAT1 — Столбец может задать day/month/year или day-month-year. Если вы задаете два числа, процесс импорта принимает, что они - день и месяц.

  • DAT2 — Столбец может задать year/month/day или year-month-day. Если вы задаете два числа, процесс импорта принимает, что они - месяц и день.

  • DAT3 — Столбец может задать year/day/month или year-day-month. Если вы задаете два числа, процесс импорта принимает, что они - день и месяц.

Примечание

  • Если вы задаете только один номер, процесс импорта принимает, что это - день.

  • Можно не использовать год или задать 1, 2, 3, или 4 цифры. Если вы задаете годы 2D цифры, это принято, чтобы быть в 1900-х.

  • Если данные имеют DAT1, DAT2, или DAT3 столбец, набор DateLabel свойство NMFileDef возразите соответственно использованию sbionmfiledef. Затем задайте объект как второй входной параметр, когда вы запуститесь sbionmimport.

DVЧисловое значение наблюдения. Столбец не может содержать Inf или –Inf.
MDV Задает, описывает ли строка наблюдение:
  • Строка содержит 0 — событие Observation

  • Строка содержит 1 — Не событие наблюдения

EVIDЗадает тип события, описанного для строки в записи:
  • 0 — Событие Observation; строка содержит наблюдаемую величину.

  • 1 — событие Dose; строка описывает дозу.

  • 2 — Другое событие; строка описывает некоторое другое событие, такое как измерение коварианта.

Если столбец содержит значения для дозы, но EVID не 1, процесс импорта игнорирует значение. Вы видите предупреждение, и значение проигнорировано.

Если EVID установлен в 2, затем только те заданные данные о строке импортированы как ковариационные данные. Однако, если у вас есть EVID столбец, а также один или несколько ковариационных столбцов, но не задают значение 2 где угодно в EVID столбец, затем SimBiology импортирует все данные о строке как ковариационные значения.

Процесс импорта не поддерживает значения 3 и 4. Вы видите предупреждение, и значение проигнорировано.

CMT Указывает, какой отсек используется для значения наблюдения или для полученной дозы. Интерпретация также зависит от EVID:
  • Событие Observation (EVID = 0 ) — CMT столбец указывает, какой отсек использовался для значения наблюдения.

  • Событие дозы (EVID = 1) — CMT столбец указывает, какой отсек получил дозу.

Примечание

Отсеки чисел SimBiology начиная с 1, в то время как числа NONMEM их начиная с 0. Например, если файл данных NONMEM содержит дозы и измерения для CMT = 0, SimBiology генерирует столбцы данных под названием Dose1 и Response1 соответственно.

AMT Доза указания положительного числа. 0 или NaN не задает введенной дозы. Столбец не может содержать Inf.
RATEУровень указания положительного числа вливания. 0 задает бесконечный уровень (эквивалентный дозе шарика), и NaN не задает уровня. Столбец не может содержать Inf.
IIПоложительное число, задающее время между дозами.
ADDLКогда данные задают много идентичных последовательных доз в определенных интервалах (заданный II), ADDL задает количество доз в ряду, исключая начальную дозу. Если данные задают II но не ADDL, затем SimBiology принимает, что дозирование происходит на время той записи данных.

Неподдерживаемые определения NONMEM

Процесс импорта не поддерживает (и поэтому игнорирует), строки, содержащие следующие значения или определения:

  • EVID значения 3 и 4

  • SS столбец для определения доз устойчивого состояния

  • PCMT столбец, чтобы задать, вычислить ли предсказание для строки

  • CALL столбец для вызова ОШИБКИ или стандартной подпрограммы PK

  • Если уровень задан как бывший меньше нуля, он принят, чтобы быть нулем

Поддерживаемые типы столбца таблицы в SimBiology Model Analyzer

Когда вы импортируете данные из таблицы с помощью SimBiology Model Analyzer, поддержек приложений следующие типы данных столбца: double'char'Строка, массив ячеек из символьных векторов, categoricalдлительностьлогический, и datetime.

Поддержка импорта многомерного SimData к SimBiology Model Analyzer

Когда вы импортируете многомерный SimData массив к приложению, приложение сглаживает SimData массив и использование один индекс (линейная индексация) в соответствующей таблице данных. Например, если вы импортируете 2x2x2 Массив SimData A, приложение создает таблицу данных с 8 группами (один для каждого SimData объект), индексируя от 1 до 8. Приложение все еще отображает первоначальный размер SimData массив в Browser.

Смотрите также

| |

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте