Класс: GTFAnnotation
Создайте структуру, содержащую подмножество данных из объекта GTFAnnotation
AnnotStruct = getData(AnnotObj)
AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos)
AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset)
AnnotStruct = getData(___,Name,Value)
AnnotStruct = getData(AnnotObj)AnnotStruct, массив структур, содержащих данные из всех элементов в AnnotObj. Поля в структурах возврата совпадают с элементами в свойстве FieldNames AnnotObj.
AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos)AnnotStruct, массив структур, содержащих данные из подмножества элементов в AnnotObj, который находится в пределах каждой ссылочной области значений последовательности, заданной StartPos и EndPos.
AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset)AnnotStruct, массив структур, содержащих подмножество данных из AnnotObj, заданного Subset, вектором целых чисел.
AnnotStruct = getData(___,Name,Value)AnnotStruct, массив структур, с помощью любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций, заданных одним или несколькими аргументами пары Name,Value.
|
Объект класса |
|
Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Вектор положительных равных целых чисел или меньше, чем количество записей в объекте. Используйте векторный |
Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько генов в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько расшифровок стенограммы в |
|
Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы быть включенной в
Значение по умолчанию: |
|
Массив структур, содержащих данные из элементов в
|
Создайте объект GTFAnnotation с помощью отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');
Извлеките данные об аннотации для положений 668 000 - 680 000 от ссылочной последовательности.
AnnotStruct1 = getData(GTFAnnotObj,668000,680000)
AnnotStruct1 =
18x1 struct array with fields:
Reference
Start
Stop
Feature
Gene
Transcript
Source
Score
Strand
Frame
AttributesИзвлеките первые пять аннотаций от объекта.
AnnotStruct2 = getData(GTFAnnotObj,[1:5])
AnnotStruct2 =
5x1 struct array with fields:
Reference
Start
Stop
Feature
Gene
Transcript
Source
Score
Strand
Frame
AttributesИспользуя getdata создает структуру, которая обеспечивает лучший доступ к данным об аннотации, чем объект.
Можно получить доступ ко всем значениям полей в структуре.
Можно не только извлечь значения полей, но также и присвоить и удалить значения.
Можно использовать линейную индексацию, чтобы получить доступ к значениям полей определенных аннотаций. Например, можно получить доступ к значению запуска только пятой аннотации.