Класс: BioMap
Установите положения помощника последовательностей чтения в объекте BioMap
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos)
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos,Subset)
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos)NewObj, новый объект BioMap, созданный из BioObj, существующего объекта BioMap, с набором свойств MatePosition к MatePos, вектору неотрицательных целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности.
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos,Subset)NewObj, новый объект BioMap, созданный из BioObj, существующего объекта BioMap, со свойством MatePosition подмножества набора элементов к MatePos, вектору неотрицательных целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Метод setMatePosition устанавливает положения помощника только для объектных элементов, указанных Subset.
|
Объект класса ПримечаниеЕсли |
|
Вектор неотрицательных целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
ПримечаниеНепосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в |
|
Объект класса |
Создайте объект BioMap, и затем установите подмножество значений положения помощника последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file and determine the header for the second element
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
BMObj1.Header(2)ans =
'EAS54_65:7:152:368:113'% Set the MatePosition property of the second element to a new value of 5
BMObj1 = setMatePosition(BMObj1, 5, {'EAS54_65:7:152:368:113'});% Set the MatePosition properties of the first and third elements in % the object to 6 and 7 respectively BMObj1 = setMatePosition(BMObj1, [6 7], [1 3]);
% Set the MatePosition property of all elements in the object to zero y = zeros(1,BMObj1.NSeqs); BMObj1 = setMatePosition(BMObj1,y);
Альтернатива использованию метода setMatePosition, чтобы обновить существующий объект должна использовать точечную индексацию со свойством MatePosition:
BioObj.MatePosition(Indices) = NewMatePos
В предыдущем синтаксисе Indices является вектором положительных целых чисел или логическим вектором. Indices не может быть массивом ячеек из символьных векторов, содержащим заголовки последовательности. NewMatePos является вектором целых чисел, задающих положения помощника последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Indices и NewMatePos должны иметь тот же номер и порядок элементов.