Класс: BioMap
Получите флаги последовательности чтения из объекта BioMap
Flag = getFlag(BioObj)
Flag = getFlag(BioObj, Subset)
Flag = getFlag(BioObj)Flag, вектор неотрицательных целых чисел, указывающих на поразрядную информацию, которая задает состояние 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Каждое целое число соответствует последовательности чтения того от объекта BioMap.
Flag = getFlag(BioObj, Subset), указанных Subset.
|
Объект класса |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
ПримечаниеЕсли вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать |
|
Вектор неотрицательных целых чисел. Каждое целое число соответствует последовательности чтения того и указывает на поразрядную информацию, которая задает состояние 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Эти флаги описывают различные аспекты упорядочивания и выравнивания последовательности чтения. |
Создайте объект BioMap, и затем получите флаговые значения SAM для различных элементов в объекте:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Retrieve integer specifying bit-wise information for 11
% SAM flags of the second element
flagValue = getFlag(BMObj1, 2)flagValue =
73% Retrieve integers specifying bit-wise information for 11 % SAM flags of the first and third elements flagValues = getFlag(BMObj1, [1 3])
flagValues =
73
137% Retrieve integers specifying bit-wise information for 11 % SAM flags of all elements allFlagValues = getFlag(BMObj1);
% Determine the status of the fourth flag (mate is unmapped) % for the second element, which has a flag value of 73 bitget(73, 4)
ans =
1После использования метода getFlag, чтобы возвратить целое число, указывающее поразрядную информацию для флагов SAM, используйте функцию bitget, чтобы определить состояние определенного флага SAM. Для получения дополнительной информации смотрите Примеры.
Альтернатива использованию метода getFlag должна использовать точечную индексацию со свойством Flag:
BioObj.Flag(Indices)
В предыдущем синтаксисе Indices является вектором положительных целых чисел или логическим вектором. Indices не может быть массивом ячеек из символьных векторов или представить в виде строки вектор, содержащий заголовки последовательности.