isotopicdist

Вычислите изотопное массовое распределение с высоким разрешением и функцию плотности

свернуть все на странице

Синтаксис

[MD, Info, DF] = isotopicdist(SeqAA)
[MD, Info, DF] = isotopicdist(Compound)
[MD, Info, DF] = isotopicdist(Formula)
isotopicdist(..., 'NTerminal', NTerminalValue, ...)
isotopicdist(..., 'CTerminal', CTerminalValue, ...)
isotopicdist(..., 'Resolution', ResolutionValue, ...)
isotopicdist(..., 'FFTResolution', FFTResolutionValue, ...)
isotopicdist(..., 'FFTRange', FFTRangeValue, ...)
isotopicdist(..., 'FFTLocation', FFTLocationValue, ...)
isotopicdist(..., 'NoiseThreshold', NoiseThresholdValue, ...)
isotopicdist(..., 'ShowPlot', ShowPlotValue, ...)

Описание

[MD, Info, DF] = isotopicdist(SeqAA) анализирует последовательность пептида и возвращает матрицу, содержащую ожидаемое массовое распределение; структура, содержащая моноизотопическую массу, среднюю массу, самую богатую массу, номинальную массу и эмпирическую формулу; и матрица, содержащая ожидаемую функцию плотности.

[MD, Info, DF] = isotopicdist(Compound) анализирует составной объект, заданный числовым вектором или матрицей.

[MD, Info, DF] = isotopicdist(Formula) анализирует составной объект, заданный эмпирической химической формулой, представленной структурой Formula. Имена полей в Formula должны быть допустимыми символами элемента и являются чувствительными к регистру. Соответствующие значения в Formula являются количеством атомов для каждого элемента. Formula может также быть массивом структур, который задает несколько формул. Имена полей могут быть в любом порядке в структуре. Однако, если существует несколько структур, порядок должен быть тем же самым в каждом.

isotopicdist(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает isotopicdist с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарные кавычки. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

isotopicdist(..., 'NTerminal', NTerminalValue, ...) изменяет N-терминал пептида.

isotopicdist(..., 'CTerminal', CTerminalValue, ...) изменяет C-терминал пептида.

isotopicdist(..., 'Resolution', ResolutionValue, ...) задает аппроксимированное разрешение инструмента, данного как Гауссова ширина (в дальтонах) в полной ширине на половине высоты (FWHH).

isotopicdist(..., 'FFTResolution', FFTResolutionValue, ...) задает количество точек данных на дальтон, чтобы вычислить алгоритм быстрого преобразования Фурье (FFT).

isotopicdist(..., 'FFTRange', FFTRangeValue, ...) задает абсолютную область значений (размер окна) в дальтонах для выходной функции плотности и Алгоритма бпф.

isotopicdist(..., 'FFTLocation', FFTLocationValue, ...) задает местоположение области значений БПФ (окно), заданное FFTRangeValue. Это задает это местоположение путем установки местоположения нижнего предела области значений относительно местоположения моноизотопического пика, который вычисляется isotopicdist.

isotopicdist(..., 'NoiseThreshold', NoiseThresholdValue, ...) удаляет точки в массовом распределении, которые меньше, чем времена 1/NoiseThresholdValue самая богатая масса.

isotopicdist(..., 'ShowPlot', ShowPlotValue, ...) управляет отображением графика массового распределения.

Входные параметры

SeqAA

Последовательность пептида, заданная любым a:

  • Вектор символов или строка однобуквенных кодов

  • Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, который задает несколько последовательностей пептида

Совет

Можно использовать getgenpept и функции genpeptread, чтобы получить последовательности пептида из базы данных GenPept или GenPept-отформатированного файла. Можно затем использовать функцию cleave, чтобы выполнить insilico пищеварение на последовательности пептида. Функция cleave создает массив ячеек из символьных векторов, представляющий фрагменты пептида, которые можно представить функции isotopicdist.

Compound

Составной объект, заданный любым a:

  • Числовой вектор формы [C H N O S], где C, H, N, O и S являются неотрицательными числами, которые представляют количество атомов углерода, водорода, азота, кислорода и серы соответственно в составном объекте.

  • Числовая матрица M-5, которая задает несколько составных объектов с каждой строкой, соответствующей составному объекту и каждому столбцу, соответствующему атому.

Formula

Химическая формула, заданная любым a:

  • Структура, имена полей которой являются допустимыми символами элемента и чувствительный к регистру. Их соответствующие значения являются количеством атомов для каждого элемента.

  • Массив структур, который задает несколько формул.

Примечание

Если Formula является одной структурой, порядок полей не имеет значения. Если Formula является массивом структур, то порядок полей должен быть тем же самым в каждой структуре.

NTerminalValue

Модификация для N-терминала пептида, заданного также:

  • Один из 'none', 'amine' (значение по умолчанию), 'formyl' или 'acetyl'

  • Пользовательская модификация задана эмпирической формулой, представленной структурой. Структура должна иметь имена полей, которые являются допустимыми символами элемента и чувствительный к регистру. Их соответствующие значения являются количеством атомов для каждого элемента.

CTerminalValue

Модификация для C-терминала пептида, заданного также:

  • Один из 'none', 'freeacid' (значение по умолчанию) или 'amide'

  • Пользовательская модификация задана эмпирической формулой, представленной структурой. Структура должна иметь имена полей, которые являются допустимыми символами элемента и чувствительный к регистру. Их соответствующие значения являются количеством атомов для каждого элемента.

ResolutionValue

Значение в дальтонах, задающих аппроксимированное разрешение инструмента, данного как Гауссова ширина в полной ширине половине высоты (FWHH).

Значение по умолчанию: 1/16 Da

FFTResolutionValue

Значение, задающее количество точек данных на дальтон, используемый, чтобы вычислить Алгоритм бпф.

Значение по умолчанию: 1000

FFTRangeValue

Значение, задающее абсолютную область значений (размер окна) в дальтонах для Алгоритма бпф и выходной функции плотности. По умолчанию это значение автоматически оценивается на основе веса молекулы. Фактическая область значений БПФ, используемая внутренне isotopicdist, далее увеличена таким образом, что FFTRangeValue * FFTResolutionValue является степенью двойки.

Совет

Увеличьте FFTRangeValue, если сигнал, представленный DF вывод, кажется, является усеченным.

Совет

Сверхвысокое разрешение позволяет вам разрешать микроpeaks, который имеет ту же номинальную массу, но немного отличающиеся точные массы. Чтобы достигнуть сверхвысокого разрешения, увеличьте FFTResolutionValue и уменьшайте ResolutionValue, но гарантируйте, что FFTRangeValue * FFTResolutionValue в доступной памяти.

FFTLocationValue

Часть, которая задает местоположение области значений БПФ (окно), заданное FFTRangeValue. Это задает это местоположение путем установки местоположения нижнего предела области значений БПФ относительно местоположения моноизотопического пика, который вычисляется isotopicdist. Местоположение нижнего предела области значений БПФ установлено в массу пика monoistopic - (FFTLocationValue * FFTRangeValue).

Совет

Вы, возможно, должны переключить область значений БПФ налево в редких случаях, где составной объект содержит элемент, такой как Железо или Аргон, самый богатый изотоп которого не является самым легким.

Значение по умолчанию: 1/16

NoiseThresholdValue

Значение, которое удаляет точки в массовом распределении, которые меньше, чем времена 1/NoiseThresholdValue самая богатая масса.

Значение по умолчанию: 1e6

ShowPlotValue

Управляет отображением графика изотопического массового распределения. Выбором является true, false или I, который является целым числом, задающим составной объект. Если установлено в true, первый составной объект построен. Значение по умолчанию:

  • ложь Когда вы задаете возвращаемые значения.

  • tRUE Когда вы не задаете возвращаемые значения.

Выходные аргументы

MD

Массовое распределение, представленное матрицей 2D столбца, в которой каждая строка соответствует изотопу. Первые списки столбцов изотопическая масса и вторые списки столбцов вероятность для той массы.

Info

Структура, содержащая массовую информацию для последовательности пептида или составного объекта в следующих полях:

  • NominalMass

  • MonoisotopicMass

  • ObservedAverageMass — Оцененный от сигнала DF вывод, с помощью инструментального разрешения задан свойством 'Resolution'.

  • CalculatedAverageMass — Вычисленный непосредственно от входной формулы, принимая совершенное инструментальное разрешение.

  • MostAbundantMass

  • Formula — Структура, содержащая количество атомов каждого элемента.

DF

Функция плотности, представленная матрицей 2D столбца, в которой каждая строка соответствует m/z значению. Первые списки столбцов масса и вторые списки столбцов относительная интенсивность сигнала в той массе.

Примеры

Вычислите и отобразите изотопическое массовое распределение последовательности пептида MATLAP с N-терминалом Ацетила и C-терминалом Амида: 

MD = isotopicdist('MATLAP','nterm','Acetyl','cterm','Amide', ...
                  'showplot',true)

MD =

  643.3363    0.6676
  644.3388    0.2306
  645.3378    0.0797
  646.3386    0.0181
  647.3396    0.0033
  648.3409    0.0005
  649.3423    0.0001
  650.3439    0.0000
  651.3455    0.0000

Вычислите и отобразите изотопическое массовое распределение Glutamine (C5H10N2O3):

MD = isotopicdist([5 10 2 3 0],'showplot',true)

MD =

  146.0691    0.9328
  147.0715    0.0595
  148.0733    0.0074
  149.0755    0.0004
  150.0774    0.0000

Отобразите изотопическое массовое распределение "averagine" модели, молекулярная формула которой представляет статистические случаи аминокислот от всех известных белков:

isotopicdist([4.9384 7.7583 1.3577 1.4773 0.0417])

Больше о

свернуть все

Средняя масса

Сумма средних атомных масс составляющих элементов в молекуле.

Моноизотопическая масса

Сумма масс атомов в молекуле с помощью несвязанного, стандартного состояния, оставляет массу принципа (самый богатый) изотоп для каждого элемента вместо изотопической средней массы.

Самая богатая масса

Масса молекулы с наиболее представленным изотопным распределением, на основе естественной распространенности изотопов.

Номинальная масса

Сумма целочисленных масс (игнорирующий массовый дефект) самого богатого изотопа каждого элемента в молекуле.

Ссылки

[1] Роквуд, A. L. Ван Орден, S. L. и Смит, R. D. (1995). Быстрое вычисление изотопных дистрибутивов. Анальный. Chem. 67:15, 2699–2704.

[2] Роквуд, A. L. Ван Орден, S. L. и Смит, R. D. (1996). Сверхвысокие вычисления распределения изотопа разрешения. Быстрый Commun. Массовый спектр 10, 54-59.

[3] Сенко, M.W., Beu, S. C. и Маклэфферти, F. W. (1995). Автоматизированное присвоение состояний заряда от разрешенного изотопического peaks для умножает заряженные ионы. J. Soc. Массовый Spectrom. 6, 52–56.

[4] Сенко, M.W., Beu, S. C. и Маклэфферти, F. W. (1995). Определение моноизотопических масс и ионного населения для больших биомолекул от разрешенных изотопических дистрибутивов. J. Soc. Массовый Spectrom. 6, 229–233.

Смотрите также

| | | | | | |

Представленный в R2009b

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте