bowtiebuild

Сгенерируйте индекс с помощью Нор-Wheeler, преобразовывают

Синтаксис

bowtiebuild(input,indexBaseName)

bowtiebuild(input,indexBaseName,'BowtieBuildOptions',options)

Описание

bowtiebuild(input,indexBaseName) создает индекс с помощью ссылочной последовательности (последовательностей) в input и сохраняет его в индексный файл indexBaseName.

Примечание

bowtiebuild работает на Mac и платформах UNIX^® только.

пример

bowtiebuild(input,indexBaseName,'BowtieBuildOptions',options) задает дополнительные опции.

Примеры

свернуть все

Создайте индекс галстука-бабочки

Загрузите E. coli геном от NCBI.

getgenbank('NC_008253','tofile','NC_008253.fna','SequenceOnly',true)

Созданный индекс Галстука-бабочки с базовым именем ECOLI.

bowtiebuild('NC_008253.fna','ECOLI')

Входные параметры

свернуть все

`входной параметр` FASTA-отформатированные файлы
вектор символов | представляет в виде строки | вектор строки | массив ячеек из символьных векторов

FASTA-отформатированные файлы со ссылочными последовательностями, которые будут индексированы, заданные как вектор символов, строка, вектор строки или массив ячеек из символьных векторов. Используйте массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, чтобы задать несколько файлов.

`indexBaseName` — Назовите для индексируемого ссылочного файла
вектор символов | строка

Назовите для индексируемого ссылочного файла, заданного как вектор символов или строка, содержащая путь и базовое имя для получившегося индексного файла Галстука-бабочки.

`опции` Дополнительные опции `bowtiebuild`
вектор символов | строка

Дополнительные опции bowtiebuild, заданные как вектор символов или строка для любых допустимых опций bowtiebuild. Введите bowtiebuild('--help') для доступных параметров.

Пример: '-t 5 -C'

Советы

Больше информации об алгоритме Галстука-бабочки (Версия 0.12.7) может быть найдено по http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml.
Некоторые предварительно созданные индексные файлы для образцовых организмов могут быть загружены непосредственно с репозитория Галстука-бабочки.

Представленный в R2012b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.

Документация