Суперклассы:
Качественная статистика из файла последовательности короткого чтения
Этот объект будет удален в будущем релизе. Используйте seqqcplot вместо этого, чтобы сгенерировать графики контроля качества для данных о последовательности.
Класс BioReadQualityStatistics содержит качественные данные о статистике из последовательностей короткого чтения и обеспечивает стандартный набор графиков контроля качества для таких данных.
Создайте объект BioReadQualityStatistics из данных о последовательности короткого чтения, хранимых в FASTQ, СЭМЕ или файлах BAM. Выполните исследования качества данных с помощью методов объекта, чтобы сгенерировать несколько графиков контроля качества относительно счета среднего качества к каждому основному положению, распределению счета среднего качества, проценту количества чтения для каждого основного положения, проценту нуклеотидов GC для каждого основного положения, распространения контента GC и всего распределения нуклеотида. Объект позволяет вам проанализировать файл последовательности, не создавая объект BioRead и взаимодействовать с качественными данными в порядке сравнить различные наборы данных или опции фильтрации и создать настроенные графики.
QSObj = BioReadQualityStatistics(File)QSObj, объект BioReadQualityStatistics, от данных, хранимых в File, FASTQ-, СЭМЕ - или отформатированном BAM файле.
QSObj = BioReadQualityStatistics(Obj)QSObj, объект BioReadQualityStatistics, от данных, хранимых в Obj, объекте BioRead или BioMap.
QSObj = BioReadQualityStatistics(___,Name,Value)BioReadQualityStatistics с помощью опций, заданных одним или несколькими аргументами пары "имя-значение".
После того, как созданный, вы не можете изменить свойства QSObj, поскольку это - неизменяемый объект.
|
Имя файла раньше создавало объект |
|
Тип файла, из которого создается объект |
|
Вектор символов или строка, задающая формат информации о последовательности кодировки символов и качественных очков в файле. Поддерживаемые форматы: |
|
Целочисленный код ASCII определения, где качественный счет начинается для последовательности. |
|
Целое число, представляющее количество объекта |
|
Целое число, представляющее максимальную длину последовательности короткого чтения среди всех последовательностей объекта |
|
Целое число, задающее минимальный качественный счет Phred [1] среди всех последовательностей короткого чтения объекта |
|
Целое число, задающее максимальное качество Phred, выигрывает среди всех последовательностей короткого чтения объекта |
|
Целое число, задающее количество очков Phred, которые не рассматриваются в качественной области значений счета. |
|
Вектор целых чисел, представляющих распределение среднего качества на последовательность. |
|
матрица s-by-p целых чисел, которые представляют качественные очки (очки) на основные положения (p). |
|
Вектор целых чисел, представляющих распределение нуклеотидов GC на последовательность. |
|
матрица n-by-p целых чисел, которая представляет распределение всех нуклеотидов (n = 5) на основное положение (p). |
|
Вектор символов, описывающий пользовательское имя для объекта. |
|
Целое число, представляющее максимальное качество последовательности, выигрывает среди всех очков. |
|
Целое число, представляющее минимальное качество последовательности, выигрывает среди всех очков. |
|
Положительное целое число, задающее продолжительность каждого чтения, используется в качественном анализе. |
|
Скалярное значение, задающее минимальный порог среднего качества для чтения. Любое чтение со средней оценкой меньше, чем заданный порог проигнорировано. Значением по умолчанию является |
|
Вектор целых чисел, задающих индекс для подмножества информации от исходных данных о последовательности, используется в анализе. |
| plotPerPositionCountByQuality | Постройте части чтений с очками Phred в областях значений |
| plotPerPositionGC | Постройте проценты G или нуклеотидов C в каждом основном положении |
| plotPerPositionQuality | Постройте дистрибутивы счета Phred |
| plotPerSequenceGC | Постройте G или распределение нуклеотида C |
| plotPerSequenceQuality | Постройте распределение очков среднего качества |
| plotSummary | Статистика краткого изложения сюжета объекта BioReadQualityStatistics |
| plotTotalGC | Постройте распределение всех нуклеотидов последовательностей короткого чтения |
[1] Википедия. (2012). Качественный счет Phred, http://en.wikipedia.org/wiki/Phred_quality_score