Exponenta Banner

genelowvalfilter

Удалите генные профили с низкими абсолютными значениями

свернуть все на странице

Синтаксис

Mask = genelowvalfilter(Data)
[Mask,FData] = genelowvalfilter(Data)
[Mask,FData,FNames] = genelowvalfilter(Data,geneNames)
[___] = genelowvalfilter(___,Name,Value)

Описание

пример

Mask = genelowvalfilter(Data) возвращает логический векторный Mask, идентифицирующий профили экспрессии гена в Data, которые имеют абсолютные уровни экспрессии в самых низких 10% набора данных.

Эксперименты профиля экспрессии гена имеют данные, где абсолютные значения являются очень низкими. Качество этого типа данных часто плохо из-за больших ошибок квантования или просто плохой точечной гибридизации. Используйте эту функцию, чтобы отфильтровать данные.

пример

[Mask,FData] = genelowvalfilter(Data) также возвращает FData, матрица данных, содержащая отфильтрованные профили выражения.

пример

[Mask,FData,FNames] = genelowvalfilter(Data,geneNames) также возвращает FNames, массив ячеек отфильтрованных названий генов или идентификаторов. Необходимо задать geneNames, чтобы возвратить FNames, если Data не является объектом DataMatrix с заданными именами строки.

пример

[___] = genelowvalfilter(___,Name,Value) дополнительные опции использования, заданные как один или несколько дополнительных аргументов пары "имя-значение".

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Загрузите демонстрационные данные о дрожжах. 

load yeastdata;

Получите гены и соответствующие данные о выражении, где абсолютные уровни экспрессии превышают 10-ю процентиль. 

[mask,filteredData,filteredGenes] = genelowvalfilter(yeastvalues,genes);

Сравните количество отфильтрованных генов (filteredGenes) с количеством генов в исходном наборе данных (genes). 

size (filteredGenes,1)
ans = 6394
Скрипт Open Live Script

Загрузите демонстрационные данные о дрожжах. 

load yeastdata;

Отметьте гены, которые имеют низко абсолютные уровни экспрессии ниже 10-й процентили набора данных. 

mask = genelowvalfilter(yeastvalues);

Переменная genes содержит каждый названия генов в наборе данных дрожжей. Используйте сгенерированный логический векторный mask, чтобы получить гены, где уровни экспрессии превышают 10-ю процентиль. 

filteredGenes = genes(mask);

Извлеките соответствующие данные о профиле выражения для выбранных генов от переменной yeastvalues, которая содержит профили выражения каждого гена в наборе данных дрожжей. 

filteredData = yeastvalues(mask,:);
Скрипт Open Live Script

Загрузите демонстрационные данные о дрожжах. 

load yeastdata;

Получите гены и соответствующие данные о выражении, где абсолютные уровни экспрессии превышают 30-ю процентиль набора данных. 

[mask,filteredData,filteredGenes] = genelowvalfilter(yeastvalues,genes,'Percentile',30);

Сравните количество отфильтрованных генов (filteredGenes) с количеством генов в исходном наборе данных (genes). 

size (filteredGenes,1)
ans = 6384

Входные параметры

свернуть все

Входные данные, заданные как объект DataMatrix или числовая матрица. Каждая строка матрицы соответствует результатам эксперимента для одного гена. Каждый столбец представляет результаты для всех генов из одного эксперимента.

Названия генов или идентификаторы, заданные как массив ячеек из символьных векторов или вектор строки. Массив имеет одинаковое число строк как Data. Каждая строка содержит имя или ID гена в наборе данных.

Примечание

Если Data является объектом DataMatrix с заданными именами строки, вы не должны обеспечивать второй вход geneNames, чтобы возвратить третий вывод FNames.

Аргументы в виде пар имя-значение

Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'AbsValue',10.5 задает genelowvalfilter, чтобы удалить профили выражения с абсолютными значениями меньше чем 10,5.

Значение процентили, заданное как скалярное значение в области значений (от 0 до 100). Функциональный genelowvalfilter удаляет профили экспрессии гена с абсолютными значениями меньше, чем значение процентили, которое задано с помощью 'Percentile'.

Пример: 'Percentile',50

Абсолютное значение профиля выражения, заданное как вещественное число. Функциональный genelowvalfilter удаляет профили экспрессии гена с абсолютными значениями меньше, чем абсолютное значение, которое задано с помощью 'AbsValue'.

Пример: 'AbsValue',10.5

Логический индикатор, чтобы выбрать минимальное или максимальное абсолютное значение, заданное как true или false. Установите значение к true, чтобы выбрать минимальное абсолютное значение. Установите его на false выбирать максимальное абсолютное значение.

Пример: 'AnyVal',true

Выходные аргументы

свернуть все

Логический вектор, возвращенный как вектор 0s и 1 с для каждой строки в Data. Элементы Mask со значением, 1 соответствует строкам с абсолютными уровнями экспрессии, превышающими порог и тех со значением 0, соответствуют строкам с абсолютными уровнями экспрессии, меньше чем или равными порогу.

Фильтрованная матрица данных, возвращенная как матрица данных, которая содержит профили экспрессии гена с абсолютными уровнями экспрессии, превышающими пороговое значение. Можно также создать FData с помощью FData = Data(Mask,:).

Массив отфильтрованных названий генов, возвращенных как массив ячеек из символьных векторов или вектор строки. Это содержит названия генов или идентификаторы, соответствующие каждой строке Data, который содержит профили экспрессии гена с абсолютными уровнями экспрессии, превышающими пороговое значение. Можно также создать FNames с помощью FNames = geneNames(Mask).

Ссылки

[1] Kohane, I.S., Kho, A.T., Бьютт, A.J. (2003). Микромассивы для интегральной геномики, первый выпуск (Кембридж, MA: нажатие MIT).

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка