Удалите гены с низкими энтропийными значениями выражения
Mask = geneentropyfilter(Data)
[Mask, FData]
= geneentropyfilter(Data)
[Mask, FData, FNames]
= geneentropyfilter(Data, Names)
geneentropyfilter(..., 'Percentile', PercentileValue)
Data | Объект DataMatrix или числовая матрица, где каждая строка соответствует результатам эксперимента для одного гена. Каждый столбец является результатами для всех генов из одного эксперимента. |
Names | Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, где каждый элемент соответствует имени гена для каждой строки экспериментальных данных. |
PercentileValue | Свойство задать процентиль, ниже которой удалены генные данные. Введите значение от |
Mask = geneentropyfilter(Data)Data с энтропийными значениями меньше, чем 10-я процентиль.
Mask является логическим вектором с одним элементом для каждой строки в Data. Элементы Mask, соответствующего строкам с отклонением, больше, чем порог, имеют значение 1 и тех с отклонением меньше, чем порогом является 0.
[ возвращает Mask, FData]
= geneentropyfilter(Data)FData, отфильтрованную матрицу данных. Можно также создать FData с помощью FData = Data(Mask,:)
[ возвращает Mask, FData, FNames]
= geneentropyfilter(Data, Names)FNames, отфильтрованный массив names, где Names является массивом ячеек из символьных векторов или вектором строки имен генов, соответствующих каждой строке Data. Можно также создать FNames с помощью FNames = Names(Mask)
Если Data является объектом DataMatrix с заданными именами строки, вы не должны обеспечивать второй вход Names, чтобы возвратить третий вывод FNames.
geneentropyfilter(..., 'Percentile', удаляет из PercentileValue)Data, экспериментальных данных, профилей экспрессии гена с энтропийными значениями меньше, чем PercentileValue, заданная процентиль.
Загрузите MAT-файл, которому предоставляют программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные о дрожжах. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvalues, матрица данных об экспрессии гена, genes, массива ячеек инвентарных номеров GenBank® для маркировки строк в yeastvalues, и times, вектора временных стоимостей для маркировки столбцов в yeastvalues
load yeastdataУдалите гены с низкими энтропийными значениями выражения.
[fyeastvalues, fgenes] = geneentropyfilter(yeastvalues,genes);
[1] Kohane I.S., Kho A.T., Бьютт A.J. (2003), микромассивы для интегральной геномики, Кембриджа, нажатия MA:MIT.
exprprofrange | exprprofvar | genelowvalfilter | generangefilter | genevarfilter