bioma.data. Класс MIAME

Пакет: bioma.data
Суперклассы:

Содержите информацию об эксперименте из эксперимента экспрессии гена микромассивов

Описание

Класс MIAME разработан, чтобы содержать информацию об экспериментальных методах и условиях из эксперимента экспрессии гена микромассивов. Это свободно следует за Минимальной информацией Об Эксперименте Микромассивов (MIAME) спецификация. Это может включать информацию о:

Проект эксперимента
Микромассивы используются в эксперименте
Выборки используются
Демонстрационная подготовка и маркировка
Процедуры гибридизации и параметры
Средства управления нормализацией
Предварительная обработка информации
Спецификации обработки данных

Это обеспечивает удобный способ хранить сопутствующую информацию об эксперименте микромассивов в одной структуре данных (объект).

Класс MIAME включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают, и информация об эксперименте изменения, связанная с экспериментом микромассивов. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать информацию.

Конструкция

MIAMEobj = bioma.data.MIAME() создает пустой объект MIAME для того, чтобы хранить информацию эксперимента из эксперимента экспрессии гена микромассивов.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(GeoSeriesStruct) создает объект MIAME из структуры, содержащей Серийные данные об Автобусе экспрессии гена (GEO).

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(..., 'PropertyName', PropertyValue) создает объект с помощью опций, заданных как имя свойства / пары значения свойства.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(...,'Investigator', InvestigatorValue) задает имя следователя эксперимента.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(...,'Lab', LabValue) задает лабораторию, которая провела эксперимент.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(...,'Contact', ContactValue) задает контактную информацию для следователя эксперимента или лаборатории.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(...,'URL', URLValue) задает эксперимент URL.

Входные параметры

`GeoSeriesStruct`	Серийные данные об Автобусе экспрессии гена (GEO), заданные также: Структура MATLAB^® возвращена функцией `getgeodata` Подструктура `Structure.Header.Series` возвращена функцией `getgeodata`
`InvestigatorValue`	Вектор символов, задающий имя следователя эксперимента.
`LabValue`	Вектор символов, задающий лабораторию, которая провела эксперимент.
`ContactValue`	Вектор символов, задающий контактную информацию для следователя эксперимента или лаборатории
`URLValue`	Вектор символов, задающий эксперимент URL.

Свойства

`Abstract`	Краткий обзор, описывающий эксперимент Вектор символов, содержащий краткий обзор, описывающий эксперимент.
`Arrays`	Информация о микроматричных микросхемах используется в эксперименте Массив ячеек, содержащий информацию о микроматричных микросхемах, используется в эксперименте. Информация может включать имя массивов, платформу массивов, количество функций на массиве, и так далее.
`Contact`	Контактная информация для следователя эксперимента или лаборатории Символьный массив, содержащий контактную информацию для следователя эксперимента или лаборатории.
`ExptDesign`	Краткое описание проекта эксперимента Символьный массив, содержащий описание проекта эксперимента.
`Hybridization`	Информация о гибридизации эксперимента Массив ячеек, содержащий информацию о протоколе гибридизации, используется в эксперименте. Информация может включать время гибридизации, концентрацию, объем, температуру, и так далее.
`Investigator`	Имя следователя эксперимента Символьный массив, содержащий имя следователя эксперимента.
`Laboratory`	Имя лаборатории, где эксперимент проводился Символьный массив, содержащий имя лаборатории.
`Other`	Другая информация об эксперименте Массив ячеек, содержащий другую информацию об эксперименте, не покрытом другими свойствами.
`Preprocessing`	Информация о шагах предварительной обработки эксперимента Массив ячеек, содержащий информацию о шагах предварительной обработки, используется на данных из эксперимента.
`PubMedID`	Идентификаторы PubMed для соответствующих публикаций. Символьный массив, содержащий идентификаторы PubMed для бумаг, относящихся к набору данных, используется в эксперименте.
`QualityControl`	Информация о контроле качества эксперимента Массив ячеек, содержащий информацию о шагах контроля качества эксперимента. Информация может включать, реплицирует, подкачка краски, и так далее.
`Samples`	Информация о выборках используется в эксперименте Массив ячеек, содержащий информацию о выборках, используется в эксперименте. Информация может включать демонстрационный источник, демонстрационный организм, тип обработки, составной объект, маркируя протокол, внешнее управление, и так далее.
`Title`	Заголовок эксперимента Символьный массив, содержащий один заголовок эксперимента предложения.
`URL`	URL для эксперимента Символьный массив, содержащий URL для эксперимента.

Методы

объединение	Объедините два объекта MIAME
isempty	Определите, пуст ли объект MIAME

Иерархия экземпляра

Объект ExpressionSet содержит объект MIAME.

Атрибуты

Чтобы узнать об атрибутах классов, см. Атрибуты класса (MATLAB).

Копировать семантику

Значение. Чтобы изучить, как это влияет на ваше использование класса, смотрите Копирование Объектов (MATLAB).

Примеры

свернуть все

Создайте объект MIAME

Создайте структуру MATLAB, содержащую данные о серии Gene Expression Omnibus (GEO).

geoStruct = getgeodata('GSE4616');

Импортируйте bioma.data пакет, чтобы сделать функцию конструктора доступной.

import bioma.data.*

Создайте объект MIAME из структуры.

MIAMEObj1 = MIAME(geoStruct)

MIAMEObj1 = 

Experiment Description:
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,KivelÃ¤
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: LIKES - Research Center
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: 
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x84 char]

Предоставьте URL для объекта MIAME.

MIAMEObj1.URL = 'www.nonexistinglab.com'

MIAMEObj1 = 

Experiment Description:
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,KivelÃ¤
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: LIKES - Research Center
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: www.nonexistinglab.com
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x84 char]

Кроме того, можно создать объект MIAME с помощью настроенных свойств.

MIAMEObj2 = MIAME('investigator', 'Jane Researcher',...
                  'lab', 'One Bioinformatics Laboratory',...
                  'contact', 'jresearcher@lab.not.exist',...
                  'url', 'www.lab.not.exist',...
                  'title', 'Normal vs. Diseased Experiment',...
                  'abstract', 'Example of using expression data',...
                  'other', {'Notes:Created from a text file.'})

MIAMEObj2 = 

Experiment Description:
  Author name: Jane Researcher
  Laboratory: One Bioinformatics Laboratory
  Contact information: jresearcher@lab.not.exist
  URL: www.lab.not.exist
  PubMedIDs: 
  Abstract: A 4 word abstract is available. Use the Abstract property.
  No experiment design summary available.
  Other notes: 
    'Notes:Created from a text file.'

Документация