featureview
Чертите линейную или круговую карту функций от структуры GenBank
Синтаксис
featureview(GBStructure)
featureview(GBStructure, FeatList)
featureview(GBStructure, FeatList, Levels)
featureview(GBStructure, Levels)
[Handles, OutFeatList] = featureview(...)
featureview(..., 'FontSize', FontSizeValue, ...)
featureview(..., 'ColorMap', ColorMapValue, ...)
featureview(..., 'Qualifiers', QualifiersValue, ...)
featureview(..., 'ShowPositions', ShowPositionsValue, ...)
Аргументы
| Структура GenBank®, обычно созданное использование |
| Вектор строки или массив ячеек из символьных векторов, задающий имена функции (из списка всех функций в структуре GenBank), чтобы включать в или исключить из карты.
По умолчанию |
| Вектор целых чисел |
| Скаляр, который устанавливает размер шрифта (точки) для аннотаций функций. Значением по умолчанию является |
| Матрица с тремя столбцами, чтобы задать список цветов, чтобы использовать для каждой функции. Эта матрица заменяет матрицу по умолчанию, которая задает следующие цвета и порядок: синий, зеленый, красный, голубой, пурпурный, желтый, коричневый, светло-зеленый, оранжевый, фиолетовый, золотой, и серебряный. В матрице каждая строка соответствует цвету, и каждый столбец задает красную, зеленую, и синюю интенсивность соответственно. Допустимыми значениями для интенсивности RGB является |
| Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, чтобы задать упорядоченный список спецификаторов, чтобы искать в структуре и использовании в качестве аннотаций. Для каждой функции первый спецификатор соответствия, найденный из списка, используется для его аннотации. Если функция не включает ни одного из спецификаторов, никаких отображений аннотации для той функции. По умолчанию, СоветУстановите СоветЧтобы определить все спецификаторы, доступные для данной функции, сделайте любое из следующего:
|
| Свойство добавить положение последовательности в аннотацию маркирует для каждой функции. Введите |
Описание
featureview( создает линейную или круговую карту всех функций от структуры GenBank, обычно созданное использование GBStructure)getgenbank или функции genbankread.
featureview( создает линейную или круговую карту подмножества функций от структуры GenBank. GBStructure, FeatList)FeatList позволяет вам задать функции (из списка всех функций в структуре GenBank), чтобы включать в или исключить из карты.
Если
FeatListявляется массивом ячеек функций, эти функции сопоставлены. Проигнорированы любые функции вFeatList, не найденном в структуре GenBank.Если
FeatListвключает'-'как первую строку в массиве ячеек, то остающиеся строки (функции) не сопоставлены.
По умолчанию FeatList является списком всех функций в структуре GenBank.
featureview( или GBStructure, FeatList, Levels)featureview( указывает, какой уровень на карте каждая функция чертится. Уровень 1 является крайним левым (линейная карта) или самый внутренний (круговая карта) уровень и уровеньGBStructure, Levels), N является самым правым (линейная карта) или наиболее удаленный (круговая карта) уровень, где N является количеством функций.
Levels является вектором целых чисел N, где N является количеством функций. Каждое целое число представляет уровень в карте для соответствующей функции. Например, если бы Levels = [1, 1, 2, 3, 3], первые две функции появились бы на уровне 1, третьей функции на уровне 2 и четвертых и пятых функциях на уровне 3. По умолчанию, Levels = [1:N].
[ возвращает список указателей для каждой функции в Handles, OutFeatList] = featureview(...)OutFeatList. Это также возвращает OutFeatList, который является массивом ячеек сопоставленных функций.
