Объедините блоки RNA-seq в основной транскриптом
mergedGTF = cuffmerge(gtfFiles)mergedGTF = cuffmerge(gtfFiles,opt)mergedGTF = cuffmerge(gtfFiles,Name,Value)mergedGTF = cuffmerge(gtfFiles)cuffdiff.
cuffmerge требует Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку.
cuffmerge поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.
mergedGTF = cuffmerge(gtfFiles,Name,Value)cuffmerge(["Myco_1_1.transcripts.gtf","Myco_1_2.transcripts.gtf"],'NumThreads',5) задает, чтобы использовать пять параллельных потоков.
Создайте объект CufflinksOptions задать опции запонок, такие как количество параллельных потоков и выходной директории, чтобы сохранить результаты.
cflOpt = CufflinksOptions;
cflOpt.NumThreads = 8;
cflOpt.OutputDirectory = "./cufflinksOut";Файлы SAM предусмотрели этот пример, содержат выровненные чтения для Микоплазмы pneumoniae от двух выборок с три, реплицирует каждого. Чтения моделируются 100bp-чтения для двух генов (gyrA и gyrB) расположенный друг рядом с другом на геноме. Все чтения сортируются по ссылочному положению, как требуется по cufflinks.
sams = ["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam",... "Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"];
Соберите транскриптом от выровненных чтений.
[gtfs,isofpkm,genes,skipped] = cufflinks(sams,cflOpt);
gtfs является списком файлов GTF, которые содержат собранные изоформы.
Сравните собранные изоформы с помощью cuffcompare.
stats = cuffcompare(gtfs);
Объедините собранные расшифровки стенограммы с помощью cuffmerge.
mergedGTF = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput');
mergedGTF сообщает о только одной расшифровке стенограммы. Это вызвано тем, что два гена интереса расположены друг рядом с другом, и cuffmerge не может отличить два отличных гена. Чтобы вести cuffmerge, используйте ссылочный GTF (gyrAB.gtf), содержащий информацию об этих двух генах. Если файл не расположен в той же директории, от которой вы запускаете cuffmerge, необходимо также задать путь к файлу.
gyrAB = which('gyrAB.gtf'); mergedGTF2 = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput2',... 'ReferenceGTF',gyrAB);
Вычислите распространенности (уровни экспрессии) от выровненных чтений для каждой выборки.
abundances1 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],... 'OutputDirectory','./cuffquantOutput1'); abundances2 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"],... 'OutputDirectory','./cuffquantOutput2');
Оцените значение изменений в выражении для генов и расшифровок стенограммы между условиями путем выполнения тестирования дифференциала с помощью cuffdiff. Функция cuffdiff действует на двух отличных шагах: функция сначала оценивает распространенности от выровненных чтений, и затем выполняет статистический анализ. В некоторых случаях (например, распределяя вычисляющий загрузку через несколько рабочих), выполнение двух шагов отдельно желательно. После выполнения первого шага с cuffquant можно затем использовать бинарный выходной файл CXB в качестве входа к cuffdiff, чтобы выполнить статистический анализ. Поскольку cuffdiff возвращает несколько файлов, укажите, что выходная директория рекомендуется.
isoformDiff = cuffdiff(mergedGTF2,[abundances1,abundances2],... 'OutputDirectory','./cuffdiffOutput');
Отобразите таблицу, содержащую дифференциальные результаты испытаний выражения для этих двух генов gyrB и gyrA.
readtable(isoformDiff,'FileType','text')
ans =
2×14 table
test_id gene_id gene locus sample_1 sample_2 status value_1 value_2 log2_fold_change_ test_stat p_value q_value significant
________________ _____________ ______ _______________________ ________ ________ ______ __________ __________ _________________ _________ _______ _______ ___________
'TCONS_00000001' 'XLOC_000001' 'gyrB' 'NC_000912.1:2868-7340' 'q1' 'q2' 'OK' 1.0913e+05 4.2228e+05 1.9522 7.8886 5e-05 5e-05 'yes'
'TCONS_00000002' 'XLOC_000001' 'gyrA' 'NC_000912.1:2868-7340' 'q1' 'q2' 'OK' 3.5158e+05 1.1546e+05 -1.6064 -7.3811 5e-05 5e-05 'yes'
Можно использовать cuffnorm, чтобы сгенерировать нормированные таблицы выражения для последующих анализов. результаты cuffnorm полезны, когда у вас есть много выборок, и вы хотите кластеризировать их или уровни экспрессии графика для генов, которые важны в вашем исследовании. Обратите внимание на то, что вы не можете выполнить дифференциальный анализ выражения с помощью cuffnorm.
Задайте массив ячеек, где каждый элемент является вектором строки, содержащим имена файлов для одной выборки с, реплицирует.
alignmentFiles = {["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],...
["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"]}
isoformNorm = cuffnorm(mergedGTF2, alignmentFiles,...
'OutputDirectory', './cuffnormOutput');
Отобразите таблицу, содержащую нормированные уровни экспрессии для каждой расшифровки стенограммы.
readtable(isoformNorm,'FileType','text')
ans =
2×7 table
tracking_id q1_0 q1_2 q1_1 q2_1 q2_0 q2_2
________________ __________ __________ __________ __________ __________ __________
'TCONS_00000001' 1.0913e+05 78628 1.2132e+05 4.3639e+05 4.2228e+05 4.2814e+05
'TCONS_00000002' 3.5158e+05 3.7458e+05 3.4238e+05 1.0483e+05 1.1546e+05 1.1105e+05
Имена столбцов начиная с q имеют формат: conditionX_N, указывая, что столбец содержит значения для, реплицируют N conditionX.
gtfFiles — Имена файлов GTFИмена файлов GTF, заданных как вектор строки или массив ячеек из символьных векторов.
Пример: ["Myco_1_1.transcripts.gtf", "Myco_1_2.transcripts.gtf"]
Типы данных: string | cell
opt — опции cuffgffreadCuffMergeOptions | представляет в виде строки | вектор символовОпции cuffgffread, заданные как объект CuffMergeOptions, строка или вектор символов. Строка или вектор символов должны быть в исходном синтаксисе опции cuffmerge (снабжены префиксом одним или двумя тире) [1].
Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.
cuffmerge(["Myco_1_1.transcripts.gtf","Myco_1_2.transcripts.gtf"],'NumThreads',5)'ExtraCommand' — Дополнительные команды"" (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символовДополнительные команды, заданные как строка или вектор символов. Команды должны быть в исходном синтаксисе (снабжены префиксом одним или двумя тире). Используйте эту опцию, чтобы применить недокументированные флаги и флаги без соответствующих свойств MATLAB. Когда функция преобразовывает исходные флаги в свойства MATLAB, она хранит любые нераспознанные флаги в этой опции.
Пример: 'ExtraCommand','--library-type fr-secondstrand'
Типы данных: char | string
'IncludeAll' — Отметьте, чтобы применить все доступные параметрыfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы включать все доступные параметры с соответствующими значениями по умолчанию при преобразовании в исходный синтаксис опций, заданный как true или false. Исходный синтаксис снабжается префиксом одним или двумя тире, такими как '-d 100 -e 80'. По умолчанию функция преобразовывает только заданные опции. Если значением является true, функция преобразовывает все доступные параметры, со значениями по умолчанию для незаданных опций, к исходному синтаксису.
Пример: 'IncludeAll',true
Типы данных: логический
'MinIsoformFraction' — Минимальная распространенность изоформы, которая будет включена в объединенный блок0.5 (значение по умолчанию) | скаляр между 0 и 1Минимальная распространенность изоформы, которая будет включена в объединенный блок, заданный как скаляр между 0 и 1. Это значение выражается как процент самой богатой (главной) изоформы.
Пример:
'MinIsoformFraction',0.4
Типы данных: double
'NumThreads' — Количество параллельных потоков, чтобы использовать1 (значение по умолчанию) | положительное целое числоКоличество параллельных потоков, чтобы использовать, заданный как положительное целое число. Потоки запущены на отдельных процессорах или ядрах. Увеличение числа потоков обычно значительно улучшает время выполнения, но увеличивает объем потребляемой памяти.
Пример: 'NumThreads',4
Типы данных: double
'OutputDirectory' — Директория, чтобы сохранить результаты анализа"./") (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символовДиректория, чтобы сохранить результаты анализа, заданные как строка или вектор символов.
Пример: 'OutputDirectory',"./AnalysisResults/"
Типы данных: char | string
'ReferenceGTF' — Имя дополнительного ссылочного файла GTF аннотацииИмя дополнительного ссылочного файла GTF аннотации, который будет включен в объединенный блок, заданный как строка или вектор символов.
Пример: 'ReferenceGTF',"ref.gtf"
Типы данных: char | string
'ReferenceSequence' — Имя директории или файла FASTA, содержащего геномные последовательностиИмя директории или файла FASTA, содержащего геномные последовательности DNA для ссылки, заданной как строка или вектор символов.
Если вы задаете директорию, она должна содержать один файл FASTA на контиг. Другими словами, директория должна содержать один файл FASTA на ссылочную хромосому, и каждый файл нужно назвать в честь хромосомы и иметь расширение .fasta или .fa.
Если вы задаете файл FASTA, он должен содержать все ссылочные последовательности.
Функция использует обеспеченные последовательности, чтобы улучшить transfrag классификацию и исключить артефакты.
Пример:
'ReferenceSequence',"allrefs.fasta"
Типы данных: char | string
mergedGTF — Имя файла вывода GTF"./merged_asm/merged.gtf"Имя файла вывода GTF, содержащего объединенный транскриптом, возвращенный как строка.
Выводимая строка также включает информацию о директории, заданную OutputDirectory. По умолчанию, функция
Создает merged_asm подпапку в текущем каталоге и сохраняет выходной файл (merged.gtf) в той папке.
Создает подпапку, названную журналами внутри merged_asm папка, и сохраняет файл журнала.
Если вы устанавливаете OutputDirectory на "/local/tmp/", mergedGTF становится "/local/tmp/merged.gtf". Функция также создает логарифмическую папку в заданной выходной директории.
[1] Trapnell, C., Б. Уильямс, Г. Пертеа, А. Мортэзэви, Г. Кван, Дж. ван Бэрен, С. Залцберг, B. Пустошь и Л. Пэчтер. 2010. Блок расшифровки стенограммы и квантификация RNA-Seq показывают неаннотируемые расшифровки стенограммы и изоформу, переключающуюся во время клеточной дифференцировки. Биотехнология природы. 28:511–515.
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.