Считайте данные об экспрессии гена, экспортированные из программного обеспечения Illumina BeadStudio
IlmnStruct = ilmnbsread(File)
IlmnStruct = ilmnbsread(File,
...'Columns', ColumnsValue, ...)
IlmnStruct = ilmnbsread(File,
...'HeaderOnly', HeaderOnlyValue, ...)
IlmnStruct = ilmnbsread(File,
...'CleanColNames', CleanColNamesValue,
...)
File | Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла с разделением табуляцией или разделенного от запятой файла данных выражения, экспортированы из программного обеспечения Illumina® BeadStudio™. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB® или в текущей папке. |
ColumnsValue | Массив ячеек, который задает имена столбцов, чтобы читать. Значением по умолчанию являются все имена столбцов. |
HeaderOnlyValue | Управляет генеральной совокупностью только Header, ColumnNames и полей TextColumnNames в IlmnStruct. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
CleanColNamesValue | Управляет преобразованием любого ColumnNames, содержащего пробелы или символы, которые не могут использоваться в качестве имен переменной MATLAB к допустимым именам переменной MATLAB. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
IlmnStruct | Структура MATLAB, содержащая данные, экспортирована из программного обеспечения Illumina BeadStudio. |
IlmnStruct = ilmnbsread(File)File, разграниченный вкладкой или разделенный от запятой файл данных выражения, экспортируемый из программного обеспечения Illumina BeadStudio, и, создают IlmnStruct, структура MATLAB, содержащая следующие поля.
| Поле | Описание |
|---|---|
Header | Вектор символов, содержащий описание данных. |
TargetID | Массив ячеек, содержащий уникальные идентификаторы для целей на микромассиве экспрессии гена Illumina. |
ColumnNames | Массив ячеек, содержащий имена столбцов, которые содержат числовые данные в файле с разделением табуляцией, экспортируемом из программного обеспечения Illumina BeadStudio. |
Data | Матрица, содержащая числовые микроданные массива для каждой цели на микромассиве экспрессии гена Illumina. Примечание
|
TextColumnNames | Массив ячеек, содержащий имена столбцов, которые содержат нечисловые данные в файле с разделением табуляцией, экспортируемом из программного обеспечения Illumina BeadStudio. Это поле может быть пустым. |
TextData | Массив ячеек, содержащий нечисловые микроданные массива (такие как аннотации) для каждой цели на микромассиве экспрессии гена Illumina. Это поле может быть пустым. Примечание
|
IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) ilmnbsread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
считывает данные только из столбцов, заданных IlmnStruct = ilmnbsread(File,
...'Columns', ColumnsValue, ...)ColumnsValue, массивом ячеек имен столбцов. Поведение по умолчанию должно считать данные из всех столбцов.
IlmnStruct = ilmnbsread(File,
...'HeaderOnly', HeaderOnlyValue, ...)Header, ColumnNames и полей TextColumnNames в IlmnStruct. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
IlmnStruct = ilmnbsread(File,
...'CleanColNames', CleanColNamesValue,
...)ColumnNames, содержащего пробелы или символы, которые не могут использоваться в качестве имен переменной MATLAB к допустимым именам переменной MATLAB. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
Используйте свойство 'CleanColNames', если вы планируете использовать поле ColumnNames в качестве имен переменных.
Файлу экспрессии гена, TumorAdjacent-probe-raw.txt, используемый в следующем примере, не предоставляют программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™.
Считайте содержимое файла с разделением табуляцией, экспортируемого из программного обеспечения Illumina BeadStudio в структуру MATLAB.
ilmnStruct = ilmnbsread('TumorAdjacent-probe-raw.txt')
ilmnStruct =
Header: [1x1 struct]
TargetID: {22184x1 cell}
ColumnNames: {1x37 cell}
Data: [22184x37 double]
TextColumnNames: {1x23 cell}
TextData: {22184x23 cell}affyread | agferead | celintensityread | galread | geoseriesread | geosoftread | gprread | ilmnbslookup | imageneread | magetfield | sptread