Exponenta Banner

bowtiebuild

Сгенерируйте индекс с помощью Нор-Wheeler, преобразовывают

свернуть все на странице

Синтаксис

bowtiebuild(input,indexBaseName)
bowtiebuild(input,indexBaseName,'BowtieBuildOptions',options)

Описание

пример

bowtiebuild(input,indexBaseName) создает индекс с помощью ссылочной последовательности (последовательностей) в input и сохраняет его в индексный файл indexBaseName.

Примечание

bowtiebuild работает на Mac и платформах UNIX® только.

пример

bowtiebuild(input,indexBaseName,'BowtieBuildOptions',options) задает дополнительные опции.

Примеры

свернуть все

Загрузите E. coli геном от NCBI.

getgenbank('NC_008253','tofile','NC_008253.fna','SequenceOnly',true)

Созданный индекс Галстука-бабочки с базовым именем ECOLI.

bowtiebuild('NC_008253.fna','ECOLI')

Входные параметры

свернуть все

FASTA-отформатированные файлы со ссылочными последовательностями, которые будут индексированы, заданные как вектор символов, строка, вектор строки или массив ячеек из символьных векторов. Используйте массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, чтобы задать несколько файлов.

Назовите для индексируемого ссылочного файла, заданного как вектор символов или строка, содержащая путь и базовое имя для получившегося индексного файла Галстука-бабочки.

Дополнительные опции bowtiebuild, заданные как вектор символов или строка для любых допустимых опций bowtiebuild. Введите bowtiebuild('--help') для доступных параметров.

Пример: '-t 5 -C'

Советы

  • Больше информации об алгоритме Галстука-бабочки (Версия 0.12.7) может быть найдено по http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml.

  • Некоторые предварительно созданные индексные файлы для образцовых организмов могут быть загружены непосредственно с репозитория Галстука-бабочки.

Смотрите также

| | | | | |

Представленный в R2012b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка