Тепловая карта

Объект, содержащий матрицу и тепловую карту, отображает свойства

расширьте все на странице

Описание

Функция HeatMap создает объект HeatMap. Можно использовать объект отобразить тепловую карту (2D цветное изображение) матричных данных.

Создание

Синтаксис

HeatMap(data)
HeatMap(data,Name,Value)

Описание

пример

hmObj = HeatMap(data) отображает тепловую карту (2D цветное изображение) data и возвращает объект, содержащий свойства отображения и данные.

пример

hmObj = HeatMap(data,Name,Value) устанавливает свойства объектов с помощью пар "имя-значение". Например, HeatMap(data,'Annotate',true) отображает значения данных в тепловой карте. Можно задать несколько пар "имя-значение". Заключите каждое имя свойства в кавычки.

Входные параметры

развернуть все

Данные о тепловой карте, заданные как объект DataMatrix или числовая матрица.

Аргументы в виде пар имя-значение

Используйте разделенные от запятой аргументы пары "имя-значение", чтобы установить свойства объектов. Заключите каждое имя свойства в одинарные кавычки.

Пример: hm = HeatMap(data,'Colormap',redbluecmap,'Annotate',true)

Свойства

развернуть все

Размерность для стандартизации значений данных, заданных как вектор символов, строка или положительное целое число. Выбор:

  • 'column' или 1 — Стандартизируйте вдоль столбцов данных.

  • 'row' или 2 — Стандартизируйте вдоль строк данных.

  • 'none' или 3 — Не стандартизировать.

Если вы задаете 'column' или 'row', функция преобразовывает стандартизированные значения так, чтобы среднее значение было 0, и стандартное отклонение 1 в заданном измерении.

Пример: 'column'

Типы данных: double | char | string

Отметьте, чтобы сделать цветовую шкалу тепловой карты симметричной вокруг нуля, заданного как true или false.

Пример: false

Типы данных: логический

Отобразитесь область значений стандартизируют значения, заданные как положительная скалярная величина. Значением по умолчанию является максимальное абсолютное значение во входе data.

Например, если вы задаете 3, существует цветное изменение для значений между -3 и 3, но значения, больше, чем 3, являются тем же цветом как 3 и значения меньше, чем -3 является тем же цветом как -3.

Например, если вы задаете redgreencmap для свойства 'Colormap', чистый красный представляет значения, больше, чем или равный заданному значению области значений отображения, и чистый зеленый представляет значения, меньше чем или равные отрицанию заданного значения области значений отображения.

Пример 3

Типы данных: double

цвета тепловой карты, заданные как с тремя столбцами (M-by-3) матрица значений "красного зеленого синего" (RGB) или имя указателя на функцию, который возвращает палитру, такую как redgreencmap или redbluecmap.

Палитрой по умолчанию является redgreencmap, в котором красный представляет значения выше среднего значения, черный представляет среднее значение, и зеленый представляет значения ниже среднего значения строки (ген) через все столбцы (выборки).

Пример: redbluecmap

Типы данных: double | char

Имя функции или указателя на функцию, чтобы приписать недостающие данные, заданные как вектор символов или массив ячеек. Если вы задаете массив ячеек, первый элемент должен быть именем функции или указателя на функцию, и остающиеся элементы должны быть парами "имя-значение", используемыми в качестве входных параметров к функции. Недостающие точки данных окрашены в серый в тепловой карте.

Пример: 'func1'

Типы данных: char

Метки столбца, заданные как вектор строки, массив ячеек из символьных векторов или числовой вектор. Размер вектора должен совпадать с количеством столбцов во входе data.

Пример: ["sample1","sample2","sample3"]

Типы данных: double | string | cell

Метки строки, заданные как вектор строки, массив ячеек из символьных векторов или числовой вектор. Размер вектора должен совпадать с количеством строк во входе data.

Пример: ["gene1","gene2","gene3"]

Типы данных: double | string | cell

Ориентация меток столбца, заданных в виде числа. Задайте значение вращения в градусах (положительные углы вызывают против часовой стрелки вращение).

Пример: 30

Типы данных: double

Ориентация меток строки, заданных в виде числа. Задайте значение вращения в градусах (положительные углы вызывают против часовой стрелки вращение).

Пример: 30

Типы данных: double

Отметьте, чтобы отобразить значения данных в тепловой карте, заданной как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Точность отображения значений данных в тепловой карте, заданной в виде числа. Количеством по умолчанию цифр точности является 2.

Пример 3

Типы данных: double

Цвет текста отображенных значений данных в тепловой карте, заданной как вектор символов, строка или трехэлементный числовой вектор. Например, чтобы использовать голубой, можно ввести [0 1 1], 'c', "c", "cyan" или 'cyan'. Для получения дополнительной информации смотрите Параметры цвета.

Пример: 'red'

Типы данных: char | string | double

Предупреждение

Это свойство будет удалено в будущем релизе. Установите LabelsWithMarkers на true для цветных маркеров вместо цветных текстов.

