Представление информации об эксперименте в объекте MIAME

Обзор объектов MIAME

Можно хранить информацию об экспериментальных методах и условиях из эксперимента экспрессии гена микромассивов в объекте MIAME. Это свободно следует за Минимальной информацией Об Эксперименте Микромассивов (MIAME) спецификация. Это может включать информацию о:

Проект эксперимента
Микромассивы используются
Выборки используются
Демонстрационная подготовка и маркировка
Процедуры гибридизации и параметры
Средства управления нормализацией
Предварительная обработка информации
Спецификации обработки данных

Объект MIAME включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают, и информация об эксперименте изменения, связанная с экспериментом микромассивов. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать информацию. Для списка свойств и методов, см. класс MIAME.

Построение объекты MIAME

Для полной информации при построении объектов MIAME см. класс MIAME.

Построение объекта MIAME от ГЕО структуры

Импортируйте пакет bioma.data так, чтобы функция конструктора MIAME была доступна.
```
import bioma.data.*
```
Используйте функцию getgeodata, чтобы возвратить структуру MATLAB^®, содержащую Серийные данные об Автобусе экспрессии гена (GEO), связанные с инвентарным номером GSE4616.
```
geoStruct = getgeodata('GSE4616')

geoStruct = 

    Header: [1x1 struct]
      Data: [12488x12 bioma.data.DataMatrix]
```
Используйте функцию конструктора MIAME, чтобы создать объект MIAME из структуры.
```
MIAMEObj1 = MIAME(geoStruct);
```

Отобразите информацию об объекте MIAME, MIAMEObj.

MIAMEObj1 

MIAMEObj1 = 

Experiment Description:
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,KivelÃ¤
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: LIKES - Research Center
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: 
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x80 char]

Построение объекта MIAME из свойств

Импортируйте пакет bioma.data так, чтобы theMIAME функция конструктора была доступна.
```
import bioma.data.*
```

Используйте функцию конструктора MIAME, чтобы создать объект MIAME с помощью отдельных свойств.

MIAMEObj2 = MIAME('investigator', 'Jane Researcher',...
                  'lab', 'One Bioinformatics Laboratory',...
                  'contact', 'jresearcher@lab.not.exist',...
                  'url', 'www.lab.not.exist',...
                  'title', 'Normal vs. Diseased Experiment',...
                  'abstract', 'Example of using expression data',...
                  'other', {'Notes:Created from a text file.'});

Отобразите информацию об объекте MIAME, MIAMEObj2.

MIAMEObj2

MIAMEObj2 = 

Experiment Description:
  Author name: Jane Researcher
  Laboratory: One Bioinformatics Laboratory
  Contact information: jresearcher@lab.not.exist
  URL: www.lab.not.exist
  PubMedIDs: 
  Abstract: A 4 word abstract is available. Use the Abstract property.
  No experiment design summary available.
  Other notes: 
    'Notes:Created from a text file.'

Используя свойства объекта MIAME

К свойствам доступа объекта MIAME используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname

Например, чтобы получить идентификатор PubMed публикаций, связанных с объектом MIAME:

MIAMEObj1.PubMedID

ans =

17003243

Чтобы установить свойства объекта MIAME, используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname = propertyvalue

Например, чтобы установить свойство Laboratory объекта MIAME:

MIAMEObj1.Laboratory = 'XYZ Lab'

Примечание

Имена свойства являются чувствительными к регистру. Для списка и описания всех свойств объекта MIAME, см. класс MIAME.

Используя методы объекта MIAME

Чтобы использовать методы объекта MIAME, используйте любой из следующих синтаксисов:

objectname.methodname

или

methodname(objectname)

Например, чтобы определить, пуст ли объект MIAME:

MIAMEObj1.isempty

ans =

     0

Примечание

Для полного списка методов объекта MIAME см. класс MIAME.

Документация