Получите информацию о последовательности из базы данных GenBank
Data = getgenbank(AccessionNumber)
getgenbank(AccessionNumber)
Data = getgenbank(...,
'PartialSeq', PartialSeqValue, ...)
Data = getgenbank(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)
Data = getgenbank(...,
'FileFormat', FileFormatValue, ...)
Data = getgenbank(...,
'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...)
AccessionNumber | Вектор символов или строка, задающая уникальный алфавитно-цифровой идентификатор для записи последовательности. |
PartialSeqValue | Двухэлементный массив целых чисел, содержащих запуск и конечные положения подпоследовательности StartBP является целым числом между 1 и EndBP. EndBP является целым числом между StartBP и длиной последовательности. |
ToFileValue | Вектор символов или строка, задающая или имя файла или путь и имя файла для того, чтобы сохранить данные GenBank®. Если вы задаете только имя файла, файл сохранен в MATLAB® Current Folder. |
FileFormatValue | Вектор символов или строка, задающая формат для получения информации о последовательности. Выбор:
Когда |
SequenceOnlyValue | Управляет возвратом только последовательности как символьный массив. Выбором является |
getgenbank получает информацию о нуклеотиде из базы данных GenBank. Эта база данных сохраняется Национальным Центром информации о Биотехнологии (NCBI). Для получения дополнительной информации о базе данных GenBank, смотрите
Data = getgenbank(AccessionNumber)Data, структура MATLAB, содержащая информацию для последовательности.
Если ошибка происходит при получении GenBank-отформатированной информации попытайтесь повторно выполнить запрос. Ошибки могут произойти из-за проблем интернет-соединения, которые не связаны с записью GenBank.
getgenbank( информация об отображениях в Окне Команды MATLAB, не возвращая данные в переменную. Отображенной информацией являются только гиперссылки на URL, используемые, чтобы искать и получить данные.AccessionNumber)
getgenbank(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) getgenbank с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
возвращает заданную подпоследовательность в поле Data = getgenbank(...,
'PartialSeq', PartialSeqValue, ...)Sequence структуры MATLAB. PartialSeqValue является двухэлементным массивом целых чисел, содержащих запуск и конечные положения подпоследовательности [StartBP, EndBP]StartBP является целым числом между 1 и EndBP. EndBP является целым числом между StartBP и длиной последовательности.
Data = getgenbank(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)ToFileValue является вектором символов или строкой, задающей или имя файла или путь и имя файла для того, чтобы сохранить данные GenBank. Если вы задаете только имя файла, файл сохранен в Текущую папку MATLAB. Функция не добавляет данные к существующему файлу. Вместо этого это перезаписывает содержимое существующего файла без предупреждения.
Можно считать GenBank-отформатированный файл назад в MATLAB с помощью функции genbankread.
Data = getgenbank(...,
'FileFormat', FileFormatValue, ...)'GenBank' или 'FASTA'. Когда 'FASTA', затем Data содержит только два поля, Header и Sequence. 'GenBank' является значением по умолчанию, когда SequenceOnlyValue является false. 'FASTA' является значением по умолчанию, когда SequenceOnlyValue является true.
Data = getgenbank(...,
'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...)Data, символьном массиве. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
Если вы используете свойства 'SequenceOnly' и 'ToFile' вместе, вывод всегда является FASTA-отформатированным файлом.
Чтобы получить последовательность из хромосомы 19 что коды для человеческого приемника инсулина и сохранить его в структуре, S, в Окне Команды MATLAB, вводит:
S = getgenbank('M10051')
S =
LocusName: 'HUMINSR'
LocusSequenceLength: '4723'
LocusNumberofStrands: ''
LocusTopology: 'linear'
LocusMoleculeType: 'mRNA'
LocusGenBankDivision: 'PRI'
LocusModificationDate: '06-JAN-1995'
Definition: 'Human insulin receptor mRNA, complete cds.'
Accession: 'M10051'
Version: 'M10051.1'
GI: '186439'
Project: []
DBLink: []
Keywords: 'insulin receptor; tyrosine kinase.'
Segment: []
Source: 'Homo sapiens (human)'
SourceOrganism: [4x65 char]
Reference: {[1x1 struct]}
Comment: [14x67 char]
Features: [51x74 char]
CDS: [1x1 struct]
Sequence: [1x4723 char]
SearchURL: [1x67 char]
RetrieveURL: [1x101 char] Путем рассмотрения поля Features возвращенной структуры можно решить, что последовательность кодирования является положениями 139 - 4 287. Чтобы получить только последовательность кодирования из хромосомы 19 что коды для человеческого приемника инсулина и сохранить его в структуре, CDS, в Окне Команды MATLAB, вводит:
CDS = getgenbank('M10051','PARTIALSEQ',[139,4287]);genbankread | getembl | getgenpept | getpdb | seqviewer