Класс: GFFAnnotation
Создайте структуру, содержащую подмножество данных из объекта GFFAnnotation
AnnotStruct = getData(AnnotObj)
AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos)
AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset)
AnnotStruct = getData(___,Name,Value)
AnnotStruct = getData(AnnotObj)AnnotStruct, массив структур, содержащих данные из всех элементов в AnnotObj. Поля в структурах возврата совпадают с элементами в свойстве FieldNames AnnotObj.
AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos)AnnotStruct, массив структур, содержащих данные из подмножества элементов в AnnotObj, который находится в пределах каждой ссылочной области значений последовательности, заданной StartPos и EndPos.
AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset)AnnotStruct, массив структур, содержащих подмножество данных из AnnotObj, заданного Subset, вектором целых чисел.
AnnotStruct = getData(___,Name,Value)AnnotStruct, массив структур, с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах и дополнительных опциях, заданных одним или несколькими аргументами пары Name,Value.
|
Объект класса |
|
Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Вектор положительных целых чисел, меньше чем или равных количеству записей в объекте. Используйте векторный |
Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в |
|
Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы быть включенной в
Значение по умолчанию: |
|
Массив структур, содержащих данные из элементов в
|
Создайте объект GFFAnnotation с помощью GFF-отформатированного файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.
GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');
Извлеките аннотации для положений 10 000 - 20 000 от ссылочной последовательности.
AnnotStruct1 = getData(GFFAnnotObj,10000,20000)
AnnotStruct1 =
9x1 struct array with fields:
Reference
Start
Stop
Feature
Source
Score
Strand
Frame
AttributesИзвлеките первые пять аннотаций от объекта.
AnnotStruct2 = getData(GFFAnnotObj,[1:5])
AnnotStruct2 =
5x1 struct array with fields:
Reference
Start
Stop
Feature
Source
Score
Strand
Frame
Attributes
Используя getData создает структуру, которая обеспечивает лучший доступ к данным об аннотации, чем объект.
Можно получить доступ ко всем значениям полей в структуре.
Можно извлечь, присвоить и удалить значения полей.
Можно использовать линейную индексацию, чтобы получить доступ к значениям полей определенных аннотаций. Например, можно получить доступ к значению запуска только пятой аннотации.