Получите отчет BLAST из веб-сайта NCBI
blastdata = getblast(RID)blastdata = getblast(RID,Name,Value)blastdata = getblast(RID,Name,Value)
Выполните поиск BLAST на последовательности белка и сохраните результаты в XML-файл.
Получите последовательность от Банка данных Белка и создайте структуру MATLAB.
S = getpdb('1CIV');
Используйте структуру в качестве входа для поиска BLAST с порогом значения 1e-10. Первый вывод является ID запроса, и второй вывод является предполагаемым временем (в минутах), пока поиск не завершается.
[RID1,ROTE] = blastncbi(S,'blastp','expect',1e-10);
Получите результаты поиска из отчета. Можно сохранить XML-отформатированный отчет в файл для оффлайнового доступа. Используйте ROTE в качестве времени ожидания, чтобы получить результаты.
report1 = getblast(RID1,'WaitTime',ROTE,'ToFile','1CIV_report.xml')
Blast results are not available yet. Please wait ...
report1 =
struct with fields:
RID: 'R49TJMCF014'
Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
Database: 'nr'
QueryID: 'Query_224139'
QueryDefinition: 'unnamed protein product'
Hits: [1×100 struct]
Parameters: [1×1 struct]
Statistics: [1×1 struct]
Используйте blastread, чтобы считать Показатель взрываемости из XML-отформатированного файла отчета BLAST.
blastdata = blastread('1CIV_report.xml')
blastdata =
struct with fields:
RID: ''
Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
Database: 'nr'
QueryID: 'Query_224139'
QueryDefinition: 'unnamed protein product'
Hits: [1×100 struct]
Parameters: [1×1 struct]
Statistics: [1×1 struct]
Также запустите поиск BLAST с инвентарным номером NCBI.
RID2 = blastncbi('AAA59174','blastp','expect',1e-10)
RID2 =
'R49WAPMH014'
Получите результаты поиска из отчета.
report2 = getblast(RID2)
Blast results are not available yet. Please wait ...
report2 =
struct with fields:
RID: 'R49WAPMH014'
Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
Database: 'nr'
QueryID: 'AAA59174.1'
QueryDefinition: 'insulin receptor precursor [Homo sapiens]'
Hits: [1×100 struct]
Parameters: [1×1 struct]
Statistics: [1×1 struct]
RID — Запросите ID для поиска BLAST NCBIЗапросите ID для получения результатов определенного поиска BLAST NCBI, заданного как вектор символов или строка.
Пример: 'GTF033EZ015'
Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.
'ToFile','report.xml' сохраняет результаты в файл с именем report.xml.'ToFile' — Имя файла, чтобы сохранить данные об отчете кИмя файла, чтобы сохранить данные об отчете к, заданный как пара, разделенная запятой, состоящая из 'ToFile' и вектора символов или строки. Файл XML-отформатирован по умолчанию.
Пример: 'ToFile','Report.xml'
'WaitTime' — Время, чтобы ожидать отчетаВремя (в минутах), чтобы ожидать отчета от NCBI, чтобы быть готово, заданным как пара, разделенная запятой, состоящая из 'WaitTime' и неотрицательного целого числа. Если отчет все еще не готов после того, как требуемое время, ошибка будет сгенерирована.
Значение по умолчанию 0, то есть, нет никакой задержки получения отчета.
Используйте RTOE, запросите время выполнения, возвращенного функцией blastncbi как время ожидания здесь.
Пример: 'WaitTime',2
blastdata — Данные об отчете BLASTДанные об отчете BLAST, возвращенные как структура, которая содержит следующие поля:
| Поле | Описание |
|---|---|
RID | Запросите ID для получения результатов определенного поиска BLAST NCBI |
Algorithm | Алгоритм NCBI раньше выполнял поиск BLAST |
Database | Все базы данных ищутся |
QueryID | Идентификатор последовательности запроса |
QueryDefinition | Определение последовательности запроса |
Hits | Структура, содержащая информацию о последовательностях хита, таких как идентификаторы, инвентарные номера, длины и HSPs (высоко выигрывающие пары сегмента) |
Parameters | Структура, содержащая информацию о входных параметрах раньше, выполняла поиск |
Statistics | Сводные данные статистических деталей о выполняемом поиске, таких как lambda, каппа и энтропийные значения |
Эта таблица приводит каждое поле blastdata.Hits.
| Поле | Описание |
|---|---|
ID | ID подчиненной последовательности, которая совпадала с последовательностью запроса |
Definition | Описание подчиненной последовательности |
Accession | Доступ подчиненной последовательности |
Length | Длина подчиненной последовательности |
Hsps | Структура, содержащая информацию о высоко выигрывающих парах сегмента (HSPs) |
Эта таблица суммирует поля Hits.Hsps.
| Поле | Описание |
|---|---|
Score | Попарный счет выравнивания к высоко выигрывающей паре сегмента между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
BitScore | Битный счет к высоко выигрывающей паре сегмента. |
Expect | Значение ожидания для высоко выигрывающей пары сегмента. |
Identities | Количество идентичных или подобных остатков для высоко выигрывающей пары сегмента между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Positives | Количество идентичных или подобных остатков для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью аминокислот. Это поле применяется только к переведенному нуклеотиду или последовательностям запроса аминокислоты и базам данных. |
Gaps | Неприсоединившиеся остатки для высоко выигрывающей пары сегмента. |
AlignmentLength | Продолжительность выравнивания для высоко выигрывающей пары сегмента. |
QueryIndices | Индексы положений остатка последовательности запроса для высоко выигрывающей пары сегмента. |
SubjectIndices | Индексы подчиненных положений остатка последовательности для высоко выигрывающей пары сегмента. |
Frame | Рамка считывания переведенной последовательности нуклеотида для высоко выигрывающей пары сегмента. |
Alignment | 3 N символьным массивом, показывающим выравнивание для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. Первая строка является последовательностью запроса, вторая строка является выравниванием, и третья строка является подчиненной последовательностью. |
Ошибки, запускающиеся в R2017b
Пара "имя-значение" 'Alignments' была удалена. Количеством хитов, возвращенных в выводе, управляет количество хитов в отчете входа BLAST.
Ошибки, запускающиеся в R2017b
Пара "имя-значение" 'Descriptions' была удалена. Количеством хитов, возвращенных в выводе, управляет количество хитов в отчете входа BLAST.
Ошибки, запускающиеся в R2017b
Пара "имя-значение" 'FileFormat' была удалена. Файл XML-отформатирован автоматически.
blastformat | blastlocal | blastncbi | blastread | blastreadlocal
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.