Информация о цвете для меток столбца, заданных как структура или массив структур.

Для одной структуры необходимо задать следующие поля:

  • Labels — Массив ячеек из символьных векторов, задающий метки столбца, перечислен в свойстве ColumnLabels.

  • Colors — Вектор символов или строка, задающая цвет для меток столбца. Если это поле пусто, (черный) цвет по умолчанию используется.

Для массива структур необходимо указать один элемент в каждом поле для каждой структуры.

  • Labels — Вектор символов или строка, задающая метку столбца, перечислены в свойстве ColumnLabels.

  • Colors — Вектор символов или строка, задающая цвет для меток столбца. Если это поле пусто, (черный) цвет по умолчанию используется.

Для получения дополнительной информации об определении цветов смотрите Параметры цвета.

Типы данных: struct

Предупреждение

Это свойство будет удалено в будущем релизе. Установите LabelsWithMarkers на true для цветных маркеров вместо цветных текстов.

Информация о цвете для меток строки, заданных как структура или массив структур.

Для одной структуры это должно иметь следующие поля.

  • Labels – Массив ячеек из символьных векторов, задающий метки строки, перечислен в свойстве RowLabels.

  • Colors – Вектор символов или строка, задающая цвет для меток строки. Если это поле пусто, (черный) цвет по умолчанию используется.

Для массива структур каждая структура должна иметь один элемент в каждом поле.

  • Labels – Вектор символов или строка, задающая метку строки, перечислены в свойстве RowLabels.

  • Colors – Вектор символов или строка, задающая цвет для меток строки. Если это поле пусто, (черный) цвет по умолчанию используется.

Для получения дополнительной информации об определении цветов смотрите Параметры цвета.

Отметьте, чтобы отобразиться окрашенный маркерами вместо цветного текста для меток строки и столбца, заданных как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Функции объекта

viewОтобразите тепловую карту или clustergram
plotПредставьте тепловую карту или clustergram
addTitleДобавьте заголовок на тепловую карту или clustergram
addXLabelМаркируйте ось X тепловой карты или clustergram
addYLabelМаркируйте ось Y тепловой карты или clustergram

Примеры

свернуть все

Открыть скрипт

Создайте матрицу данных.

data = gallery('invhess',20);

Отобразите 2D цветную тепловую карту данных.

hmo = HeatMap(data);

             Standardize: '[column | row | {none}]'
               Symmetric: '[true | false].'
            DisplayRange: 'Scalar.'
                Colormap: []
               ImputeFun: 'string -or- function handle -or- cell array'
            ColumnLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
               RowLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
      ColumnLabelsRotate: []
         RowLabelsRotate: []
                Annotate: '[on | {off}]'
          AnnotPrecision: []
              AnnotColor: []
       ColumnLabelsColor: 'A structure array.'
          RowLabelsColor: 'A structure array.'
       LabelsWithMarkers: '[true | false].'
    ColumnLabelsLocation: '[ top | {bottom} ]'
       RowLabelsLocation: '[ {left} | right ]'

Отобразите значения данных в тепловой карте.

hmo.Annotate = true;
view(hmo)

Используйте функцию plot, чтобы отобразиться, тепловая карта в другой фигуре, заданной фигурой, обрабатывают fH.

fH = figure;
hA = plot(hmo,fH);

Используйте возвращенный указатель осей hA, чтобы задать свойства осей.

hA.Title.String = 'Inverse of an Upper Hessenberg Matrix';
hA.XTickLabelMode = 'auto';
hA.YTickLabelMode = 'auto';

Открыть скрипт

Загрузите выборку данных об экспрессии гена.

load bc_train_filtered

Отобразите тепловую карту значений экспрессии гена для 4 918 генов от 78 выборок.

hmo = HeatMap(bcTrainData.Log10Ratio);

             Standardize: '[column | row | {none}]'
               Symmetric: '[true | false].'
            DisplayRange: 'Scalar.'
                Colormap: []
               ImputeFun: 'string -or- function handle -or- cell array'
            ColumnLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
               RowLabels: 'Cell array of strings, or an empty cell array'
      ColumnLabelsRotate: []
         RowLabelsRotate: []
                Annotate: '[on | {off}]'
          AnnotPrecision: []
              AnnotColor: []
       ColumnLabelsColor: 'A structure array.'
          RowLabelsColor: 'A structure array.'
       LabelsWithMarkers: '[true | false].'
    ColumnLabelsLocation: '[ top | {bottom} ]'
       RowLabelsLocation: '[ {left} | right ]'

Добавьте заголовок на тепловую карту красного цвета.

title = addTitle(hmo,'Gene Expression Data','Color','red');

Измените размер шрифта заголовка.

title.FontSize = 12;

Добавьте метки в ось X и ось Y.

addXLabel(hmo,'Samples','FontSize',12);
addYLabel(hmo,'Genes','FontSize',12);

Больше о

развернуть все

Смотрите также

| |

Представленный в R2009b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте