Импорт и экспорт данных

Импортируйте данные о последовательности от общедоступных репозиториев и локальных файловых систем, включая FASTA, GenBank, GenPept, EMBL, BLAST, PDB, PFAM, ClustalW, GCG, PHYLIP, Newick и FASTQ; запишите в различные форматы, включая FASTA, PDB и Newick

Функции

`fastainfo`	Возвратите информацию о файле FASTA
`fastaread`	Считайте данные из файла FASTA
`fastawrite`	Запишите в файл с помощью формата FASTA

`genbankread`	Считайте данные из файла GenBank
`getgenbank`	Получите информацию о последовательности из базы данных GenBank
`genpeptread`	Считайте данные из файла GenPept
`getgenpept`	Получите информацию о последовательности из базы данных GenPept
`emblread`	Считайте данные из файла EMBL
`getembl`	Получите информацию о последовательности из базы данных EMBL
`pdbread`	Считайте данные из файла Банка данных белка (PDB)
`pdbwrite`	Запишите в файл с помощью формата Банка данных белка (PDB)
`getpdb`	Получите данные о структуре белка от базы данных Protein Data Bank (PDB)

`fastqinfo`	Возвратите информацию о файле FASTQ
`fastqread`	Считайте данные из файла FASTQ
`fastqwrite`	Запишите в файл с помощью формата FASTQ

`blastread`	Считайте данные из файла отчета BLAST NCBI
`blastreadlocal`	Считайте данные из локального отчета BLAST
`blastformat`	Создайте локальную базу данных BLAST
`getblast`	Получите отчет BLAST из веб-сайта NCBI

`multialignread`	Считайте несколько файл выравнивания последовательности
`multialignwrite`	Запишите нескольким выравнивание в файл

`pfamhmmread`	Считайте данные из PFAM отформатированный HMM файл
`gethmmprof`	Получите профиль скрытой модели Маркова (HMM) из базы данных PFAM
`gethmmtree`	Получите филогенетические древовидные данные от базы данных PFAM
`gethmmalignment`	Получите несколько выравнивание последовательности, сопоставленное с профилем скрытой модели Маркова (HMM) от базы данных PFAM

`phytreeread`	Считайте филогенетический древовидный файл
`phytreewrite`	Запишите филогенетический древовидный объект в Newick-отформатированный файл

Примеры и руководства

Исследование последовательности нуклеотида Используя командную строку

Начиная с последовательности DNA вычислите статистику для содержимого нуклеотида.

Исследование последовательности нуклеотида Используя приложение Sequence Viewer

Используйте графический интерфейс для функций последовательности.

Концепции

Форматы данных и базы данных

Доступ к онлайновым базам данных и репозиториям с помощью различных функций MATLAB^® и импортирует данные к рабочей области для последующих анализов.

Популярные примеры

Accessing NCBI Entrez Databases with E-Utilities

Доступ к базам данных NCBI Entrez с электронными утилитами

Программно ищите и получите данные от баз данных Entrez NCBI с помощью Утилит NCBI Entrez (электронные Утилиты).

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.