Считайте данные из файла отчета BLAST NCBI
blastdata = blastread(blastreport)blastdata = blastread(blastreport)blastreport, и возвращает blastdata, структура, содержащая соответствующий Показатель взрываемости.
Выполните поиск BLAST на последовательности белка и сохраните результаты в XML-файл.
Получите последовательность от Банка данных Белка и создайте структуру MATLAB.
S = getpdb('1CIV');
Используйте структуру в качестве входа для поиска BLAST с порогом значения 1e-10. Первый вывод является ID запроса, и второй вывод является предполагаемым временем (в минутах), пока поиск не завершается.
[RID1,ROTE] = blastncbi(S,'blastp','expect',1e-10);
Получите результаты поиска из отчета. Можно сохранить XML-отформатированный отчет в файл для оффлайнового доступа. Используйте ROTE в качестве времени ожидания, чтобы получить результаты.
report1 = getblast(RID1,'WaitTime',ROTE,'ToFile','1CIV_report.xml')
Blast results are not available yet. Please wait ...
report1 =
struct with fields:
RID: 'R49TJMCF014'
Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
Database: 'nr'
QueryID: 'Query_224139'
QueryDefinition: 'unnamed protein product'
Hits: [1×100 struct]
Parameters: [1×1 struct]
Statistics: [1×1 struct]
Используйте blastread, чтобы считать Показатель взрываемости из XML-отформатированного файла отчета BLAST.
blastdata = blastread('1CIV_report.xml')
blastdata =
struct with fields:
RID: ''
Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
Database: 'nr'
QueryID: 'Query_224139'
QueryDefinition: 'unnamed protein product'
Hits: [1×100 struct]
Parameters: [1×1 struct]
Statistics: [1×1 struct]
Также запустите поиск BLAST с инвентарным номером NCBI.
RID2 = blastncbi('AAA59174','blastp','expect',1e-10)
RID2 =
'R49WAPMH014'
Получите результаты поиска из отчета.
report2 = getblast(RID2)
Blast results are not available yet. Please wait ...
report2 =
struct with fields:
RID: 'R49WAPMH014'
Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
Database: 'nr'
QueryID: 'AAA59174.1'
QueryDefinition: 'insulin receptor precursor [Homo sapiens]'
Hits: [1×100 struct]
Parameters: [1×1 struct]
Statistics: [1×1 struct]
blastreport — Имя BLAST сообщает о файлеИмя XML-отформатированного BLAST сообщает о файле, заданном как вектор символов или строка.
Пример: 'blastreport.xml'
blastdata — Данные об отчете BLASTДанные об отчете BLAST, возвращенные как структура, которая содержит следующие поля:
| Поле | Описание |
|---|---|
RID | Запросите ID для получения результатов определенного поиска BLAST NCBI |
Algorithm | Алгоритм NCBI раньше выполнял поиск BLAST |
Database | Все базы данных ищутся |
QueryID | Идентификатор последовательности запроса |
QueryDefinition | Определение последовательности запроса |
Hits | Структура, содержащая информацию о последовательностях хита, таких как идентификаторы, инвентарные номера, длины и HSPs (высоко выигрывающие пары сегмента) |
Parameters | Структура, содержащая информацию о входных параметрах раньше, выполняла поиск |
Statistics | Сводные данные статистических деталей о выполняемом поиске, таких как lambda, каппа и энтропийные значения |
Эта таблица приводит каждое поле blastdata.Hits.
| Поле | Описание |
|---|---|
ID | ID подчиненной последовательности, которая совпадала с последовательностью запроса |
Definition | Описание подчиненной последовательности |
Accession | Доступ подчиненной последовательности |
Length | Длина подчиненной последовательности |
Hsps | Структура, содержащая информацию о высоко выигрывающих парах сегмента (HSPs) |
Эта таблица суммирует поля Hits.Hsps.
| Поле | Описание |
|---|---|
Score | Попарный счет выравнивания к высоко выигрывающей паре сегмента между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
BitScore | Битный счет к высоко выигрывающей паре сегмента. |
Expect | Значение ожидания для высоко выигрывающей пары сегмента. |
Identities | Количество идентичных или подобных остатков для высоко выигрывающей пары сегмента между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Positives | Количество идентичных или подобных остатков для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью аминокислот. Это поле применяется только к переведенному нуклеотиду или последовательностям запроса аминокислоты и базам данных. |
Gaps | Неприсоединившиеся остатки для высоко выигрывающей пары сегмента. |
AlignmentLength | Продолжительность выравнивания для высоко выигрывающей пары сегмента. |
QueryIndices | Индексы положений остатка последовательности запроса для высоко выигрывающей пары сегмента. |
SubjectIndices | Индексы подчиненных положений остатка последовательности для высоко выигрывающей пары сегмента. |
Frame | Рамка считывания переведенной последовательности нуклеотида для высоко выигрывающей пары сегмента. |
Alignment | 3 N символьным массивом, показывающим выравнивание для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. Первая строка является последовательностью запроса, вторая строка является выравниванием, и третья строка является подчиненной последовательностью. |
blastformat | blastlocal | blastncbi | blastreadlocal | getblast
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.