Получите информацию о последовательности из базы данных GenPept
Data = getgenpept(AccessionNumber)
getgenpept(AccessionNumber)
Data = getgenpept(...,
'PartialSeq', PartialSeqValue, ...)
Data = getgenpept(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)
Data = getgenpept(...,
'FileFormat', FileFormatValue, ...)
Data = getgenpept(...,
'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...)
AccessionNumber | Вектор символов, задающий уникальный алфавитно-цифровой идентификатор для записи последовательности. |
PartialSeqValue | Двухэлементный массив целых чисел, содержащих запуск и конечные положения подпоследовательности StartAA является целым числом между 1 и EndAA; EndAA является целым числом между StartAA и длиной последовательности. |
ToFileValue | Вектор символов, задающий или имя файла или путь и имя файла для того, чтобы сохранить данные GenPept. Если вы задаете только имя файла, файл сохранен в MATLAB® Current Folder. |
FileFormatValue | Вектор символов, задающий формат для получения информации о последовательности. Выбор:
Когда |
SequenceOnlyValue | Управляет возвратом только последовательности как символьный массив. Выбором является |
getgenpept получает белок (аминокислота) информация о последовательности от базы данных GenPept, которая является переводом последовательностей нуклеотида в базе данных GenBank® и сохраняется Национальным Центром информации о Биотехнологии (NCBI).
NCBI изменил название их поисковой системы белка от GenPept до Белка Entrez. Однако имена функций в программном обеспечении Bioinformatics Toolbox™ (getgenpept и genpeptread) являются неизменным представлением все еще используемого формата отчета GenPept. Для получения дополнительной информации о данных GenPept посетите https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/about/policies.shtml.
Data = getgenpept(AccessionNumber)Data, структура MATLAB, содержащая информацию для последовательности.
Если ошибка происходит при получении GenPept-отформатированной информации попытайтесь повторно выполнить запрос. Ошибки могут произойти из-за проблем интернет-соединения, которые не связаны с записью GenPept.
getgenpept( информация об отображениях в Окне Команды MATLAB, не возвращая данные в переменную. Отображенной информацией являются только гиперссылки на URL, используемые, чтобы искать и получить данные.AccessionNumber)
getgenpept(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) getgenpept с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
возвращает заданную подпоследовательность в поле Data = getgenpept(...,
'PartialSeq', PartialSeqValue, ...)Sequence структуры MATLAB. PartialSeqValue является двухэлементным массивом целых чисел, содержащих запуск и конечные положения подпоследовательности [StartAA, EndAA]StartAA является целым числом между 1 и EndAA; EndAA является целым числом между StartAA и длиной последовательности.
Data = getgenpept(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)ToFileValue является вектором символов, задающим или имя файла или путь и имя файла для того, чтобы сохранить данные GenPept. Если вы задаете только имя файла, файл сохранен в Текущую папку MATLAB. Функция не добавляет данные к существующему файлу. Вместо этого это перезаписывает содержимое существующего файла без предупреждения.
Можно считать GenPept-отформатированный файл назад в MATLAB с помощью функции genpeptread.
Data = getgenpept(...,
'FileFormat', FileFormatValue, ...)'GenPept' или 'FASTA'. Когда 'FASTA', затем Data содержит только два поля, Header и Sequence. 'GenPept' является значением по умолчанию, когда SequenceOnlyValue является false. 'FASTA' является значением по умолчанию, когда SequenceOnlyValue является true.
Data = getgenpept(...,
'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...)Data, символьном массиве. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
Если вы используете свойства 'SequenceOnly' и 'ToFile' вместе, вывод всегда является FASTA-отформатированным файлом.
Чтобы получить последовательность для человеческого приемника инсулина и сохранить его в структуре, Seq, в Окне Команды MATLAB, вводит:
Seq = getgenpept('AAA59174')
Seq =
LocusName: 'AAA59174'
LocusSequenceLength: '1382'
LocusNumberofStrands: ''
LocusTopology: 'linear'
LocusMoleculeType: ''
LocusGenBankDivision: 'PRI'
LocusModificationDate: '06-JAN-1995'
Definition: 'insulin receptor precursor.'
Accession: 'AAA59174'
Version: 'AAA59174.1'
GI: '307070'
Project: []
DBSource: 'locus HUMINSR accession M10051.1'
Keywords: ''
Source: 'Homo sapiens (human)'
SourceOrganism: [4x65 char]
Reference: {[1x1 struct]}
Comment: [14x67 char]
Features: [40x64 char]
Sequence: [1x1382 char]
SearchURL: [1x104 char]
RetrieveURL: [1x92 char]
Путем рассмотрения поля Features структуры можно решить, что подобная фурину область повторений является положениями 234 - 281. Чтобы получить только подобную фурину область повторений из последовательности для человеческого приемника инсулина и сохранить его в структуре, Fur, в Окне Команды MATLAB, вводит:
Fur = getgenpept('AAA59174','PARTIALSEQ',[234,281]);genpeptread | getembl | getgenbank | getpdb