Найдите коды аминокислоты, целые числа, сокращения, имена и кодоны
aminolookup
aminolookup(SeqAA)
aminolookup('Code', CodeValue)
aminolookup('Integer', IntegerValue)
aminolookup('Abbreviation', AbbreviationValue)
aminolookup('Name', NameValue)
SeqAA | Вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды или трехбуквенные сокращения, представляющие последовательность аминокислот. Для допустимых кодов и сокращений, см. таблицу Amino Acid Lookup. |
CodeValue | Вектор символов или строка, задающая однобуквенный код, представляющий аминокислоту. Для допустимых однобуквенных кодов см. таблицу Amino Acid Lookup. |
IntegerValue | Одно целое число, представляющее аминокислоту. Для допустимых целых чисел см. таблицу Amino Acid Lookup. |
AbbreviationValue | Вектор символов или строка, задающая трехбуквенное сокращение, представляющее аминокислоту. Для допустимых трехбуквенных сокращений см. таблицу Amino Acid Lookup. |
NameValue | Вектор символов или строка, задающая имя аминокислоты. Для допустимых имен аминокислоты см. таблицу Amino Acid Lookup. |
aminolookup отображает таблицу кодов аминокислоты, целых чисел, сокращений, имен и кодонов.
Поиск аминокислоты
| Код | Целое число | Сокращение | Имя аминокислоты | Кодоны |
|---|---|---|---|---|
A | 1 | Ala | Аланин | GCU GCC GCA GCG |
R | 2 | Arg | Аргинин | CGU CGC CGA CGG AGA AGG |
N | 3 | Asn | Аспарагин | AAU AAC |
D | 4 | Asp | Кислота аспарагиновой кислоты (Аспартат) | GAU GAC |
C | 5 | Cys | Цистеин | UGU UGC |
Q | 6 | Gln | Glutamine | CAA CAG |
E | 7 | Glu | Глутаминовая кислота (Глутамат) | GAA GAG |
G | 8 | Gly | Глицин | GGU GGC GGA GGG |
H | 9 | His | Гистидин | CAU CAC |
I | 10 | Ile | Изолейцин | AUU AUC AUA |
L | 11 | Leu | Лейцин | UUA UUG CUU CUC CUA CUG |
K | 12 | Lys | Лизин | AAA AAG |
M | 13 | Met | Метионин | AUG |
F | 14 | Phe | Фенилаланин | UUU UUC |
P | 15 | Pro | Пролин | CCU CCC CCA CCG |
S | 16 | Ser | Серин | UCU UCC UCA UCG AGU AGC |
T | 17 | Thr | Треонин | ACU ACC ACA ACG |
W | 18 | Trp | Триптофан | UGG |
Y | 19 | Tyr | Тирозин | UAU UAC |
V | 20 | Val | Valine | GUU GUC GUA GUG |
B | 21 | Asx | Аспарагин или кислота Аспарагиновой кислоты (Аспартат) | AAU AAC GAU GAC |
Z | 22 | Glx | Glutamine или Glutamic acid (Глутамат) | CAA CAG GAA GAG |
X | 23 | Xaa | Любая аминокислота | Все кодоны |
* | 24 | END | Кодон завершения (остановка перевода) | UAA UAG UGA |
- | 25 | GAP | Разрыв неизвестной длины | NA |
aminolookup( преобразовывает между однобуквенными кодами и трехбуквенными сокращениями от последовательности аминокислот. Если вход является вектором символов или строкой однобуквенных кодов, то вывод является вектором символов трехбуквенных сокращений. Если вход является вектором символов или строкой трехбуквенных сокращений, то вывод является вектором символов соответствующих однобуквенных кодов. SeqAA)
Если вы вводите один из неоднозначных однобуквенных кодов B, Z или X, эта функция отображает соответствующее сокращение от неоднозначного символа аминокислоты.
aminolookup('abc')
ans =
AlaAsxCysaminolookup('Code', отображает соответствующую аминокислоту трехбуквенное сокращение и имя.CodeValue)
aminolookup('Integer', отображает соответствующую аминокислоту однобуквенный код, трехбуквенное сокращение и имя.IntegerValue)
aminolookup('Abbreviation', отображает соответствующую аминокислоту однобуквенный код и имя.AbbreviationValue)
aminolookup('Name', отображает соответствующую аминокислоту однобуквенный код и трехбуквенное сокращение.NameValue)
aa2int | aa2nt | aacount | geneticcode | int2aa | isotopicdist | nt2aa | revgeneticcode