blosum

Возвратите BLOSUM выигрыш матрицы

свернуть все на странице

Синтаксис

Matrix = blosum(Identity)
[Matrix, MatrixInfo] = blosum(Identity)
... = blosum(Identity, ...'Extended', ExtendedValue, ...)
... = blosum(Identity, ...'Order', OrderValue, ...)

Входные параметры

Identity

Скаляр, задающий единичный уровень процента. Выбор:

  • Значения от 30 до 90 с шагом 5

  • 62

  • 100

ExtendedValue Управляет списком расширенных кодов аминокислоты. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.
OrderValueВектор символов или строка, содержащая легальные символы аминокислоты, который задает аминокислоты порядка, перечислены в матрице. Длиной вектора символов или строки должен быть 20 или 24.

Выходные аргументы

MatrixBLOSUM (Матрица Замены Блоков) выигрыш матрицы с заданной идентичностью процента.
MatrixInfo

Структура информации о Matrix, содержащем следующие поля:

  • Name

  • Scale

  • Entropy

  • ExpectedScore

  • HighestScore

  • LowestScore

  • Order

Описание

Matrix = blosum(Identity) возвращает BLOSUM (Матрица Замены Блоков) выигрыш матрицы с заданной идентичностью процента. Упорядоченное расположение по умолчанию вывода включает расширенные символы B, Z, X и *. 

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *

[Matrix, MatrixInfo] = blosum(Identity) возвращает MatrixInfo, структуру информации о Matrix, матрице BLOSUM. MatrixInfo содержит следующие поля:

  • Name

  • Scale

  • Entropy

  • ExpectedScore

  • HighestScore

  • LowestScore

  • Order

... = blosum(Identity, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает blosum с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = blosum(Identity, ...'Extended', ExtendedValue, ...) управляет списком расширенных кодов аминокислоты. Выбором является true (значение по умолчанию) или false. Если ExtendedValue является false, возвращает матрицу выигрыша для стандартных аминокислот 20. Упорядоченное расположение вывода, когда ExtendedValue является false,

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

... = blosum(Identity, ...'Order', OrderValue, ...) возвращает матрицу BLOSUM, упорядоченную OrderValue, вектором символов или строкой, содержащей легальные символы аминокислоты, который задает, аминокислоты порядка перечислены в матрице. Длиной вектора символов или строки должен быть 20 или 24.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Возвратите матрицу BLOSUM с единичным уровнем процента 50.

B50 = blosum(50)
B50 = 24×24

     5    -2    -1    -2    -1    -1    -1     0    -2    -1    -2    -1    -1    -3    -1     1     0    -3    -2     0    -2    -1    -1    -5
    -2     7    -1    -2    -4     1     0    -3     0    -4    -3     3    -2    -3    -3    -1    -1    -3    -1    -3    -1     0    -1    -5
    -1    -1     7     2    -2     0     0     0     1    -3    -4     0    -2    -4    -2     1     0    -4    -2    -3     4     0    -1    -5
    -2    -2     2     8    -4     0     2    -1    -1    -4    -4    -1    -4    -5    -1     0    -1    -5    -3    -4     5     1    -1    -5
    -1    -4    -2    -4    13    -3    -3    -3    -3    -2    -2    -3    -2    -2    -4    -1    -1    -5    -3    -1    -3    -3    -2    -5
    -1     1     0     0    -3     7     2    -2     1    -3    -2     2     0    -4    -1     0    -1    -1    -1    -3     0     4    -1    -5
    -1     0     0     2    -3     2     6    -3     0    -4    -3     1    -2    -3    -1    -1    -1    -3    -2    -3     1     5    -1    -5
     0    -3     0    -1    -3    -2    -3     8    -2    -4    -4    -2    -3    -4    -2     0    -2    -3    -3    -4    -1    -2    -2    -5
    -2     0     1    -1    -3     1     0    -2    10    -4    -3     0    -1    -1    -2    -1    -2    -3     2    -4     0     0    -1    -5
    -1    -4    -3    -4    -2    -3    -4    -4    -4     5     2    -3     2     0    -3    -3    -1    -3    -1     4    -4    -3    -1    -5
      ⋮

Возвратите матрицу BLOSUM с аминокислотами в определенном порядке.

B75 = blosum(75,'Order','CSTPAGNDEQHRKMILVFYW')
B75 = 20×20

     9    -1    -1    -4    -1    -3    -3    -4    -5    -3    -4    -4    -4    -2    -1    -2    -1    -2    -3    -3
    -1     5     1    -1     1    -1     0    -1     0     0    -1    -1     0    -2    -3    -3    -2    -3    -2    -3
    -1     1     5    -1     0    -2     0    -1    -1    -1    -2    -1    -1    -1    -1    -2     0    -2    -2    -3
    -4    -1    -1     8    -1    -3    -3    -2    -1    -2    -2    -2    -1    -3    -3    -3    -3    -4    -4    -5
    -1     1     0    -1     4     0    -2    -2    -1    -1    -2    -2    -1    -1    -2    -2     0    -3    -2    -3
    -3    -1    -2    -3     0     6    -1    -2    -3    -2    -2    -3    -2    -3    -5    -4    -4    -4    -4    -3
    -3     0     0    -3    -2    -1     6     1    -1     0     0    -1     0    -3    -4    -4    -3    -4    -3    -4
    -4    -1    -1    -2    -2    -2     1     6     1    -1    -1    -2    -1    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -5
    -5     0    -1    -1    -1    -3    -1     1     5     2     0     0     1    -2    -4    -4    -3    -4    -3    -4
    -3     0    -1    -2    -1    -2     0    -1     2     6     1     1     1     0    -3    -3    -2    -4    -2    -2
      ⋮

Смотрите также

| | | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте