Статистический анализ
Считайте резюмирование и статистические анализы данных ЧИПА-seq и RNA-seq
Считайте количество чтений сопоставленным с геномными функциями интереса. Выполните статистические анализы количеств чтения, таких как идентификация дифференцированно выраженных генов от данных RNA-seq и выполнения анализа всего генома транскрипционных факторов от данных ЧИПА-seq.
Функции
cufflinks | Соберите транскриптом от выровненных чтений |
cuffcompare | Сравните собранные расшифровки стенограммы через несколько экспериментов |
cuffdiff | Идентифицируйте существенные изменения в выражении расшифровки стенограммы |
cuffmerge | Объедините блоки RNA-seq в основной транскриптом |
cuffnorm | Нормируйте уровни экспрессии расшифровки стенограммы |
cuffquant | Определите количество гена и профилей выражения расшифровки стенограммы |
cuffgffread | Отфильтруйте и преобразуйте файлы GTF и GFF |
cuffgtf2sam | Преобразуйте файлы GTF в файлы SAM |
mattest | Выполните 2D демонстрационный t-тест, чтобы оценить дифференциальную экспрессию генов от двух экспериментальных условий или фенотипов |
mafdr | Оцените положительный ложный уровень открытия для нескольких тестирование гипотезы |
nbintest | Непарный тест гипотезы для данных о количестве с размерами небольшой выборки |
featurecount | Вычислите количество чтений, сопоставленных с геномными функциями |
metafeatures | Метагенный алгоритм аттрактора для разработки функции использование взаимного информационно-основанного изучения |
rankfeatures | Оцените ключевые возможности по критериям отделимости класса |
randfeatures | Сгенерируйте рандомизированное подмножество функций |
knnimpute | Припишите недостающие данные с помощью метода ближайшего соседа |
crossvalind | Сгенерируйте индексы перекрестной проверки |
classperf | Оцените производительность классификатора |
