A species object представляет разновидность, которая является количеством химиката или сущности, которая участвует в реакциях. Разновидность всегда ограничена по объему в отсек.
При добавлении разновидностей в модель с несколькими отсеками необходимо задать полностью определенные имена, с помощью compartmentName.speciesName. Например, nucleus.DNA обозначает разновидности DNA в отсеке nucleus.
| Для получения информации о... | Смотрите... |
|---|---|
| Создание и добавление разновидности к модели | addspecies |
| Методы и свойства разновидности | species
object |
Сумма разновидности может остаться постоянной или варьироваться во время симуляции модели. Используйте следующие свойства species object чтобы задать, как сумма разновидности изменяется во время симуляции:
ConstantAmount свойство — Когда установлено в true, сумма разновидностей не изменяется во время симуляции. Разновидности могут быть частью реакции или правила, но реакция или правило не могут изменить свою сумму. Когда установлено в false, сумма разновидностей определяется реакцией или правилом, но не обоими.
BoundaryCondition свойство — Когда установлено в true, сумма разновидностей является или постоянной или решительной по правилу, но не определенная химической реакцией. Другими словами, симуляция не создает дифференциальный термин уровня из реакций для этой разновидности, даже если это находится в реакции, но это может иметь дифференциальный термин уровня, созданный из правила.
Установите ConstantAmount к true и BoundaryCondition к false для постоянной разновидности, сумма которой не изменяется реакцией или правилом. В этом случае разновидность действует как параметр. Это не может быть в реакции, и это не может варьироваться правилом.
| ConstantAmount | BoundaryCondition | Реакция | Правило | Измененный |
|---|---|---|---|---|
| TRUE | Ложь | Нет | Нет | Никогда |
Пример — Разновидность E не является частью реакции, но это - часть уравнения скорости реакции. E является постоянным и мог быть заменен постоянным Vm = k2*E.
reaction: S -> P reaction rate: kcat*E*S/(Km + S)
Установите ConstantAmount к false и BoundaryCondition к false для разновидности, сумма которой изменяется реакцией или правилом, но не обоими.
| ConstantAmount | BoundaryCondition | Реакция | Правило | Измененный |
|---|---|---|---|---|
| Ложь | Ложь | Да | Нет | Реакция |
| Ложь | Ложь | Нет | Да | Правило |
Пример 1 — Разновидность A является частью реакции, и это находится в уравнении скорости реакции. Сумма разновидностей или концентрация определяются реакцией. Это - наиболее распространенная категория разновидности. Дифференциальное уравнение скорости для разновидностей создается из реакций.
reaction: A -> B reaction rate: k*A
Пример 2 — Разновидность E не является частью реакции, но это находится в уравнении скорости реакции. E меняется в зависимости от другой реакции или правила.
reaction: S -> P reaction rate: kcat*E*S/(Km + S)
Пример 3 — Разновидность G не является частью реакции, и это не находится в уравнении скорости. G меняется в зависимости от алгебраического правила или правила скорости.
rate rule: dG/dt = k
Установите ConstantAmount к false и BoundaryCondition к true для разновидности, сумма которой изменяется правилом, но разновидность является также частью реакции, и не создается дифференциальный термин уровня от реакции. Количество изменений разновидностей с правилом и дифференциальный термин уровня создаются из правила.
| ConstantAmount | BoundaryCondition | Реакция | Правило | Измененный |
|---|---|---|---|---|
| Ложь | TRUE | Да | Да | Правило |
Пример 1 — Разновидность A не изменяется уравнением скорости, но изменяется согласно правилу скорости. Однако A мог быть в уравнении скорости, которое изменяет другие разновидности в реакции.
reaction: A -> B
reaction rate: k1 or k1*A
rate rule: dA/dt = k2*A (solution is A = k2*t)
(enter in SimBiology as A = k2*A)Пример 2 — Разновидность A не находится в уравнении скорости, но изменяется согласно алгебраическому правилу.
reaction: A -> B + C
reaction rate: k or k*A
algebraic rule: A = 2*C
(enter in SimBiology as 2*C - A)Установите ConstantAmount к false и BoundaryCondition к true для постоянной разновидности, которая является частью реакции, но дифференциальный термин уровня не создается из реакции. Дифференциальный термин уровня создается из правила.
| ConstantAmount | BoundaryCondition | Реакция | Правило | Измененный |
|---|---|---|---|---|
| TRUE | TRUE | Да | Нет | Никогда |
В процессе моделирования дифференциальное уравнение скорости не создается для разновидностей. dSpecies/dt не существует.
Примером 1 — A является infinite source и его сумма не изменяется. B увеличивается с нулевым уровнем порядка (k и k*A оба константы). Источник относится к разновидности, где масса добавляется к системе.
reaction: A -> B reaction rate: k or k*A
Примером 2 — B уменьшения с уровнем первого порядка, но A является an infinite sink и его сумма не изменяется. sink относится к разновидности, где масса вычтена из системы.
reaction: B -> A reaction rate: k*B
Пример 3 — пустая разновидность является зарезервированным именем разновидностей, которое может действовать как источник или приемник.
reaction: null -> B
reaction rate: k
reaction: B -> null
reaction rate: k*BПример 4 — ATP и ADP находятся в реакции и имеют постоянные значения, но они не находятся в уравнении скорости реакции.
reaction: S + ATP -> P + ADP reaction rate: Vm*S/(Km + S)