Класс: BioMap
Получите положения помощника последовательностей чтения от объекта BioMap
MatePos = getMatePosition(BioObj)
MatePos = getMatePosition(BioObj,Subset)
MatePos = getMatePosition(BioObj)MatePos, вектор неотрицательных целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности от объекта BioMap.
MatePos = getMatePosition(BioObj,Subset)Subset.
|
Объект класса |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
ПримечаниеЕсли вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать |
|
Свойство Не все значения в векторе |
Создайте объект BioMap, и затем получите положение помощника для различных последовательностей в объекте:
% Construct a BioMap object from a SAM file and determine the header for the 17th element
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
BMObj1.Header(17)
ans =
'EAS114_32:5:78:583:499'
% Retrieve the MatePosition property of the 17th element in the object using the header
MatePos_17 = getMatePosition(BMObj1,{'EAS114_32:5:78:583:499'})MatePos_17 =
229
37Заметьте, что предыдущий пример возвратил два положения помощника. Это вызвано тем, что заголовок EAS114_32:5:78:583:499 является повторным заголовком в объекте BMObj1. Метод getMatePosition возвращает положения помощника для всех элементов в объекте с тем заголовком.
% Retrieve the MatePosition properties of the 37th and 47th elements in % the object MatePos_37_47 = getMatePosition(BMObj1, [37 47])
MatePos_37_47 =
95
283% Retrieve the MatePosition properties of all elements in the object MatePos_All = getMatePosition(BMObj1);
Альтернатива использованию метода getMatePosition должна использовать точечную индексацию со свойством MatePosition:
BioObj.MatePosition(Indices)
В предыдущем синтаксисе Indices является вектором положительных целых чисел или логическим вектором. Indices не может быть массивом ячеек из символьных векторов или представить в виде строки вектор, содержащий заголовки последовательности.