Exponenta Banner

seqviewer

Визуализируйте и в интерактивном режиме исследуйте биологические последовательности

свернуть все на странице

Синтаксис

seqviewer
seqviewer(Seq)
seqviewer(Seq,Name,Value)
seqviewer('close')

Описание

пример

seqviewer открывает приложение Sequence Viewer.

seqviewer(Seq) загружает последовательность Seq в приложение, где можно просмотреть и в интерактивном режиме исследовать последовательность.

seqviewer(Seq,Name,Value) открывает приложение с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими аргументами пары Name,Value.

seqviewer('close') закрывает приложение Sequence Viewer.

Входные параметры

свернуть все

Аминокислота или последовательность нуклеотида, заданная как:

  • Вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды или имя файла с расширением .gbk, .gpt, .fasta, .fa, или .ebi.

  • Вектор - строка из целых чисел

  • Структура MATLAB®, содержащая поле Sequence, которое содержит аминокислоту или последовательность нуклеотида, такой, как возвращено fastaread, fastqread, getgenpept, genpeptread, getpdb, pdbread, emblread, getembl, genbankread или getgenbank

Аргументы в виде пар имя-значение

Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'Alphabet','AA' указывает, что выровненные последовательности являются последовательностями аминокислот.

Тип выровненных последовательностей, заданных как 'AA' для последовательностей аминокислот или 'NT' для последовательностей нуклеотида.

Пример: 'Alphabet','AA'

Примеры

свернуть все

Получите последовательность из базы данных GenBank®.

S = getgenbank('M10051');

Загрузите последовательность в приложение Sequence Viewer.

seqviewer(S)

Также можно нажать Sequence Viewer на вкладке Apps, чтобы открыть приложение и просмотреть биологическую последовательность S.

Закройте приложение.

seqviewer('close')

Смотрите также

| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |

Темы

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка