Exponenta Banner

bamindexread

Считайте Индекс BAM, BAI, файл

свернуть все на странице

Синтаксис

Index = bamindexread(File)

Описание

Index = bamindexread(File) File чтений, файл BAI, и возвращают Index, структура MATLAB®, которая задает смещения в сжатое Выравнивание/Карту Двоичной последовательности (BAM) файл и распакованный блок данных для каждой ссылочной последовательности и области значений положений (интервалы) на каждой ссылочной последовательности.

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая имя файла, или путь и имя файла, файла BAM или файла BAI. Если File является файлом BAM, bamindexread читает соответствующий файл BAI, то есть, файл BAI с тем же корневым именем и сохраненный в той же папке как файл BAM. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке.

Выходные аргументы

Index

Массив MATLAB структур, который задает смещения в сжатое Выравнивание/Карту Двоичной последовательности (BAM) файл и распакованный блок данных для каждой ссылочной последовательности и области значений положений (интервалы) на ссылочной последовательности. Index содержит следующие поля.

Поле Описание
Filename

Имя файла BAM или файла BAI раньше создавало массив Index структур.

Index

1 N массивом структур, где N является количеством ссылочных последовательностей в соответствующем файле BAM. Каждая структура содержит следующие поля:

  • BinID — Массив идентификаторов интервала для одной ссылочной последовательности.

  • BGZFOffsetStart — Сместите в файле BAM к запуску первого блока BGZF, где записи выравнивания, сопоставленные с соответствующим BinID, хранятся.

  • BGZFOffsetEnd — Сместите в файле BAM к запуску последнего блока BGZF, где записи выравнивания, сопоставленные с соответствующим BinID, хранятся.

  • DataOffsetStart — Сместите в распакованном блоке данных к запуску того, где записи выравнивания, сопоставленные с соответствующим BinID, хранятся.

  • DataOffsetEnd — Сместите в распакованном блоке данных в конец того, где записи выравнивания, сопоставленные с соответствующим BinID, хранятся.

  • LinearBGZFOffset — Сместите в файле BAM к первому выравниванию в соответствующих 16 384 интервалах BP.

  • LinearDataOffset — Сместите в распакованном файле данных к первому выравниванию в соответствующих 16 384 интервалах BP.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Этот пример показывает, как сгенерировать индексную структуру от индексного файла BAM.

ind = bamindexread('ex1.bam')
ind = struct with fields:
    Filename: 'ex1.bam.bai'
       Index: [1x2 struct]

Смотрите также

|

Темы

Внешние веб-сайты

Представленный в R2010b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка