setReference

Класс: BioMap

Определите имя ссылочной последовательности для объекта BioMap

расширьте все на странице

Синтаксис

newObj = setReference(Obj,RefSeqName)
newObj = setReference(Obj,RefSeqName,Indices)

Описание

newObj = setReference(Obj,RefSeqName) возвращает новый объект BioMap newObj, созданный из существующего объекта Obj, с набором свойств Reference к RefSeqName, вектору символов или строке, задающей имя ссылочной последовательности.

newObj = setReference(Obj,RefSeqName,Indices) устанавливает свойство Reference элементов, индексированных Indices к RefSeqName.

Входные параметры

развернуть все

Объект Биокласса сопоставления, заданного как объект BioMap.

Имя ссылочной последовательности, заданной как вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов.

Индексы к элементам входного объекта, заданного как положительное целое число, вектор положительных целых чисел, логического массива, вектора символов, строки, представляют в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов. Для векторов символов или строк, они должны соответствовать допустимым значениям Header входного объекта Obj.

Выходные аргументы

развернуть все

Объект Биокласса сопоставления, возвращенного как объект BioMap.

Примеры

развернуть все

Скрипт Open Live Script

Создайте объект BioMap из файла SAM. Установите 'InMemory' на истину позволять изменять свойства объектов.

bm = BioMap('ex2.sam','InMemory',true);

Проверяйте ссылочную последовательность 5-й последовательности чтения.

bm.Reference(5)
ans = 1x1 cell array
    {'seq1'}

Измените ссылочную последовательность на другой в словаре последовательности.

bm2 = setReference(bm,{'seq2'},5);
bm2.Reference(5)
ans = 1x1 cell array
    {'seq2'}

Смотрите также

|

Темы

Внешние веб-сайты

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте