Вычислите изотопное массовое распределение с высоким разрешением и функцию плотности
[MD, Info, DF]
= isotopicdist(SeqAA)
[MD, Info, DF]
= isotopicdist(Compound)
[MD, Info, DF]
= isotopicdist(Formula)
isotopicdist(..., 'NTerminal', NTerminalValue,
...)
isotopicdist(..., 'CTerminal', CTerminalValue,
...)
isotopicdist(..., 'Resolution', ResolutionValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTResolution', FFTResolutionValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTRange', FFTRangeValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTLocation', FFTLocationValue,
...)
isotopicdist(..., 'NoiseThreshold', NoiseThresholdValue,
...)
isotopicdist(..., 'ShowPlot', ShowPlotValue,
...)
[ анализирует последовательность пептида и возвращает матрицу, содержащую ожидаемое массовое распределение; структура, содержащая моноизотопическую массу, среднюю массу, самую богатую массу, номинальную массу и эмпирическую формулу; и матрица, содержащая ожидаемую функцию плотности. MD, Info, DF]
= isotopicdist(SeqAA)
[ анализирует составной объект, заданный числовым вектором или матрицей. MD, Info, DF]
= isotopicdist(Compound)
[ анализирует составной объект, заданный эмпирической химической формулой, представленной структурой MD, Info, DF]
= isotopicdist(Formula)Formula. Имена полей в Formula должны быть допустимыми символами элемента и являются чувствительными к регистру. Соответствующие значения в Formula являются количеством атомов для каждого элемента. Formula может также быть массивом структур, который задает несколько формул. Имена полей могут быть в любом порядке в структуре. Однако, если существует несколько структур, порядок должен быть тем же самым в каждом.
isotopicdist(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) isotopicdist с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарные кавычки. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
isotopicdist(..., 'NTerminal', изменяет N-терминал пептида.NTerminalValue,
...)
isotopicdist(..., 'CTerminal', изменяет C-терминал пептида.CTerminalValue,
...)
isotopicdist(..., 'Resolution', задает аппроксимированное разрешение инструмента, данного как Гауссова ширина (в дальтонах) в полной ширине на половине высоты (FWHH).ResolutionValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTResolution', задает количество точек данных на дальтон, чтобы вычислить алгоритм быстрого преобразования Фурье (FFT).FFTResolutionValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTRange', задает абсолютную область значений (размер окна) в дальтонах для выходной функции плотности и Алгоритма бпф.FFTRangeValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTLocation', задает местоположение области значений БПФ (окно), заданное FFTLocationValue,
...)FFTRangeValue. Это задает это местоположение путем установки местоположения нижнего предела области значений относительно местоположения моноизотопического пика, который вычисляется isotopicdist.
isotopicdist(..., 'NoiseThreshold', удаляет точки в массовом распределении, которые меньше, чем NoiseThresholdValue,
...)времена 1/NoiseThresholdValue
isotopicdist(..., 'ShowPlot', управляет отображением графика массового распределения.ShowPlotValue,
...)
Входные параметры
|
Последовательность пептида, заданная любым a:
СоветМожно использовать |
|
Составной объект, заданный любым a:
|
|
Химическая формула, заданная любым a:
ПримечаниеЕсли |
|
Модификация для N-терминала пептида, заданного также:
|
|
Модификация для C-терминала пептида, заданного также:
|
|
Значение в дальтонах, задающих аппроксимированное разрешение инструмента, данного как Гауссова ширина в полной ширине половине высоты (FWHH). Значение по умолчанию: |
|
Значение, задающее количество точек данных на дальтон, используемый, чтобы вычислить Алгоритм бпф. Значение по умолчанию: |
|
Значение, задающее абсолютную область значений (размер окна) в дальтонах для Алгоритма бпф и выходной функции плотности. По умолчанию это значение автоматически оценивается на основе веса молекулы. Фактическая область значений БПФ, используемая внутренне СоветУвеличьте СоветСверхвысокое разрешение позволяет вам разрешать микроpeaks, который имеет ту же номинальную массу, но немного отличающиеся точные массы. Чтобы достигнуть сверхвысокого разрешения, увеличьте |
|
Часть, которая задает местоположение области значений БПФ (окно), заданное СоветВы, возможно, должны переключить область значений БПФ налево в редких случаях, где составной объект содержит элемент, такой как Железо или Аргон, самый богатый изотоп которого не является самым легким. Значение по умолчанию: |
|
Значение, которое удаляет точки в массовом распределении, которые меньше, чем
|
|
Управляет отображением графика изотопического массового распределения. Выбором является
|
Выходные аргументы
|
Массовое распределение, представленное матрицей 2D столбца, в которой каждая строка соответствует изотопу. Первые списки столбцов изотопическая масса и вторые списки столбцов вероятность для той массы. |
|
Структура, содержащая массовую информацию для последовательности пептида или составного объекта в следующих полях:
|
|
Функция плотности, представленная матрицей 2D столбца, в которой каждая строка соответствует m/z значению. Первые списки столбцов масса и вторые списки столбцов относительная интенсивность сигнала в той массе. |
ПримерыВычислите и отобразите изотопическое массовое распределение последовательности пептида MATLAP с N-терминалом Ацетила и C-терминалом Амида:
MD = isotopicdist('MATLAP','nterm','Acetyl','cterm','Amide', ...
'showplot',true)
MD =
643.3363 0.6676
644.3388 0.2306
645.3378 0.0797
646.3386 0.0181
647.3396 0.0033
648.3409 0.0005
649.3423 0.0001
650.3439 0.0000
651.3455 0.0000
Вычислите и отобразите изотопическое массовое распределение Glutamine (C5H10N2O3):
MD = isotopicdist([5 10 2 3 0],'showplot',true)
MD =
146.0691 0.9328
147.0715 0.0595
148.0733 0.0074
149.0755 0.0004
150.0774 0.0000
Отобразите изотопическое массовое распределение "averagine" модели, молекулярная формула которой представляет статистические случаи аминокислот от всех известных белков:
isotopicdist([4.9384 7.7583 1.3577 1.4773 0.0417])
Больше оСсылки[1] Роквуд, A. L. Ван Орден, S. L. и Смит, R. D. (1995). Быстрое вычисление изотопных дистрибутивов. Анальный. Chem. 67:15, 2699–2704.
[2] Роквуд, A. L. Ван Орден, S. L. и Смит, R. D. (1996). Сверхвысокие вычисления распределения изотопа разрешения. Быстрый Commun. Массовый спектр 10, 54-59.
[3] Сенко, M.W., Beu, S. C. и Маклэфферти, F. W. (1995). Автоматизированное присвоение состояний заряда от разрешенного изотопического peaks для умножает заряженные ионы. J. Soc. Массовый Spectrom. 6, 52–56.
[4] Сенко, M.W., Beu, S. C. и Маклэфферти, F. W. (1995). Определение моноизотопических масс и ионного населения для больших биомолекул от разрешенных изотопических дистрибутивов. J. Soc. Массовый Spectrom. 6, 229–233.
Смотрите такжеaminolookup | cleave | cleavelookup | genpeptread | getgenpept | int2aa | molweight | nt2aa
Представленный в R2009b