Совет
Используйте Handles и OutFeatList с командой legend, чтобы создать легенду функций.
featureview(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)
featureview(..., 'FontSize', устанавливает размер шрифта (точки) для аннотаций функций. FontSizeValue, ...)FontSizeValue по умолчанию является 9.
featureview(..., 'ColorMap', задает список цветов, чтобы использовать для каждой функции. Эта матрица заменяет матрицу по умолчанию, которая задает следующие цвета и порядок: синий, зеленый, красный, голубой, пурпурный, желтый, коричневый, светло-зеленый, оранжевый, фиолетовый, золотой, и серебряный. ColorMapValue, ...)ColorMapValue является матрицей с тремя столбцами, где каждая строка соответствует цвету, и каждый столбец задает красную, зеленую, и синюю интенсивность соответственно. Допустимыми значениями для интенсивности RGB является 0.0 к 1.0.
featureview(..., 'Qualifiers', позволяет вам задать упорядоченный список спецификаторов, чтобы искать и использовать в качестве аннотаций. Для каждой функции первый спецификатор соответствия, найденный из списка, используется для его аннотации. Если функция не включает ни одного из спецификаторов, никаких отображений аннотации для той функции. QualifiersValue, ...)QualifiersValue является вектором строки или массивом ячеек из символьных векторов. По умолчанию, QualifiersValue = {'gene', 'product', 'locus_tag', 'note', 'db_xref', 'protein_id'}. Обеспечьте свой собственный QualifiersValue, чтобы ограничить или расширить список спецификаторов или изменить поисковый порядок.
Совет
Установите QualifiersValue = {} создавать карту без аннотаций.
Совет
Чтобы определить все спецификаторы, доступные для данной функции, сделайте любое из следующего:
Создайте карту, и затем кликните по функции или ее аннотации, чтобы перечислить все спецификаторы для той функции.
Используйте команду
featureparse, чтобы проанализировать все функции в новую структуру, и затем использовать командуfieldnames, чтобы перечислить спецификаторы для определенной функции.
featureview(..., 'ShowPositions', позволяет вам добавить положение последовательности в метку аннотации. Если ShowPositionsValue, ...)ShowPositionsValue является true, положения последовательности добавляются к меткам аннотации. Значением по умолчанию является false.
После создания карты:
Кликните по функции или аннотации, чтобы отобразить список всех спецификаторов для той функции.
Масштабируйте график путем нажатия следующих кнопок:
или 
Примеры
Следующий пример создает круговую карту пяти различных функций, сопоставленных на трех уровнях. Это также использует выходные параметры от функции featureview как входные параметры к функции legend, чтобы добавить легенду в карту.
GBStructure = getgenbank('J01415');
[Handles, OutFeatList] = featureview(GBStructure, ...
{'CDS','D_loop','mRNA','tRNA','rRNA'}, [1 2 2 2 3])
legend(Handles, OutFeatList, 'interpreter', 'none', ...
'location','bestoutside')
title('Human Mitochondrion, Complete Genome')
Следующий пример создает линейную карту, показывающую только генную функцию. Это изменяет шрифт меток к семи точкам и включает положение последовательности в метки.
herpes = getgenbank('NC_001348');
featureview(herpes,{'gene'},'fontsize',7,'showpositions',true)
title('Genes in Human herpesvirus 3 (strain Dumas)')
Следующий пример использует функцию getgenbank, чтобы создать структуру GenBank, GBStructure. Это затем использует функцию featureparse, чтобы проанализировать функции в структуре GenBank в новую структуру, features. Это затем использует функцию fieldnames, чтобы возвратить все спецификаторы для одной из функций, D_loop.
GenBankStructure = getgenbank('J01415');
features = featureparse (GenBankStructure)
features =
source: [1x1 struct]
D_loop: [1x2 struct]
rep_origin: [1x3 struct]
repeat_unit: [1x4 struct]
misc_signal: [1x1 struct]
misc_RNA: [1x1 struct]
variation: [1x17 struct]
tRNA: [1x22 struct]
rRNA: [1x2 struct]
mRNA: [1x10 struct]
CDS: [1x13 struct]
conflict: [1x1 struct]
fieldnames(features.D_loop)
ans =
'Location'
'Indices'
'note'
'citation'