Возвратите локальные оптимальные и субоптимальные выравнивания между двумя последовательностями
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'NumAln', NumAlnValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'MinScore', MinScoreValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'Percent', PercentValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'DoAlignment', DoAlignmentValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'Alphabet', AlphabetValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue,
...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'Scale', ScaleValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'GapOpen', GapOpenValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) localalign с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарные кавычки. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'NumAln', NumAlnValue, ...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'MinScore', MinScoreValue, ...)MinScoreValue.
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'Percent', PercentValue, ...)PercentValue самого высокого счета. Это возвращает выравнивания в порядке убывания согласно их счету.
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'DoAlignment', DoAlignmentValue, ...)Alignment выходной структуры. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'Alphabet', AlphabetValue, ...)'AA' (значение по умолчанию) или 'NT'.
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue,
...)
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'Scale', ScaleValue, ...)1, который не изменяет модули выходного счета.
AlignStruct = localalign(Seq1, Seq2,
...'GapOpen', GapOpenValue, ...)8.
|
Первая аминокислота или последовательность нуклеотида, заданная любым следующим:
СоветДля справки с буквой и целочисленными представлениями аминокислот и нуклеотидов, смотрите Поиск Поиска или Нуклеотида Аминокислоты. |
|
Вторая аминокислота или последовательность нуклеотида, которую |
|
Положительная скалярная величина (<или = ПримечаниеЕсли вы задаете СоветИспользуйте Значение по умолчанию: |
|
Положительная скалярная величина, задающая минимальный счет локальных, непересекающихся выравниваний (оптимальный и субоптимальный), чтобы возвратиться. ПримечаниеЕсли вы задаете СоветИспользуйте |
|
Положительная скалярная величина между ПримечаниеЕсли вы задаете СоветИспользуйте |
|
Управляет включением попарных выравниваний в поле |
|
Вектор символов или строка, задающая тип последовательностей. Выбором является |
|
Любое из следующего:
ПримечаниеЕсли необходимо скомпилировать |
|
Положительное значение, которое задает масштабный коэффициент, который применяется к выходным очкам, таким образом, управляя модулями выходных очков. Например, если выходной счет первоначально определяется в битах, и вы вводите Значением по умолчанию является ПримечаниеЕсли свойство СоветПрежде, чем сравнить очки выравнивания от нескольких выравниваний, гарантируйте, что очки находятся в тех же модулях. Используйте свойство |
|
Положительное значение, задающее штраф за открытие разрыва в выравнивании. Значение по умолчанию: |
|
Структура MATLAB или массив структур, содержащих информацию о локальных оптимальных и субоптимальных выравниваниях между двумя последовательностями. Каждая структура представляет оптимальное или субоптимальное выравнивание и содержит следующие поля.
|
Ограничьте количество выравниваний, чтобы возвратиться между двумя последовательностями путем определения количества выравниваний:
% Create variables containing two amino acid sequences.
Seq1 = 'VSPAGMASGYDPGKA';
Seq2 = 'IPGKATREYDVSPAG';
% Use the NumAln property to return information about the
% top three local alignments.
struct1 = localalign(Seq1, Seq2, 'numaln', 3)
struct1 =
Score: [3x1 double]
Start: [3x2 double]
Stop: [3x2 double]
Alignment: {3x1 cell}
% View the scores of the first and second alignments.
struct1.Score(1:2)
ans =
11.0000
9.6667
% View the first alignment.
struct1.Alignment{1}
ans =
VSPAG
|||||
VSPAGОграничьте количество выравниваний, чтобы возвратиться между двумя последовательностями путем определения минимального счета:
% Create variables containing two amino acid sequences.
Seq1 = 'VSPAGMASGYDPGKA';
Seq2 = 'IPGKATREYDVSPAG';
% Use the MinScore property to return information about
% only local alignments with a score greater than 8.
% Use the DoAlignment property to exclude the actual alignments.
struct2 = localalign(Seq1,Seq2,'minscore',8,'doalignment',false)
struct2 =
Score: [2x1 double]
Start: [2x2 double]
Stop: [2x2 double]Ограничьте количество выравниваний, чтобы возвратиться между двумя последовательностями путем определения процента от максимального счета:
% Create variables containing two amino acid sequences.
Seq1 = 'VSPAGMASGYDPGKA';
Seq2 = 'IPGKATREYDVSPAG';
% Use the Percent property to return information about only
% local alignments with a score within 15% of the maximum score.
struct3 = localalign(Seq1, Seq2, 'percent', 15)
struct3 =
Score: [2x1 double]
Start: [2x2 double]
Stop: [2x2 double]
Alignment: {2x1 cell}
Задайте матрицу выигрыша и разрыв вводный штраф при выравнивании двух последовательностей:
% Create variables containing two nucleotide sequences.
Seq1 = 'CCAATCTACTACTGCTTGCAGTAC';
Seq2 = 'AGTCCGAGGGCTACTCTACTGAAC';
% Create a scoring matrix with a match score of 10 and a mismatch
% score of -9
sm = [10 -9 -9 -9;
-9 10 -9 -9;
-9 -9 10 -9;
-9 -9 -9 10];
% Use the ScoringMatrix and GapOpen properties when returning
% information about the top three local alignments.
struct4 = localalign(Seq1, Seq2, 'alpha', 'nt', ...
'scoringmatrix', sm, 'gapopen', 20, 'numaln', 3)
struct4 =
Score: [3x1 double]
Start: [3x2 double]
Stop: [3x2 double]
Alignment: {3x1 cell} [1] Бартон, G. (1993). Эффективный алгоритм, чтобы определить местоположение всех локально оптимальных выравниваний между двумя последовательностями, допускающими разрывы. CABIOS 9, 729–734.