Возвратите матрицу выигрыша Точки принятой мутации (PAM)
ScoringMatrix =
pam(N)
[ScoringMatrix, MatrixInfo]
= pam(N)
... = pam(N, ...'Extended', ExtendedValue,
...)
... = pam(N, ...'Order', OrderValue,
...)
N | Целое число, задающее матрицу выигрыша PAM, чтобы возвратиться. Выбором является СоветВвод большего значения для |
ExtendedValue | Управляет возвратом неоднозначных символов ( |
OrderValue | Вектор символов или строка, которая управляет порядком аминокислот в матрице выигрыша. Выбором является вектор символов или строка, по крайней мере, с аминокислотами стандарта |
ScoringMatrix =
pam(N)N для последовательностей аминокислот.
[ возвращает структуру с информацией о матрице PAM. Полями в структуре является ScoringMatrix, MatrixInfo]
= pam(N)Name, Scale, Entropy, Expected и Order.
... = pam(N, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) pam с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = pam( управляет возвратом неоднозначных символов (N, ...'Extended', ExtendedValue,
...)B, Z и X), и стоповый символ (*), в дополнение к символам аминокислоты стандарта 20. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
... = pam( управляет порядком аминокислот в возвращенной матрице выигрыша. Выбором является вектор символов или строка, по крайней мере, с аминокислотами стандарта N, ...'Order', OrderValue,
...)20. Упорядоченным расположением по умолчанию вывода является A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *. Если OrderValue не содержит расширенные символы B, Z, X и *, то эти символы не возвращены.
Матрица замены PAM50 в модулях бита 1/2, Ожидаемый счет = -3.70, Энтропия = биты 2.00, Самый Низкий счет = -13, Самый Высокий счет = 13.
Матрица замены PAM250 в модулях бита 1/3, Ожидаемый счет = -0.844, Энтропия = биты 0.354, Самый Низкий счет = -8, Самый Высокий счет = 17.
Возвратите матрицу PAM50.
PAM50 = pam(50)
Возвратите матрицу PAM250 и задайте порядок аминокислот в матрице.
PAM250 = pam(250,'Order','CSTPAGNDEQHRKMILVFYW')